geo-database
الوصول إلى بيانات تعبير الجينات من NCBI GEO
متاح أيضًا من: davila7
يحتاج الباحثون إلى وصول فعال إلى مجموعات بيانات تعبير الجينات للتحليل. تتيح هذه المهارة الاستعلام عن بيانات NCBI GEO وتنزيلها وتحليلها، والتي تحتوي على ملايين العينات الجينومية.
تنزيل ZIP المهارة
رفع في Claude
اذهب إلى Settings → Capabilities → Skills → Upload skill
فعّل وابدأ الاستخدام
اختبرها
استخدام "geo-database". ابحث عن مجموعات بيانات تعبير الجينات للسكري في البشر
النتيجة المتوقعة:
- تم العثور على 1,247 مجموعة تطابق 'diabetes AND Homo sapiens'
- أفضل النتائج:
- - GSE12345: تعبير جينات السكري من النوع 2 (47 عينة)
- - GSE67890: دراسة اعتلال الكلى السكري (32 عينة)
- - GSE11111: منحنى استجابة الأنسولين الزمني (24 عينة)
استخدام "geo-database". تنزيل GSE12345 واستخراج البيانات الوصفية
النتيجة المتوقعة:
- تم تنزيل GSE12345_series_matrix.txt.gz (145 ميغابايت)
- ملخص المجموعة:
- - العنوان: تحديد ملف التعبير الجيني للكلى الطبيعية مقابل السكري
- - العينات: 20 (10 مصابة بالسكري، 10 ضابطة)
- - المنصة: GPL570 (Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0)
- - الكائن الحي: Homo sapiens
- - تاريخ الإرسال: 2023-06-15
التدقيق الأمني
مخاطر منخفضةDocumentation-only skill for accessing NCBI GEO database. Static analysis flagged 256 pattern-based issues but all are false positives. The 'backtick execution' findings are markdown code block syntax, not actual shell commands. Network operations are legitimate NCBI API access. FTP downloads target public GEO data repositories. Optional API key usage follows NCBI best practices. No executable code present - only documentation.
عوامل الخطر
🌐 الوصول إلى الشبكة (3)
⚙️ الأوامر الخارجية (3)
📁 الوصول إلى نظام الملفات (1)
درجة الجودة
ماذا يمكنك بناءه
تحليل تعبير الجينات في الأمراض
تنزيل ومقارنة بيانات تعبير الجينات بين عينات الأنسجة السليمة والمريضة لتحديد المؤشرات الحيوية.
التحليل التلوي عبر الدراسات
دمج البيانات من دراسات GEO متعددة لزيادة القوة الإحصاعية لاكتشاف تغييرات تعبير الجينات.
بناء نماذج تنبؤية
استخدام بيانات تعبير GEO لتدريب نماذج التعلم الآلي للتنبؤ باستجابة الأدوية أو تصنيف المرضى.
جرّب هذه الموجهات
ابحث في GEO عن مجموعات بيانات تعبير جينات سرطان الثدي البشري من السنوات الخمس الماضية. اعرض أفضل 5 نتائج مع عدد العينات والمنصات المستخدمة.
تنزيل مصفوفة التعبير والبيانات الوصفية لـ GSE12345. احفظ الملفات في ./data/ واعرض ملخصاً للمجموعة بما في ذلك عدد العينات والجينات.
إجراء تحليل التعبير التفاضلي على GSE12345 مقارنة بين عينات العلاج والسيطرة. استخدم limma أو t-test واعرض أهم 10 جينات ذات دلالة إحصائية.
تنزيل ومعالجة هذه 3 سلاسل GEO: GSE100001, GSE100002, GSE100003. استخرج بيانات التعبير وأنشئ جدول ملخص مع البيانات الوصفية للدراسة.
أفضل الممارسات
- قم دائماً بتعيين بريدك الإلكتروني عند استخدام NCBI E-utilities (مطلوب وفقاً لسياسة NCBI)
- احصل على مفتاح API مجاني من NCBI لزيادة حدود المعدل (10 طلبات/ثانية مقابل 3 طلبات/ثانية)
- احتفظ بملفات GEO المنزلة مؤقتاً محلياً لتجنب التنزيلات المتكررة
تجنب
- لا تقم بتنزيل قاعدة GEO بأكملها - كن انتقائياً مع أرقام الوصول
- لا تضع مفاتيح API الثابتة في الكود المشترك أو المُدار بالإصدارات
- لا تتجاهل البيانات الوصفية للعينات عند تفسير بيانات التعبير
الأسئلة المتكررة
هل أحتاج إلى مفتاح API للوصول إلى GEO؟
ما الفرق بين GSE و GSM و GPL؟
لماذا تفتقر بيانات التعبير لبعض السلاسل؟
كيف أتعامل مع مجموعات GEO الكبيرة جداً؟
هل يمكنني استخدام بيانات GEO للبحث السريري؟
أي تنسيق ملف يجب أن أستخدمه لبيانات التعبير؟
تفاصيل المطور
المؤلف
K-Dense-AIالترخيص
MIT
المستودع
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/geo-databaseمرجع
main
بنية الملفات