المهارات bioservices
🧬

bioservices

آمن ⚙️ الأوامر الخارجية🌐 الوصول إلى الشبكة📁 الوصول إلى نظام الملفات

الوصول إلى قواعد البيانات البيولوجية من Python

متاح أيضًا من: davila7

استعلام عن أكثر من 40 قاعدة بيانات بيولوجية بما في ذلك UniProt و KEGG و ChEMBL بواجهة Python متسقة. يبسط التحليل عبر قواعد البيانات وتحويل المعرفات لأبحاث المعلوماتية الحيوية.

يدعم: Claude Codex Code(CC)
🥈 77 فضي
1

تنزيل ZIP المهارة

2

رفع في Claude

اذهب إلى Settings → Capabilities → Skills → Upload skill

3

فعّل وابدأ الاستخدام

اختبرها

استخدام "bioservices". البحث عن معلومات حول البروتين P43403

النتيجة المتوقعة:

  • معرف UniProt: P43403
  • الجين: ZAP70
  • الكائن: Homo sapiens (بشري)
  • معرف KEGG: hsa:7535
  • المسارات: hsa04660 (إشارة مستقبل الخلية البائية)، hsa04650

استخدام "bioservices". تحويل معرفات المركبات من KEGG إلى ChEMBL

النتيجة المتوقعة:

  • معرف KEGG: C11222
  • معرف ChEMBL: CHEMBL278315
  • معرف ChEBI: CHEBI:17957
  • المركب: Geldanamycin

التدقيق الأمني

آمن
v4 • 1/17/2026

All 521 static findings are false positives. Scanner misidentified markdown code block delimiters as shell commands, biological database identifiers as cryptographic algorithms, and legitimate API queries to bioinformatics databases as system reconnaissance. The skill is a legitimate scientific library interface.

9
الملفات التي تم فحصها
4,227
الأسطر التي تم تحليلها
3
النتائج
4
إجمالي عمليات التدقيق

عوامل الخطر

⚙️ الأوامر الخارجية (4)
SKILL.md:34 references/identifier_mapping.md:33 references/services_reference.md:12 references/workflow_patterns.md:25
🌐 الوصول إلى الشبكة (1)
SKILL.md:356-357
📁 الوصول إلى نظام الملفات (2)
scripts/batch_id_converter.py:168 scripts/pathway_analysis.py:114
تم تدقيقه بواسطة: claude عرض سجل التدقيق →

درجة الجودة

68
الهندسة المعمارية
100
قابلية الصيانة
85
المحتوى
22
المجتمع
100
الأمان
91
الامتثال للمواصفات

ماذا يمكنك بناءه

تحليل البروتين عبر قواعد البيانات

استرجاع بيانات البروتين من UniProt، وتعيينها لمسارات KEGG، وتحليل التفاعلات في سير عمل واحد.

تعيين معرفات المركبات

تحويل معرفات المركبات بين KEGG و ChEMBL و ChEBI قواعد البيانات للبحث الكيميائي.

استخراج شبكة المسارات

استخراج شبكات تفاعلات البروتين من مسارات KEGG لتحليل الشبكة اللاحق.

جرّب هذه الموجهات

البحث عن تسلسل البروتين 
استخدم BioServices للعثور على مدخل UniProt للبروتين ZAP70 واسترجاع تسلسله FASTA.
تعيين معرفات الجينات 
قم بتحويل معرف UniProt P43403 إلى معرف KEGG الجين المقابل باستخدام تعيين BioServices.
تحليل المسارات 
استخدم BioServices للحصول على جميع المسارات البشرية التي تحتوي على الجين 7535 واستخراج شبكة التفاعلات.
المرجع المتقاطع للمركبات 
ابحث عن المركب Geldanamycin في KEGG، ثم استخدم UniChem للعثور على معرفات ChEMBL و ChEBI الخاصة به.

أفضل الممارسات

  • قم بتعيين verbose=False لتقليل إخراج السجل للحصول على نتائج أنظف
  • أضف فترات تأخير بين طلبات الدفعة لاحترام حدود معدل واجهة البرمجة
  • حدد دائمًا رموز الكائنات لتجنب الغموض

تجنب

  • إجراء آلاف الطلبات دون تحديد معدل
  • استخدام أسماء الجينات الغامضة دون تحديد الكائن
  • تجاهل معالجة الأخطاء للعمليات المعتمدة على الشبكة

الأسئلة المتكررة

ما قواعد البيانات المدعومة؟
أكثر من 40 قاعدة بيانات بما في ذلك UniProt و KEGG و ChEMBL و ChEBI و PDB و Reactome و BioMart و ArrayExpress.
هل أحتاج مفاتيح واجهة البرمجة؟
معظم قواعد البيانات مجانية. خدمات NCBI تتطلب عنوان بريد إلكتروني صالح لعمليات BLAST.
كيف أتعامل مع حدود المعدل؟
أضف time.sleep بين الطلبات واستخدم معلمة chunk_size لعمليات الدفعة.
هل يمكنني تحويل معرفات الدفعة؟
نعم، استخدم البرنامج النصي batch_id_converter.py أو实施的 chunked mapping مع 50-100 معرف لكل طلب.
ما التنسيقات المدعومة للإخراج؟
FASTA و XML و JSON بالتنسيقات المحددة لقاعدة البيانات حسب الخدمة.
كيف أحصل على تفاعلات المسار؟
استخدم KEGG.pathway2sif() أو parse_kgml_pathway() لاستخراج شبكات التفاعلات بين البروتينات.

تفاصيل المطور

المؤلف

K-Dense-AI

الترخيص

GPLv3 license

المستودع

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/bioservices

مرجع

main

بنية الملفات

📁 references/

📄 identifier_mapping.md

📄 services_reference.md

📄 workflow_patterns.md

📁 scripts/

📄 batch_id_converter.py

📄 compound_cross_reference.py

📄 pathway_analysis.py

📄 protein_analysis_workflow.py

📄 SKILL.md