Habilidades lamindb
🔬
lamindb
Seguro ⚙️
Comandos externos📁
Acceso al sistema de archivos🌐
Acceso a red🔑
Variables de entorno
إدارة البيانات البيولوجية باستخدام LaminDB
También disponible en: K-Dense-AI
تعتبر مجموعات البيانات البيولوجية صعبة التتبع والاستعلام وإعادة الإنتاج. يوفر LaminDB إطارًا موحدًا لإدارة البيانات العلمية مع التحقق من الأنطولوجيا المدمج وتتبع أصل سير العمل والامتثال لـ FAIR لإعادة إنتاجية البحث.
Soporta: Claude Codex Code(CC)
1
Descargar el ZIP de la skill
2
Subir en Claude
Ve a Configuración → Capacidades → Skills → Subir skill
3
Activa y empieza a usar
Pruébalo
Usando "lamindb". إعداد LaminDB مع التحقق من الأنطولوجيا لبيانات scRNA-seq الخاصة بي
Resultado esperado:
- تهيئة LaminDB مع التخزين المؤقت: lamin init --storage ./mydata
- استيراد Cell Ontology: bt.CellType.import_source()
- إنشاء قطعة: ln.Artifact.from_anndata(adata, key='scrna/batch1.h5ad').save()
- توحيد أنواع الخلايا: adata.obs['cell_type'] = bt.CellType.standardize(adata.obs['cell_type'])
- التحقق مع المنسق: curator = ln.curators.AnnDataCurator(adata, schema); curator.validate()
Auditoría de seguridad
Segurov5 • 1/17/2026
Pure documentation skill containing reference materials for LaminDB. All 582 static findings are false positives caused by code examples in markdown documentation being incorrectly flagged as security patterns. No executable code, scripts, or network operations are present.
8
Archivos escaneados
3,806
Líneas analizadas
4
hallazgos
5
Auditorías totales
Factores de riesgo
⚙️ Comandos externos (414)
references/annotation-validation.md:21-32 references/annotation-validation.md:32-38 references/annotation-validation.md:38-52 references/annotation-validation.md:52-58 references/annotation-validation.md:58-73 references/annotation-validation.md:73-81 references/annotation-validation.md:81-98 references/annotation-validation.md:98-102 references/annotation-validation.md:102-116 references/annotation-validation.md:116-120 references/annotation-validation.md:120-133 references/annotation-validation.md:133-139 references/annotation-validation.md:139-146 references/annotation-validation.md:146-150 references/annotation-validation.md:150-157 references/annotation-validation.md:157-161 references/annotation-validation.md:161-167 references/annotation-validation.md:167-171 references/annotation-validation.md:171-177 references/annotation-validation.md:177-181 references/annotation-validation.md:181-191 references/annotation-validation.md:191-199 references/annotation-validation.md:199-224 references/annotation-validation.md:224-228 references/annotation-validation.md:228-250 references/annotation-validation.md:250-256 references/annotation-validation.md:256-274 references/annotation-validation.md:274-280 references/annotation-validation.md:280-294 references/annotation-validation.md:294-300 references/annotation-validation.md:300-314 references/annotation-validation.md:314-320 references/annotation-validation.md:320-329 references/annotation-validation.md:329-333 references/annotation-validation.md:333-343 references/annotation-validation.md:343-349 references/annotation-validation.md:349-355 references/annotation-validation.md:355-359 references/annotation-validation.md:359-369 references/annotation-validation.md:369-373 references/annotation-validation.md:373-383 references/annotation-validation.md:383-390 references/annotation-validation.md:390-397 references/annotation-validation.md:397-400 references/annotation-validation.md:400-409 references/annotation-validation.md:409-412 references/annotation-validation.md:412-420 references/annotation-validation.md:420-426 references/annotation-validation.md:426-440 references/annotation-validation.md:440-446 references/annotation-validation.md:446-458 references/annotation-validation.md:458-477 references/annotation-validation.md:477-494 references/annotation-validation.md:494-498 references/annotation-validation.md:498-513 references/core-concepts.md:12-24 references/core-concepts.md:24-27 references/core-concepts.md:27-36 references/core-concepts.md:36-39 references/core-concepts.md:39-48 references/core-concepts.md:48-52 references/core-concepts.md:52-61 references/core-concepts.md:61-65 references/core-concepts.md:65-76 references/core-concepts.md:76-80 references/core-concepts.md:80-92 references/core-concepts.md:92-100 references/core-concepts.md:100-108 references/core-concepts.md:108-112 references/core-concepts.md:112-121 references/core-concepts.md:121-125 references/core-concepts.md:125-134 references/core-concepts.md:134-142 references/core-concepts.md:142-156 references/core-concepts.md:156-160 references/core-concepts.md:160-171 references/core-concepts.md:171-175 references/core-concepts.md:175-183 references/core-concepts.md:183-187 references/core-concepts.md:187-189 references/core-concepts.md:189-207 references/core-concepts.md:207-211 references/core-concepts.md:211-226 references/core-concepts.md:226-234 references/core-concepts.md:234-247 references/core-concepts.md:247-251 references/core-concepts.md:251-261 references/core-concepts.md:261-265 references/core-concepts.md:265-279 references/core-concepts.md:279-285 references/core-concepts.md:285-289 references/core-concepts.md:289-306 references/core-concepts.md:306-318 references/core-concepts.md:318-322 references/core-concepts.md:322-335 references/core-concepts.md:335-343 references/core-concepts.md:343-350 references/core-concepts.md:350-354 references/core-concepts.md:354-367 references/core-concepts.md:367-371 references/core-concepts.md:371-373 references/core-concepts.md:373-380 references/data-management.md:9-22 references/data-management.md:22-26 references/data-management.md:26-28 references/data-management.md:28-40 references/data-management.md:40-48 references/data-management.md:48-58 references/data-management.md:58-62 references/data-management.md:62-71 references/data-management.md:71-75 references/data-management.md:75-77 references/data-management.md:77-96 references/data-management.md:96-100 references/data-management.md:100-118 references/data-management.md:118-124 references/data-management.md:124-139 references/data-management.md:139-145 references/data-management.md:145-164 references/data-management.md:164-168 references/data-management.md:168-177 references/data-management.md:177-183 references/data-management.md:183-195 references/data-management.md:195-199 references/data-management.md:199-209 references/data-management.md:209-213 references/data-management.md:213-220 references/data-management.md:220-226 references/data-management.md:226-234 references/data-management.md:234-240 references/data-management.md:240-257 references/data-management.md:257-261 references/data-management.md:261-270 references/data-management.md:270-278 references/data-management.md:278-286 references/data-management.md:286-292 references/data-management.md:292-305 references/data-management.md:305-309 references/data-management.md:309-317 references/data-management.md:317-321 references/data-management.md:321-336 references/data-management.md:336-340 references/data-management.md:340-356 references/data-management.md:356-362 references/data-management.md:362-373 references/data-management.md:373-379 references/data-management.md:379-393 references/data-management.md:393-406 references/data-management.md:406 references/data-management.md:406-410 references/data-management.md:410-433 references/integrations.md:13-24 references/integrations.md:24-28 references/integrations.md:28-38 references/integrations.md:38-44 references/integrations.md:44-51 references/integrations.md:51-55 references/integrations.md:55-65 references/integrations.md:65-69 references/integrations.md:69-79 references/integrations.md:79-83 references/integrations.md:83-95 references/integrations.md:95-103 references/integrations.md:103-124 references/integrations.md:124-127 references/integrations.md:127-145 references/integrations.md:145-151 references/integrations.md:151-175 references/integrations.md:175-181 references/integrations.md:181-202 references/integrations.md:202-210 references/integrations.md:210-242 references/integrations.md:242-248 references/integrations.md:248-279 references/integrations.md:279-285 references/integrations.md:285-319 references/integrations.md:319-325 references/integrations.md:325-353 references/integrations.md:353-361 references/integrations.md:361-382 references/integrations.md:382-388 references/integrations.md:388-409 references/integrations.md:409-417 references/integrations.md:417-440 references/integrations.md:440-446 references/integrations.md:446-455 references/integrations.md:455-461 references/integrations.md:461-470 references/integrations.md:470-474 references/integrations.md:474-483 references/integrations.md:483-489 references/integrations.md:489-508 references/integrations.md:508-516 references/integrations.md:516-522 references/integrations.md:522-528 references/integrations.md:528-552 references/integrations.md:552-556 references/integrations.md:556-577 references/integrations.md:577-583 references/integrations.md:583-593 references/integrations.md:593-597 references/integrations.md:597-606 references/integrations.md:606-611 references/integrations.md:611-615 references/integrations.md:615-618 references/integrations.md:618-621 references/integrations.md:621-624 references/integrations.md:624-635 references/integrations.md:635-638 references/integrations.md:638-642 references/ontologies.md:7 references/ontologies.md:31-38 references/ontologies.md:38-44 references/ontologies.md:44-58 references/ontologies.md:58-64 references/ontologies.md:64-78 references/ontologies.md:78-84 references/ontologies.md:84-95 references/ontologies.md:95-99 references/ontologies.md:99-110 references/ontologies.md:110-116 references/ontologies.md:116-136 references/ontologies.md:136-140 references/ontologies.md:140-150 references/ontologies.md:150-158 references/ontologies.md:158-171 references/ontologies.md:171-177 references/ontologies.md:177-190 references/ontologies.md:190-194 references/ontologies.md:194-204 references/ontologies.md:204-210 references/ontologies.md:210-229 references/ontologies.md:229-233 references/ontologies.md:233-259 references/ontologies.md:259-265 references/ontologies.md:265-276 references/ontologies.md:276-280 references/ontologies.md:280-293 references/ontologies.md:293-297 references/ontologies.md:297-315 references/ontologies.md:315-321 references/ontologies.md:321-339 references/ontologies.md:339-345 references/ontologies.md:345-357 references/ontologies.md:357-363 references/ontologies.md:363-376 references/ontologies.md:376-382 references/ontologies.md:382-400 references/ontologies.md:400-404 references/ontologies.md:404-428 references/ontologies.md:428-432 references/ontologies.md:432-443 references/ontologies.md:443-447 references/ontologies.md:447-462 references/ontologies.md:462-466 references/ontologies.md:466-471 references/ontologies.md:471-474 references/ontologies.md:474-479 references/ontologies.md:479-497 references/setup-deployment.md:9-15 references/setup-deployment.md:15-21 references/setup-deployment.md:21-36 references/setup-deployment.md:36-40 references/setup-deployment.md:40-49 references/setup-deployment.md:49-53 references/setup-deployment.md:53-60 references/setup-deployment.md:60-72 references/setup-deployment.md:72-78 references/setup-deployment.md:78-92 references/setup-deployment.md:92-104 references/setup-deployment.md:104-110 references/setup-deployment.md:110-119 references/setup-deployment.md:119-125 references/setup-deployment.md:125-135 references/setup-deployment.md:135-139 references/setup-deployment.md:139-145 references/setup-deployment.md:145-151 references/setup-deployment.md:151-157 references/setup-deployment.md:157-161 references/setup-deployment.md:161-166 references/setup-deployment.md:166-170 references/setup-deployment.md:170-179 references/setup-deployment.md:179-191 references/setup-deployment.md:191-193 references/setup-deployment.md:193-203 references/setup-deployment.md:203-212 references/setup-deployment.md:212-215 references/setup-deployment.md:215-234 references/setup-deployment.md:234-239 references/setup-deployment.md:239-249 references/setup-deployment.md:249-255 references/setup-deployment.md:255-267 references/setup-deployment.md:267-283 references/setup-deployment.md:283-287 references/setup-deployment.md:287-297 references/setup-deployment.md:297-305 references/setup-deployment.md:305-311 references/setup-deployment.md:311-320 references/setup-deployment.md:320-328 references/setup-deployment.md:328-333 references/setup-deployment.md:333-337 references/setup-deployment.md:337-343 references/setup-deployment.md:343-349 references/setup-deployment.md:349-353 references/setup-deployment.md:353-355 references/setup-deployment.md:355-356 references/setup-deployment.md:356-358 references/setup-deployment.md:358-361 references/setup-deployment.md:361-364 references/setup-deployment.md:364-368 references/setup-deployment.md:368-382 references/setup-deployment.md:382-388 references/setup-deployment.md:388-398 references/setup-deployment.md:398-402 references/setup-deployment.md:402-411 references/setup-deployment.md:411-415 references/setup-deployment.md:415-424 references/setup-deployment.md:424-430 references/setup-deployment.md:430-439 references/setup-deployment.md:439-443 references/setup-deployment.md:443-450 references/setup-deployment.md:450-454 references/setup-deployment.md:454-463 references/setup-deployment.md:463-467 references/setup-deployment.md:467-473 references/setup-deployment.md:473-480 references/setup-deployment.md:480-483 references/setup-deployment.md:483-486 references/setup-deployment.md:486-492 references/setup-deployment.md:492-495 references/setup-deployment.md:495-507 references/setup-deployment.md:507-513 references/setup-deployment.md:513-523 references/setup-deployment.md:523-529 references/setup-deployment.md:529-538 references/setup-deployment.md:538-544 references/setup-deployment.md:544-550 references/setup-deployment.md:550-554 references/setup-deployment.md:554-560 references/setup-deployment.md:560-564 references/setup-deployment.md:564-572 references/setup-deployment.md:572-600 references/setup-deployment.md:600-617 references/setup-deployment.md:617-621 references/setup-deployment.md:621-627 references/setup-deployment.md:627-631 references/setup-deployment.md:631-642 references/setup-deployment.md:642-649 references/setup-deployment.md:649-658 references/setup-deployment.md:658-661 references/setup-deployment.md:661-669 references/setup-deployment.md:669-672 references/setup-deployment.md:672-678 references/setup-deployment.md:678-681 references/setup-deployment.md:681-689 references/setup-deployment.md:689-695 references/setup-deployment.md:695-701 references/setup-deployment.md:701-711 references/setup-deployment.md:711-720 references/setup-deployment.md:633 references/setup-deployment.md:631-642 references/setup-deployment.md:351 references/setup-deployment.md:352 references/setup-deployment.md:362 references/setup-deployment.md:363 SKILL.md:46 SKILL.md:46 SKILL.md:48 SKILL.md:51 SKILL.md:57 SKILL.md:57 SKILL.md:57 SKILL.md:58 SKILL.md:58 SKILL.md:58 SKILL.md:58 SKILL.md:72 SKILL.md:95 SKILL.md:95 SKILL.md:96 SKILL.md:97 SKILL.md:101 SKILL.md:114 SKILL.md:123 SKILL.md:154 SKILL.md:159 SKILL.md:160 SKILL.md:185 SKILL.md:191-218 SKILL.md:218-222 SKILL.md:222-251 SKILL.md:251-255 SKILL.md:255-281 SKILL.md:281-285 SKILL.md:285-305 SKILL.md:305-311 SKILL.md:311-313 SKILL.md:313-314 SKILL.md:314-316 SKILL.md:316-319 SKILL.md:319 SKILL.md:319-321 SKILL.md:321-326 SKILL.md:326-331 SKILL.md:331-336 SKILL.md:336-345 SKILL.md:345-351 SKILL.md:351-361 SKILL.md:361-369 SKILL.md:369-370 SKILL.md:370-371 SKILL.md:371-372 SKILL.md:372-373 SKILL.md:373-374
📁 Acceso al sistema de archivos (40)
references/annotation-validation.md:22-24 references/annotation-validation.md:83-85 references/core-concepts.md:13-15 references/core-concepts.md:143-145 references/data-management.md:10-12 references/integrations.md:14-16 references/integrations.md:105-107 references/integrations.md:138-139 references/integrations.md:159-161 references/integrations.md:183-185 references/integrations.md:212-214 references/integrations.md:250-252 references/integrations.md:287-289 references/integrations.md:327-329 references/integrations.md:363-365 references/integrations.md:390-392 references/integrations.md:419-421 references/integrations.md:530-532 references/integrations.md:558-560 references/integrations.md:431 references/ontologies.md:36-37 references/ontologies.md:212-214 references/ontologies.md:405-407 references/setup-deployment.md:77 references/setup-deployment.md:77 references/setup-deployment.md:286 references/setup-deployment.md:499 references/setup-deployment.md:505 references/setup-deployment.md:54-55 references/setup-deployment.md:329-331 references/setup-deployment.md:369-371 references/setup-deployment.md:389-391 references/setup-deployment.md:601-603 references/setup-deployment.md:683-684 references/setup-deployment.md:381 references/setup-deployment.md:685 SKILL.md:192-193 SKILL.md:223-225 SKILL.md:256-257 SKILL.md:287-289
🌐 Acceso a red (18)
references/integrations.md:535 references/integrations.md:46 references/integrations.md:72 references/integrations.md:491 references/integrations.md:494 references/integrations.md:535 references/setup-deployment.md:66 references/setup-deployment.md:118 references/setup-deployment.md:260 references/setup-deployment.md:266 references/setup-deployment.md:407 references/setup-deployment.md:423 skill-report.json:6 SKILL.md:380 SKILL.md:381 SKILL.md:382 SKILL.md:383 SKILL.md:384
🔑 Variables de entorno (14)
references/integrations.md:49 references/integrations.md:50 references/integrations.md:612 references/integrations.md:613 references/integrations.md:620 references/setup-deployment.md:205 references/setup-deployment.md:206 references/setup-deployment.md:257 references/setup-deployment.md:258 references/setup-deployment.md:263 references/setup-deployment.md:264 references/setup-deployment.md:244 references/setup-deployment.md:206 references/setup-deployment.md:264
Auditado por: claude Ver historial de auditorías →
Puntuación de calidad
45
Arquitectura
100
Mantenibilidad
83
Contenido
22
Comunidad
100
Seguridad
91
Cumplimiento de la especificación
Lo que puedes crear
تتبع تحليل الخلايا المنفردة
تتبع خطوط أنابيب تحليل scRNA-seq مع التتبع التلقائي من التعدادات الخام إلى المؤامرات النهائية
التحقق من التعليقات البيولوجية
توحيد أنواع الخلايا وتعليقات الأنسجة مقابل Cell Ontology و Uberon
دمج تتبع التجارب
جمع إصدار بيانات LaminDB مع Weights & Biases أو MLflow لخطوط أنابيب ML قابلة لإعادة الإنتاج
Prueba estos prompts
البدء مع LaminDB
ساعدني في إعداد LaminDB لإدارة بيانات RNA-seq للخلايا المنفردة. قم بتضمين التهيئة والتخزين المؤقت والبدء بإنشاء أول قطعة من بيانات من كائن AnnData.
إضافة التحقق من الأنطولوجيا
أظهر لي كيفية التحقق من تعليقات نوع الخلية في بيانات scRNA-seq الخاصة بي باستخدام Cell Ontology (Bionty). قم بتضمين استيراد الأنطولوجيا وتوحيد المصطلحات وإنشاء القطع المحققة.
تتبع أصل سير العمل
أريد تتبع خط التحليل الخاص بي مع LaminDB. أنشئ سير عمل باستخدام ln.track() الذي يلتقط التزامات Git والمعلمات والقطع المدخلة والقطعة الناتجة لخط أنابيب Nextflow أو Snakemake.
الاستعلام عن البيانات البيولوجية
كيف يمكنني الاستعلام عن القطع الخاصة بي في LaminDB حسب الخصائص البيولوجية؟ أظهر لي كيفية تصفية القطع حسب نوع الخلية أو الأنسجة أو المرض، وكيفية استخدام الاستعلامات المبنية على الخصائص للعثور على مجموعات البيانات ذات الصلة.
Mejores prácticas
- استدعاء ln.track() في بداية كل دفتر ملاحظات أو نص برمجي لالتقاط الأصل الكامل
- استخدام المفاتيح الهرمية (project/experiment/batch/file.h5ad) للتصفح المنظم للبيانات
- استخدام الأنطولوجيات البيولوجية (CellType، Tissue، Gene) قبل التحقق من البيانات
- تعريف الخصائص المكتوبة مسبقًا للتعليق المنسق على البيانات الوصفية والاستعلام عنها
Evitar
- تجاهل ln.track() - يكسر تتبع الأصل وإمكانية إعادة الإنتاج
- استخدام المسارات المشفرة بدلاً من مفاتيح LaminDB لإدارة القطع
- التحقق من البيانات دون استيراد الأنطولوجيات ذات الصلة أولاً
- تحميل مجموعات البيانات الكاملة في الذاكرة دون استخدام البث للملفات الكبيرة
Preguntas frecuentes
ما قواعد البيانات التي يدعمها LaminDB؟
SQLite للتطوير المحلي و PostgreSQL للإنتاج. يدعم التخزين السحابي AWS S3 و Google Cloud Storage والخدمات المتوافقة مع S3 مثل MinIO و Cloudflare R2.
كم عدد الأنطولوجيات البيولوجية المتاحة؟
يوفر LaminDB عبر Bionty إمكانية الوصول إلى أكثر من 20 أنطولوجيا بما في ذلك Cell Ontology و Uberon و Gene Ontology و Disease Ontology و UniProt و Ensembl والمزيد.
هل يمكن لـ LaminDB التكامل مع مديري سير العمل الموجودين؟
نعم، يتكامل LaminDB مع Nextflow و Snakemake و Redun. استخدم ln.track() داخل نصوص سير العمل لالتقاط أصل التنفيذ تلقائيًا.
هل يتم إرسال بياناتي إلى خوادم LaminDB؟
لا. يجمع المصادقة فقط البيانات الوصفية الأساسية للمستخدم. تظل بياناتك الفعلية في التخزين الذي قمت بتكوينه (محلي أو سحابي) ولا يتم نقلها أبدًا إلى خوادم LaminDB.
لماذا يفشل التحقق للمصطلحات الصحيحة؟
تأكد من استدعاء import_source() للأنطولوجيا ذات الصلة. يتطلب التحقق تحميل الأنطولوجيا في السجل المحلي الخاص بك. استخدم bt.Registry.validate() للتحقق من المصطلحات قبل التعليق.
كيف يقارن LaminDB بأدوات إدارة البيانات الأخرى؟
يجمع LaminDB بين إصدار البيانات وتتبع الأصل والتحقق من الأنطولوجيا البيولوجية في إطار واحد. على عكس الأدوات العامة، فهو يتخصص في الامتثال لـ FAIR للعلوم الحياتية مع دعم مدمج لتنسيقات البيانات أحادية الخلية ومتعددة الوسائط.
Detalles del desarrollador
Autor
davila7Licencia
MIT
Repositorio
https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/main/cli-tool/components/skills/scientific/lamindbRef.
main
Estructura de archivos