lamindb
Gestionar datos biológicos con LaminDB
También disponible en: davila7
La investigación biológica genera conjuntos de datos complejos que son difíciles de rastrear, consultar y reproducir. LaminDB proporciona un marco unificado para gestionar datos biológicos con seguimiento automático del linaje, anotaciones basadas en ontologías e integración perfecta con gestores de flujos de trabajo.
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Pruébalo
Usando "lamindb". How do I track my notebook analysis with LaminDB?
Resultado esperado:
- Use ln.track() at the start of your notebook to begin lineage capture
- Import your data and perform analysis as normal
- Call ln.finish() to complete tracking when done
- View lineage with artifact.view_lineage() to see data provenance
Usando "lamindb". Can you help me validate my experimental metadata?
Resultado esperado:
- Define a schema with required columns and data types
- Create a DataFrameCurator or AnnDataCurator with your schema
- Use curator.validate() to check data integrity
- Use .cat.standardize() to fix typos and map synonyms
Usando "lamindb". How do I connect LaminDB to my cloud storage?
Resultado esperado:
- Install extras: pip install 'lamindb[aws]' or 'lamindb[gcp]'
- Configure storage: lamin init --storage s3://your-bucket
- Set credentials via environment variables or config files
- LaminDB handles caching and sync automatically
Auditoría de seguridad
SeguroThis is a pure documentation skill containing only markdown files with code examples for LaminDB biological data management. All 607 static findings are false positives. The analyzer incorrectly flagged markdown code formatting (backticks, code blocks), documentation about cloud storage configuration (AWS, GCP credentials), and library usage patterns (ln.Artifact) as security issues. No executable code, scripts, credential harvesting, or malicious patterns exist.
Factores de riesgo
⚙️ Comandos externos (3)
📁 Acceso al sistema de archivos (2)
🌐 Acceso a red (2)
🔑 Variables de entorno (2)
Puntuación de calidad
Lo que puedes crear
Anotar datos scRNA-seq
Validar y estandarizar anotaciones de tipos celulares usando vocabularios controlados de Cell Ontology
Construir data lakehouses
Crear interfaces de consulta unificadas entre múltiples conjuntos de datos biológicos con versionado automático
Rastrear linaje de modelos
Vincular artefactos de datos de entrenamiento a experimentos de MLflow o W&B para reproducibilidad completa
Prueba estos prompts
Ayúdame a configurar LaminDB localmente. Quiero instalarlo, autenticarme e inicializar una instancia local para gestionar mis conjuntos de datos de célular única.
Tengo datos scRNA-seq con etiquetas de tipo celular. Muéstrame cómo validar y estandarizar estas etiquetas usando Cell Ontology vía Bionty.
Ejecuto flujos Nextflow para análisis de RNA-seq masivo. Muéstrame cómo integrar LaminDB para rastrear qué código produjo qué archivos de salida.
Tengo cientos de archivos Parquet organizados por experimento y lote. Muéstrame cómo consultar todos los artefactos del proyecto X con tejido=PBMC y condición=tratado sin cargar todos los archivos.
Mejores prácticas
- Comienza cada cuaderno de análisis con ln.track() y termina con ln.finish() para captura automática del linaje
- Define esquemas y valida los datos temprano para detectar problemas antes del análisis extenso
- Usa claves de artefactos jerárquicos como 'proyecto/experimento/lote/archivo.h5ad' para organización
Evitar
- Crear nuevas claves de artefactos para versiones modificadas en lugar de usar el versionado integrado
- Cargar conjuntos de datos grandes sin filtrar primero - consulta metadatos primero para reducir E/S
- Omitir la estandarización de ontologías que conduce a consultas inconsistentes entre términos similares
Preguntas frecuentes
¿Qué formatos de datos soporta LaminDB?
¿Necesito un servidor para usar LaminDB?
¿Cómo integra LaminDB con Nextflow?
¿Qué ontologías biológicas están disponibles?
¿Puedo usar LaminDB sin internet?
¿Cómo es diferente LaminDB de una base de datos?
Detalles del desarrollador
Autor
K-Dense-AILicencia
Apache-2.0 license
Repositorio
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/lamindbRef.
main
Estructura de archivos