histolab
安全 72處理數位病理學的全切片影像
由 K-Dense-AI
Histolab 自動化從數十億像素的全切片影像中進行組織偵測和 tiles 擷取。它處理 WSI 檔案,為深度學習管線和醫學研究提取資訊豐富的 tiles。
gwas-database
安全 68查詢 GWAS 目錄以獲取 SNP 性狀關聯
由 K-Dense-AI
存取來自 NHGRI-EBI GWAS 目錄的全基因組關聯研究資料。透過 rs ID、性狀或基因進行變異搜尋,以檢索遺傳研究所需的 p 值、效應量和摘要統計資料。
gtars
安全 71分析基因組區間和覆蓋軌跡
由 K-Dense-AI
處理和分析基因組區間數據以進行生物資訊學研究。Gtars 提供高效能工具,用於重疊檢測、覆蓋分析和基因組序列的機器學習標記化。
gget
安全 77查詢基因組資料庫以獲取基因資訊和序列
由 K-Dense-AI
gget 透過簡單的 CLI 或 Python 介面,提供對 20 多個基因組資料庫的統一存取。查詢基因資訊、檢索序列、執行 BLAST 搜尋,以及執行富集分析,無需管理多個 API 連線。
get-available-resources
低風險 69偵測科學運算的系統資源
由 K-Dense-AI
科學運算任務需要硬體資訊以選擇最佳計算策略。此技能會自動偵測 CPU 核心數、GPU 可用性、記憶體與磁碟空間,並產生平行處理與 GPU 加速的建議。
geopandas
安全 71處理地理空間向量資料
由 K-Dense-AI
GeoPandas 擴展了 pandas 的地理空間操作功能。它可以讀取 shapefile、GeoJSON 和 PostGIS 資料。執行空間連接、緩衝分析、座標轉換,並透過 matplotlib 整合創建分級填色圖。
flowio
安全 69讀取和寫入 FCS 流式細胞術檔案
由 K-Dense-AI
流式細胞術資料需要專業的檔案處理。FlowIO 能解析 FCS 檔案、將事件資料擷取為 NumPy 陣列,並可轉換為 CSV 格式以供下游分析管線使用。
fda-database
安全 75查詢FDA藥品和醫療器材數據庫
由 K-Dense-AI
透過官方openFDA API存取全面的FDA監管數據,包括藥品不良事件、醫療器材召回和安全資訊。使用Python建立藥物警戒和監管研究工作流程。
exploratory-data-analysis
安全 80自動分析科學數據檔案
由 K-Dense-AI
科學數據檔案有數百種格式。此技能可自動偵測檔案類型、提取元數據、評估數據品質,並產生帶有格式特定分析建議的綜合 markdown 報告。
drugbank-database
安全 77存取 DrugBank 藥物資料庫資訊
由 K-Dense-AI
DrugBank 是一個包含詳細藥物資訊的綜合生物資訊學資料庫。此技能可程式化地存取藥物特性、交互作用、標靶、路徑和化學結構,用於藥理學研究和藥物發現。
deeptools
安全 79使用 deepTools 分析 NGS 資料
由 K-Dense-AI
處理並視覺化下一代定序資料。將 BAM 轉換為 bigWig、產生品質控制圖表,並為 ChIP-seq、RNA-seq 和 ATAC-seq 實驗建立可發表的熱圖。
deepchem
安全 75將機器學習應用於化學和藥物發現
由 K-Dense-AI
使用 DeepChem 預測分子的溶解度、毒性和結合親和力等屬性。訓練圖神經網絡或使用預訓練模型(如 ChemBERTa)進行藥物發現和材料科學應用。
datacommons-client
低風險 70從 Data Commons 查詢公共統計數據
由 K-Dense-AI
存取來自 Data Commons 的全球統計數據,包括人口、經濟、健康和環境指標。使用 Python 客戶端方法查詢人口數據、GDP、失業率和地理關係。
dask
安全 71使用 Dask 分散式運算擴展 pandas 和 NumPy
由 K-Dense-AI
使用平行運算處理超過可用 RAM 的資料集。將單機 pandas 和 NumPy 工作流程轉換為可在多核心或分散式叢集上運行的程式碼,無需重寫程式碼。
cobrapy
安全 69使用COBRApy分析代謝模型
由 K-Dense-AI
代謝建模需要約束基礎重建和分析方法的專業知識。COBRApy為系統生物學研究提供了一個全面的Python介面,用於通量平衡分析、基因剔除研究和生產包絡線計算。
clinicaltrials-database
安全 75搜尋 ClinicalTrials.gov 以尋找醫學研究
由 K-Dense-AI
搜尋相關的臨床試驗需要查詢大型註冊資料庫。本技能提供 Python 介面來查詢 ClinicalTrials.gov API v2,可依疾病、藥物、地點或贊助者搜尋試驗,並擷取詳細的研究資訊。
clinical-reports
安全 78撰寫符合規範的臨床報告
由 K-Dense-AI
臨床文件需要精確性和法規遵循。本技能提供病例報告、診斷報告、臨床試驗文件和患者記錄的範本和驗證工具,符合 HIPAA、FDA 和 ICH-GCP 標準。
chembl-database
安全 75查詢 ChEMBL 生物活性分子與藥物發現數據
由 K-Dense-AI
存取 ChEMBL 資料庫以按結構和屬性搜索化合物。檢索生物活性測量數據,尋找抑制劑,並進行結構-活性關係研究以支援藥物發現研究。
brenda-database
低風險 72從 BRENDA 資料庫查詢酶數據
由 K-Dense-AI
存取來自全球最大酶資料庫的綜合酶動力學數據。查找 Km 值、反應方程式、生物體特定參數和底物特異性數據,用於生物化學研究和代謝工程。
bioservices
安全 77從 Python 存取生物資訊學資料庫
由 K-Dense-AI
用一致的 Python API 查詢 40 多個生物資料庫,包括 UniProt、KEGG 和 ChEMBL。簡化生物資訊學研究中的跨資料庫分析和識別符轉換。