스킬 matchms
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matchms

안전 ⚡ 스크립트 포함⚙️ 외부 명령어🌐 네트워크 접근📁 파일 시스템 액세스

分析代謝物鑑定的質譜資料

또한 다음에서 사용할 수 있습니다: davila7

質譜資料包含複雜的光譜資訊,需經專門處理。Matchms 提供完整工具來匯入、過濾與比較質譜光譜,以進行代謝物鑑定與化合物分析。

지원: Claude Codex Code(CC)
📊 71 적절함
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토글을 켜고 사용 시작

테스트해 보기

"matchms" 사용 중입니다. Calculate similarity between two spectra

예상 결과:

  • 餘弦相似度分數:0.85
  • 匹配峰:45/89
  • 最佳匹配 m/z 值:147.076, 175.107, 203.138
  • 相似度評估:高信心匹配

"matchms" 사용 중입니다. Load MGF file with 500 spectra

예상 결과:

  • 成功載入 500 個光譜
  • 每個光譜平均峰數:156
  • 前驅離子 m/z 範圍:100.5 - 2000.3
  • 離子模式:正離子 (340),負離子 (160)

"matchms" 사용 중입니다. Filter spectra with default filters

예상 결과:

  • 套用 12 個中繼資料一致化過濾器
  • 正規化 500 個強度陣列
  • 移除 23 個峰數不足的光譜
  • 最終資料集:477 個光譜

보안 감사

안전
v4 • 1/17/2026

All 268 static findings are false positives. The analyzer incorrectly flagged markdown code blocks (backticks) as shell execution, InChIKey descriptions as cryptographic algorithms, scientific database URLs as network reconnaissance, and legitimate Python code examples as malicious patterns. Matchms is a legitimate open-source mass spectrometry library for metabolomics research.

6
스캔된 파일
2,173
분석된 줄 수
4
발견 사항
4
총 감사 수
감사자: claude 감사 이력 보기 →

품질 점수

45
아키텍처
100
유지보수성
85
콘텐츠
20
커뮤니티
100
보안
91
사양 준수

만들 수 있는 것

鑑定未知代謝物

將實驗光譜與參考資料庫比對,以識別未知化合物。

處理 LC-MS/MS 資料

匯入原始質譜資料,套用品質過濾,並準備光譜以供分析。

建立光譜比對管線

建立大規模光譜比較與化合物鑑定的自動化工作流程。

이 프롬프트를 사용해 보세요

基本光譜載入
Load spectra from my MGF file and show basic statistics about the dataset
套用品質過濾
Apply default filters to normalize intensities and remove low-quality peaks from my spectra
光譜庫搜尋
Compare my query spectra against a reference library using cosine similarity and return top 5 matches
建立處理管線
Build a SpectrumProcessor pipeline that applies metadata harmonization, intensity normalization, and peak filtering

모범 사례

  • 務必先套用 default_filters 以一致化中繼資料
  • 使用合適的相似度函式(CosineGreedy 著重速度,ModifiedCosine 用於前驅離子差異)
  • 可能時以化學標準品驗證結果

피하기

  • 在相似度計算前跳過品質過濾
  • 對資料型態使用不恰當的相似度度量
  • 忽略中繼資料標準化需求

자주 묻는 질문

matchms 支援哪些檔案格式?
MGF、MSP、mzML、mzXML、JSON (GNPS)、Pickle,以及 USI 參考。
我應該使用哪種相似度度量?
一般比對使用 CosineGreedy,前驅離子質量不同時使用 ModifiedCosine。
所有功能都需要 RDKit 嗎?
僅用於化學結構處理(SMILES、InChI 轉換)。
如何處理大型光譜庫?
使用批次處理,並考慮記憶體效率較高的相似度計算。
matchms 可以鑑定未知化合物嗎?
可以,透過與參考光譜庫比對相似度分數。
mzML 和 MGF 有何差異?
mzML 含原始儀器資料,MGF 為已處理的峰列表供分析。

개발자 세부 정보

작성자

K-Dense-AI

라이선스

Apache-2.0 license

참조

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