技能 matchms
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質譜資料包含複雜的光譜資訊，需經專門處理。Matchms 提供完整工具來匯入、過濾與比較質譜光譜，以進行代謝物鑑定與化合物分析。
支援: Claude Codex Code(CC)
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下載技能 ZIP
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在 Claude 中上傳
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開啟並開始使用
測試它
正在使用「matchms」。 Calculate similarity between two spectra
預期結果:
- 餘弦相似度分數：0.85
- 匹配峰：45/89
- 最佳匹配 m/z 值：147.076, 175.107, 203.138
- 相似度評估：高信心匹配
正在使用「matchms」。 Load MGF file with 500 spectra
預期結果:
- 成功載入 500 個光譜
- 每個光譜平均峰數：156
- 前驅離子 m/z 範圍：100.5 - 2000.3
- 離子模式：正離子 (340)，負離子 (160)
正在使用「matchms」。 Filter spectra with default filters
預期結果:
- 套用 12 個中繼資料一致化過濾器
- 正規化 500 個強度陣列
- 移除 23 個峰數不足的光譜
- 最終資料集：477 個光譜
安全審計
安全v4 • 1/17/2026
All 268 static findings are false positives. The analyzer incorrectly flagged markdown code blocks (backticks) as shell execution, InChIKey descriptions as cryptographic algorithms, scientific database URLs as network reconnaissance, and legitimate Python code examples as malicious patterns. Matchms is a legitimate open-source mass spectrometry library for metabolomics research.
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已掃描檔案
2,173
分析行數
4
發現項
4
審計總數
風險因素
🌐 網路存取 (3)
📁 檔案系統存取 (1)
審計者: claude 查看審計歷史 →
品質評分
45
架構
100
可維護性
85
內容
29
社群
100
安全
91
規範符合性
你能建構什麼
鑑定未知代謝物
將實驗光譜與參考資料庫比對，以識別未知化合物。
處理 LC-MS/MS 資料
匯入原始質譜資料，套用品質過濾，並準備光譜以供分析。
建立光譜比對管線
建立大規模光譜比較與化合物鑑定的自動化工作流程。
試試這些提示
基本光譜載入
Load spectra from my MGF file and show basic statistics about the dataset
套用品質過濾
Apply default filters to normalize intensities and remove low-quality peaks from my spectra
光譜庫搜尋
Compare my query spectra against a reference library using cosine similarity and return top 5 matches
建立處理管線
Build a SpectrumProcessor pipeline that applies metadata harmonization, intensity normalization, and peak filtering
最佳實務
- 務必先套用 default_filters 以一致化中繼資料
- 使用合適的相似度函式（CosineGreedy 著重速度，ModifiedCosine 用於前驅離子差異）
- 可能時以化學標準品驗證結果
避免
- 在相似度計算前跳過品質過濾
- 對資料型態使用不恰當的相似度度量
- 忽略中繼資料標準化需求
常見問題
matchms 支援哪些檔案格式？
MGF、MSP、mzML、mzXML、JSON (GNPS)、Pickle，以及 USI 參考。
我應該使用哪種相似度度量？
一般比對使用 CosineGreedy，前驅離子質量不同時使用 ModifiedCosine。
所有功能都需要 RDKit 嗎？
僅用於化學結構處理（SMILES、InChI 轉換）。
如何處理大型光譜庫？
使用批次處理，並考慮記憶體效率較高的相似度計算。
matchms 可以鑑定未知化合物嗎？
可以，透過與參考光譜庫比對相似度分數。
mzML 和 MGF 有何差異？
mzML 含原始儀器資料，MGF 為已處理的峰列表供分析。