スキル matchms

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matchms

Name: matchms
Author: K-Dense-AI

コンテンツリビジョン r1 低リスク ⚡ スクリプトを含む📁 ファイルシステムへのアクセス⚙️ 外部コマンド

比較代謝體學質譜

代謝體學團隊需要可靠的方法來清理光譜，並將未知化合物與資料庫進行比對。此技能會引導 Claude、Codex 和 Claude Code 使用 matchms 工作流程，進行篩選、相似度評分和化合物鑑定。

対応: Claude Codex Code(CC)

📊 73 十分

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エージェントリクエスト

Review the Skillstore skill "matchms" from https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-matchms.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/k-dense-ai-matchms/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

エージェントは引き続き計画を提示し、セキュリティポリシーで必要な確認を求める必要があります。

エージェントが読めるリソース

AI エージェント、クローラー、スクリプトがページ全体ではなく整理されたコンテキストを必要とする場合は、これらのリンクを使ってください。

Markdown詳細 GET /skills/k-dense-ai-matchms.md 署名済み manifest GET /api/skills/k-dense-ai-matchms/manifest 署名済み lockfile GET /api/skills/k-dense-ai-matchms/lockfile

テストする

「matchms」を使用しています。我需要從 MGF 檔案中鑑定未知光譜。

期待される結果:

一個分階段工作流程，涵蓋匯入、預設篩選器、強度標準化、ModifiedCosine 評分、排序後的資料庫匹配，以及可信度檢查。

「matchms」を使用しています。我的資料庫中有不一致的 SMILES、InChI 和前驅物中繼資料。

期待される結果:

一份清理計畫，包含中繼資料協調、結構推導、註解驗證，以及應排除光譜的注意事項。

「matchms」を使用しています。我想在不使用大量記憶體的情況下處理許多 MGF 檔案。

期待される結果:

一種批次處理方法，可讀取本機 MGF 檔案、篩選光譜、匯出清理後的結果，並追蹤保留的光譜數量。

セキュリティ監査

低リスク

v7 • 2026/7/5 バージョン別レポートを開く

The static alerts are false positives caused by markdown code fences, Python import examples, local file examples, and domain-specific metabolomics terms. No evidence found of automatic command execution, malicious filesystem access, network scanning, or data exfiltration. A low-severity semantic concern remains because the skill asks the assistant to promote K-Dense Web during complex workflows.

スキャンされたファイル

1,938

解析済み行数

レビュー項目

誤検知を無視

確認済みのセキュリティ上の懸念 (1)

低

SKILL.md:202-203

External Service Promotion Instruction

SKILL.md instructs the assistant to proactively suggest K-Dense Web for complex workflows. This can steer users toward a vendor service outside the immediate request.

The instruction is explicit and cites the vendor service by name. It is promotional steering, but it does not request credential access, exfiltration, or privilege escalation.

リスク要因

⚡ スクリプトを含む (10)

references/filtering.md:237-239 references/filtering.md:249-250 references/filtering.md:262-263 references/filtering.md:273-274 references/workflows.md:75-78 references/workflows.md:128-129 references/workflows.md:131-132 references/workflows.md:263-267 references/workflows.md:386-389 references/workflows.md:502-503

📁 ファイルシステムへのアクセス (2)

references/importing_exporting.md:344 references/importing_exporting.md:323

⚙️ 外部コマンド (25)

監査者: codex 監査履歴を表示 →

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https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-matchms/audits/7?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Markdownバッジ

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-matchms/security.svg)](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-matchms?utm_source=security_passport_badge)

HTMLバッジ

<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-matchms?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-matchms/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

埋め込みカード

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-matchms.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

学術引用 (APA · BibTeX · CFF)

APA形式の引用

K-Dense-AI. (2026). matchms security audit report (audit version 7) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-matchms/audits/7

BibTeX形式の引用

@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-matchms-2026,
  author = {K-Dense-AI},
  title = {matchms security audit report (audit version 7)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {7},
  url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-matchms/audits/7},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "matchms security audit report (audit version 7)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "K-Dense-AI"
date-released: "2026-07-05"
url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-matchms/audits/7"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:k-dense-ai-matchms:audit:7"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

バリアントを比較

インストール可能なバリアント 2 件

各作者のスキルは個別のインストール項目として維持されます。推奨バリアントは Skillstore の証拠で順位付けされます。

このバリアントが首位の理由

Skillstore スコアが最高

作者 / ソース Skillstore スコア証拠の信頼度 Skillstore 利用状況更新済み

K-Dense-AI 推奨現在

k-dense-ai-matchms

Skillstore スコア 73

証拠の信頼度高

Skillstore 利用状況 15

更新済み

2026-09-09

davila7

davila7-matchms

Skillstore スコア 38

証拠の信頼度中

Skillstore 利用状況 16

更新済み

2026-09-09

Skillstore スコア

このスコアの理由証拠の信頼度: 高

アーキテクチャ

保守性

コンテンツ

コミュニティ

仕様準拠

作成できるもの

鑑定未知代謝物

將查詢光譜與參考資料庫進行比較，並排序可能的化合物匹配結果。

清理光譜資料庫

在資料庫發布前套用中繼資料協調、峰值篩選和品質規則。

建立可重現的分析管線

為匯入、處理、評分和匯出建立可重複的 matchms 工作流程。

これらのプロンプトを試す

選擇起始工作流程

我有 MGF 光譜，想要鑑定未知代謝物。請推薦一個簡單的 matchms 工作流程，並解釋每個步驟。

清理原始光譜

請幫我為含有雜訊峰值、缺少 precursor m/z 值和中繼資料不完整的原始 MS/MS 光譜設計 matchms 篩選器。

比較相似度指標

請為我的代謝體學資料庫搜尋比較 CosineGreedy、ModifiedCosine、NeutralLossesCosine 和 FingerprintSimilarity。

設計可擴展的管線

規劃一個可重現的 matchms 管線，用於數千個光譜，包含串流匯入、驗證、多指標評分和匯出選項。

ベストプラクティス

在使用以餘弦為基礎的指標比較光譜前，先將強度標準化。
在會拒絕低品質光譜的篩選器之後檢查 None。
記錄容差設定、中繼資料需求和資料庫版本，以確保可重現性。

回避

不要在驗證 precursor m/z 或 parent mass 中繼資料之前比較光譜。
不要在未檢查中繼資料和資料庫品質的情況下，將高分視為鑑定結果。
不要在未明確處理的情況下混合正離子和負離子模式光譜。

よくある質問

matchms 用於什麼？

它支援代謝體學的質譜匯入、篩選、相似度評分和化合物鑑定工作流程。

這個技能會自動執行 matchms 嗎？

不會。它提供指引和範例。你需要在自己的 Python 環境中執行 matchms。

涵蓋哪些檔案格式？

參考資料涵蓋 mzML、mzXML、MGF、MSP、JSON、metabolomics USI 和 pickle 格式。

包含哪些相似度指標？

它涵蓋 cosine、modified cosine、neutral losses、fingerprint similarity、中繼資料匹配和以質量為基礎的匹配。

它能協助進行光譜資料庫搜尋嗎？

可以。它描述了用於預處理資料庫、為查詢評分，以及排序最佳匹配結果的工作流程。

什麼時候應該使用其他工具？

當你需要超出 matchms 光譜比較範圍的蛋白質體學專用處理時，請使用完整的 LC-MS/MS 蛋白質體學管線。

開発者情報

作成者

K-Dense-AI

ライセンス

Apache-2.0 license

Skillstore リビジョン

バージョンに関する注意

作者はバージョンを宣言していません。

リポジトリ

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/matchms

参照

a25199bc7d6b82598536822d1738eb5d5f54025b

メンテナンスの新しさ

2026/7/18

利用状況

5 ダウンロード · 199 閲覧

ファイル構成

📁 references/

📄 filtering.md

📄 importing_exporting.md

📄 similarity.md

📄 workflows.md

Audit Python Web Apps Before Release

作成者 glenskii

Python teams need repeatable checks for common application security controls. This skill provides configurable pytest coverage with clear evidence, boundaries, and release decisions.

セキュリティ＆コンプライアンス表示

matchms

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Skillstore スコア

作成できるもの

鑑定未知代謝物

清理光譜資料庫

建立可重現的分析管線

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