研究人員需要高效存取 KEGG 生物資訊數據以進行途徑分析和基因映射。此技能提供 Python 輔助函數，用於所有 KEGG REST API 操作，包括途徑檢索、基因-途徑映射、化合物搜尋以及數據庫之間的 ID 轉換。
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開啟並開始使用
測試它
正在使用「kegg-database」。 找出與糖解基因 hsa:10458 相關的途徑
預期結果:
- 途徑 hsa00010: 糖解作用 / 糖異生
- 途徑 hsa01100: 代謝途徑
- 途徑 hsa01200: 碳代謝
- 途徑 hsa01210: 2-氧代羧酸代謝
- 途徑 hsa01230: 胺基酸生物合成
正在使用「kegg-database」。 取得藥物 D00001 的資訊
預期結果:
- 藥物: D00001
- 名稱: Theophylline
- 類別: 嘌呤生物鹼
- 化學式: C7H8N4O2
- 目標: 腺苷受體
正在使用「kegg-database」。 將人類基因 KEGG ID 轉換為 UniProt
預期結果:
- hsa:10458 -> Q9Y5K8
- hsa:10459 -> Q9Y5K9
- hsa:10572 -> Q8NHW6
安全審計
安全All 253 static findings are false positives. The scanner incorrectly flags Markdown backticks as Ruby shell execution, KEGG API URLs as suspicious network targets, and bioinformatics identifiers (pathway IDs, gene names) as weak crypto algorithms. This is a legitimate bioinformatics research tool that uses standard urllib for HTTP requests to the official KEGG REST API. No malicious code, command injection, or data exfiltration present.
風險因素
品質評分
你能建構什麼
途徑富集分析
將感興趣的基因映射到 KEGG 途徑，並檢索詳細的途徑資訊以進行富集研究。
跨數據庫整合
將 KEGG 基因 ID 轉換為 UniProt、NCBI Gene ID 或 PubChem，以整合到其他分析流程中。
藥物相互作用篩選
搜尋藥物數據庫，並使用 KEGG DDI 端點檢查潜在的藥物-藥物相互作用。
試試這些提示
使用 kegg_list 檢索人類（hsa）的所有 KEGG 途徑，並顯示前 10 個途徑 ID 和名稱。
使用 kegg_find 在 KEGG 基因數據庫中搜尋與 'p53' 匹配的條目，並顯示結果。
使用 kegg_link 找出包含 TP53 基因（hsa:7157）的所有 KEGG 途徑，並檢索每個途徑的基本資訊。
使用 kegg_conv 將所有人類基因 KEGG ID 轉換為 NCBI Gene ID，並顯示前 5 個映射配對。
最佳實務
- 在本地快取 API 結果以減少冗餘請求並遵守速率限制。
- 檢查 HTTP 狀態碼（200=成功，400=錯誤請求，404=未找到）以進行錯誤處理。
- 使用特定的生物體代碼（hsa、mmu、eco）來縮小結果範圍並提高效能。
避免
- 在沒有延遲的情況下進行快速連續請求 - 違反 KEGG API 使用指南。
- 忽略 HTTP 錯誤回應 - 始終適當處理 400/404 錯誤。
- 在單次呼叫中請求超過 10 個條目 - KEGG 限制批次操作。
常見問題
什麼是 KEGG？
此技能免費使用嗎？
支援哪些生物體？
我可以取得序列數據嗎？
如何轉換基因 ID？
API 限制是什麼？
開發者詳情
作者
K-Dense-AI授權
Non-academic use of KEGG requires a commercial license
儲存庫
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/kegg-database引用
main
檔案結構