スキル geo-database
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geo-database
コンテンツリビジョン r1 安全 🌐 ネットワークアクセス⚙️ 外部コマンド📁 ファイルシステムへのアクセス🔑 環境変数
探索 NCBI GEO 表現資料
研究人員經常需要可靠的方法來尋找並重複使用公開的基因表現資料集。此技能會引導 Claude、Codex 和 Claude Code 完成 NCBI GEO 搜尋、擷取、剖析和分析工作流程。
対応: Claude Codex Code(CC)
自分のエージェントでインストール
このリクエストをエージェントにコピーしてください。正規の Skill ページとマニフェストが含まれています。
エージェントリクエスト
Review the Skillstore skill "geo-database" from https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/k-dense-ai-geo-database/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.エージェントは引き続き計画を提示し、セキュリティポリシーで必要な確認を求める必要があります。
エージェントが読めるリソース
AI エージェント、クローラー、スクリプトがページ全体ではなく整理されたコンテキストを必要とする場合は、これらのリンクを使ってください。
テストする
「geo-database」を使用しています。 尋找人類乳癌 RNA-seq 的 GEO 研究。
期待される結果:
一份精簡的候選 GEO Series 清單，包含生物體、技術、樣本背景，以及中繼資料審閱的後續步驟。
「geo-database」を使用しています。 說明我應該為 GSE123456 下載哪些檔案。
期待される結果:
以淺白語言比較 series matrix、SOFT、MINiML 和補充檔案，並說明每種格式在何時有用。
「geo-database」を使用しています。 為一個 GEO Series 規劃差異表現工作流程。
期待される結果:
逐步分析計畫，涵蓋下載、中繼資料檢查、群組指定、表現擷取、品質管制、檢定，以及引用注意事項。
セキュリティ監査
安全v9 • 2026/7/9 バージョン別レポートを開く
The skill is primarily documentation and examples for accessing public NCBI GEO data. I confirmed the plaintext FTP guidance as a medium concern because it can expose downloads to tampering. The remaining static findings are false positives involving public URLs, Markdown fences, placeholder keys, local data saves, and GEO identifiers.
2
スキャンされたファイル
1,645
解析済み行数
7
レビュー項目
0
誤検知を無視
機能レビュー項目 (7)
これらは、このスキルに期待される可能性のある実際のローカル機能であるため、レビューが必要ですが、確認済みの悪意ある動作としてはカウントされません。
中
FTP protocol
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE{nnn}nnn/GSE{xxxxx}/
The skill documents or recommends plaintext ftp:// GEO downloads. FTP lacks transport integrity and confidentiality, so users could receive tampered data on hostile networks.
中
FTP protocol
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/samples/GSM{nnn}nnn/GSM{xxxxx}/
The skill documents or recommends plaintext ftp:// GEO downloads. FTP lacks transport integrity and confidentiality, so users could receive tampered data on hostile networks.
中
FTP protocol
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/platforms/GPL{nnn}nnn/GPL{xxxxx}/
The skill documents or recommends plaintext ftp:// GEO downloads. FTP lacks transport integrity and confidentiality, so users could receive tampered data on hostile networks.
中
FTP protocol
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE123nnn/GSE123456/matrix/GSE123456_series_matrix.txt.gz
The skill documents or recommends plaintext ftp:// GEO downloads. FTP lacks transport integrity and confidentiality, so users could receive tampered data on hostile networks.
中
FTP protocol
wget -r -np -nd ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE123nnn/GSE123456/suppl/
The skill documents or recommends plaintext ftp:// GEO downloads. FTP lacks transport integrity and confidentiality, so users could receive tampered data on hostile networks.
中
FTP protocol
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE123nnn/GSE123456/soft/GSE123456_family.soft.gz
The skill documents or recommends plaintext ftp:// GEO downloads. FTP lacks transport integrity and confidentiality, so users could receive tampered data on hostile networks.
中
FTP protocol
- **GEO FTP Site:** ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
The skill documents or recommends plaintext ftp:// GEO downloads. FTP lacks transport integrity and confidentiality, so users could receive tampered data on hostile networks.
リスク要因
🌐 ネットワークアクセス (26)
references/geo_reference.md:169 references/geo_reference.md:12 references/geo_reference.md:23 references/geo_reference.md:68 references/geo_reference.md:108 references/geo_reference.md:138 references/geo_reference.md:173 references/geo_reference.md:202 references/geo_reference.md:295 references/geo_reference.md:434 references/geo_reference.md:504 references/geo_reference.md:541 references/geo_reference.md:551 SKILL.md:674 SKILL.md:726 SKILL.md:805 SKILL.md:806 SKILL.md:807 SKILL.md:808 SKILL.md:810 SKILL.md:811 SKILL.md:812 SKILL.md:402 SKILL.md:405 SKILL.md:408 SKILL.md:809
⚙️ 外部コマンド (39)
SKILL.md:61-89 SKILL.md:89-95 SKILL.md:95-112 SKILL.md:112-116 SKILL.md:116-137 SKILL.md:137-144 SKILL.md:144-146 SKILL.md:146-150 SKILL.md:150-173 SKILL.md:173-177 SKILL.md:177-198 SKILL.md:198-202 SKILL.md:202-219 SKILL.md:219-223 SKILL.md:223-246 SKILL.md:246-254 SKILL.md:254-301 SKILL.md:301-305 SKILL.md:305-347 SKILL.md:347-355 SKILL.md:355-396 SKILL.md:396-400 SKILL.md:400-409 SKILL.md:409-415 SKILL.md:415-449 SKILL.md:449-453 SKILL.md:453-502 SKILL.md:502-506 SKILL.md:506-538 SKILL.md:538-544 SKILL.md:544-586 SKILL.md:586-590 SKILL.md:590-640 SKILL.md:640-646 SKILL.md:646-661 SKILL.md:661-667 SKILL.md:667-679 SKILL.md:679-736 SKILL.md:736
📁 ファイルシステムへのアクセス (2)
🔑 環境変数 (1)
監査者: codex 監査履歴を表示 →
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https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_reportMarkdownバッジ
[](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database?utm_source=security_passport_badge)HTMLバッジ
<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-geo-database/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>埋め込みカード
<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-geo-database.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>学術引用 (APA · BibTeX · CFF)
APA形式の引用
K-Dense-AI. (2026). geo-database security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database/audits/9BibTeX形式の引用
@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-geo-database-2026,
author = {K-Dense-AI},
title = {geo-database security audit report (audit version 9)},
institution = {Skillstore},
year = {2026},
number = {9},
url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database/audits/9},
note = {Author version unspecified}
}CITATION.cff
cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "geo-database security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
- name: "K-Dense-AI"
date-released: "2026-07-09"
url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database/audits/9"
identifiers:
- type: other
value: "skillstore:k-dense-ai-geo-database:audit:9"
description: "Skillstore immutable audit report identifier"
バリアントを比較
インストール可能なバリアント 2 件各作者のスキルは個別のインストール項目として維持されます。推奨バリアントは Skillstore の証拠で順位付けされます。
このバリアントが首位の理由
Skillstore スコアが最高
作者 / ソース Skillstore スコア 証拠の信頼度 Skillstore 利用状況 更新済み
Skillstore スコア
このスコアの理由 証拠の信頼度: 高 41
アーキテクチャ
75
保守性
87
コンテンツ
70
コミュニティ
74
仕様準拠
作成できるもの
尋找疾病表現研究
在 GEO 中搜尋人類疾病資料集，並摘要候選 GSE 紀錄以供審查。
準備表現矩陣
下載 GEO Series、檢查樣本中繼資料，並擷取矩陣以供下游分析使用。
比較某個基因的研究
找出某個基因的平台探針，並比較所選研究之間的表現摘要。
これらのプロンプトを試す
搜尋資料集
尋找關於 [condition]、在 [organism] 中的 NCBI GEO 資料集。回傳可能的 GSE accessions、研究類型、樣本數，以及每個結果相關的原因。
擷取研究中繼資料
使用 GEO 指引審閱 [GSE accession]。摘要標題、生物體、平台、樣本、實驗設計，以及可用的檔案類型。
規劃表現分析
建立一個工作流程，用於下載 [GSE accession]、擷取表現矩陣、分離對照與處理樣本，並檢查資料品質。
設計統合分析工作流程
規劃一個可重現的 GEO 統合分析，針對 [gene or pathway] 橫跨 [GSE accessions]。納入中繼資料協調、探針對應、正規化檢查，以及統計注意事項。
ベストプラクティス
- 設定 Entrez 電子郵件地址，並在每次自動化查詢中遵守 NCBI 速率限制。
- 在比較表現值之前，先檢查樣本中繼資料、平台註解和處理方法。
- 將大型下載快取到本機，並記錄資料集 accessions、版本和引用。
回避
- 不要假設所有 GEO 研究都使用可比較的正規化或實驗設計。
- 不要在未檢查磁碟空間和檔案用途前下載大型補充檔案。
- 不要在沒有平台特定註解對應的情況下，將探針識別碼視為基因符號。
よくある質問
什麼是 NCBI GEO？
NCBI GEO 是一個用於基因表現和功能基因體學資料集的公開儲存庫。
此技能可以下載 GEO 檔案嗎？
可以。它提供 GEOparse、E-utilities，以及從 GEO 位置直接下載檔案的工作流程。
它支援 RNA-seq 和 microarray 資料嗎？
可以。此指引涵蓋 sequencing 和 array 實驗的 GEO 研究搜尋與檔案處理。
它會執行最終統計解釋嗎？
不會。它可以概述分析步驟，但結果需要統計和生物學審查。
它預期使用哪些工具？
範例使用 GEOparse、Biopython、pandas、scipy 和視覺化套件等 Python 程式庫。
我應該如何處理 API keys？
只有在需要時才使用 NCBI API keys，請安全地儲存它們，並避免將它們提交到共享檔案中。
開発者情報
作成者
K-Dense-AIライセンス
Unknown
Skillstore リビジョン
r1
バージョンに関する注意
作者はバージョンを宣言していません。
リポジトリ
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/geo-database参照
26421118b848d9f1efc0aa169d8a7a9e7e0a877e
メンテナンスの新しさ
2026/7/18
利用状況
8 ダウンロード · 220 閲覧
ファイル構成