技能 packmol
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packmol
v1.0.0 內容修訂 r1 安全 📁 檔案系統存取⚙️ 外部命令🌐 網路存取
建置 Packmol 分子系統
準備分子動力學起始結構需要精確的 Packmol 語法與幾何選擇。此技能可協助為 Packmol 工作流程建立輸入、溶劑化設定、界面與驗證步驟。
支援: Claude Codex Code(CC)
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智能體請求
Review the Skillstore skill "packmol" from https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/chenghao-wu-packmol/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.你的智慧代理仍應顯示其計畫，並依安全政策請求必要確認。
Agent 可讀資源
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測試它
正在使用「packmol」。 使用者要求 1000 個水分子的模擬盒。
預期結果:
包含 tolerance、盒子尺寸、結構數量、輸出名稱與驗證檢查的 Packmol 設定方案。
正在使用「packmol」。 使用者要求溶劑化帶電蛋白質。
預期結果:
包含殼層大小、估算離子、週期性盒子指引與成功檢查的蛋白質溶劑化工作流程。
正在使用「packmol」。 使用者回報界面堆疊執行失敗。
預期結果:
涵蓋約束衝突、分子數量、tolerance 與增量測試的疑難排解摘要。
安全審計
安全v8 • 2026/7/5 開啟版本化報告
Most static findings are false positives from Markdown code fences, relative documentation links, scientific terms, and reference URLs. The helper scripts write explicit output files and optionally run a fixed packmol command without shell interpolation. No prompt injection, data exfiltration intent, or hidden malicious behavior was found.
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已掃描檔案
6,746
分析行數
0
複核項目
0
已忽略的誤報
風險因素
📁 檔案系統存取 (21)
examples/basic/README.md:118 examples/interface/README.md:453 examples/interface/README.md:454 examples/interface/README.md:455 examples/interface/README.md:456 examples/solvation/README.md:262 examples/solvation/README.md:263 examples/solvation/README.md:264 examples/solvation/README.md:265 references/constraints.md:528 references/constraints.md:529 references/file_formats.md:467 references/file_formats.md:468 references/parameters.md:754 references/parameters.md:755 references/parameters.md:756 references/troubleshooting.md:681 references/troubleshooting.md:682 scripts/check_overlaps.py:85 scripts/generate_input.py:277 scripts/solvate_helper.py:365
⚙️ 外部命令 (77)
scripts/solvate_helper.py:378 SKILL.md:19-21 SKILL.md:21-25 SKILL.md:25-27 SKILL.md:27-37 SKILL.md:37-47 SKILL.md:47-51 SKILL.md:51-53 SKILL.md:53-59 SKILL.md:59-85 SKILL.md:85-91 SKILL.md:91-107 SKILL.md:107-122 SKILL.md:122-128 SKILL.md:128-132 SKILL.md:132-133 SKILL.md:133-134 SKILL.md:134-135 SKILL.md:135 SKILL.md:136-148 SKILL.md:148-162 SKILL.md:162-169 SKILL.md:169 SKILL.md:175-177 SKILL.md:177-185 SKILL.md:185-199 SKILL.md:199-207 SKILL.md:207-225 SKILL.md:225-231 SKILL.md:231-232 SKILL.md:232-233 SKILL.md:233-237 SKILL.md:237 SKILL.md:238-239 SKILL.md:239-240 SKILL.md:240-241 SKILL.md:241-256 SKILL.md:256-260 SKILL.md:260-266 SKILL.md:266-274 SKILL.md:274-280 SKILL.md:280-282 SKILL.md:282-288 SKILL.md:288-295 SKILL.md:295-303 SKILL.md:303-305 SKILL.md:305-309 SKILL.md:309-311 SKILL.md:311-315 SKILL.md:315-317 SKILL.md:317-321 SKILL.md:321-323 SKILL.md:323-335 SKILL.md:335-338 SKILL.md:338-341 SKILL.md:341-348 SKILL.md:348-354 SKILL.md:354-363 SKILL.md:363-371 SKILL.md:371-384 SKILL.md:384-386 SKILL.md:386-388 SKILL.md:388-394 SKILL.md:394-400 SKILL.md:400-404 SKILL.md:404-409 SKILL.md:409-415 SKILL.md:415-427 SKILL.md:427-433 SKILL.md:433-439 SKILL.md:439-445 SKILL.md:445-447 SKILL.md:447-456 SKILL.md:456-458 SKILL.md:458 SKILL.md:468-474 SKILL.md:474-475
🌐 網路存取 (5)
最近一次完成的靜態與語意稽核未偵測到已確認的安全發現。這並不能證明該 Skill 沒有副作用。
審計單位: codex 檢視審計紀錄 →
分享與引用此報告
分享版本化評估報告、中性徽章、嵌入卡片與引用。Skillstore 只報告證據，不判斷該 Skill 是否安全。
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https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol/audits/8?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_reportMarkdown 徽章
[](https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol?utm_source=security_passport_badge)HTML 徽章
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<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/chenghao-wu-packmol.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>學術引用 (APA · BibTeX · CFF)
APA 引用
Chenghao-Wu. (2026). packmol security audit report (audit version 8) [Author version 1.0.0]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol/audits/8BibTeX 引用
@techreport{chenghao-wu-chenghao-wu-packmol-2026,
author = {Chenghao-Wu},
title = {packmol security audit report (audit version 8)},
institution = {Skillstore},
year = {2026},
number = {8},
url = {https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol/audits/8},
note = {Author version 1.0.0}
}CITATION.cff
cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "packmol security audit report (audit version 8)"
version: "1.0.0"
type: report
authors:
- name: "Chenghao-Wu"
date-released: "2026-07-05"
url: "https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol/audits/8"
identifiers:
- type: other
value: "skillstore:chenghao-wu-packmol:audit:8"
description: "Skillstore immutable audit report identifier"
Skillstore 評分
評分依據 證據置信度: 高 68
架構
100
可維護性
85
內容
71
社群
83
規範符合度
你可以打造什麼
準備溶劑盒
為單一成分或混合溶劑盒建立清楚的 Packmol 方案。
溶劑化生物分子
為蛋白質系統設定水、離子、盒子尺寸與驗證檢查。
建置界面系統
使用平面約束與密度檢查設計液-液或液-氣界面。
試試這些提示
建立水盒
為 30 angstrom 立方盒中的 500 個水分子建立 Packmol 輸入。包含驗證步驟。
製作混合溶劑
為 40 angstrom 盒中的 80:20 水乙醇混合物建立 Packmol 方案。
溶劑化蛋白質
協助以 15 angstrom 殼層、中和離子與 0.15 M 鹽溶劑化 protein.pdb。
排除收斂問題
檢閱我的 Packmol 約束，並說明堆疊可能無法收斂的原因。建議安全的參數變更。
最佳實務
- 先從較小的分子數量開始，再擴展到大型正式系統。
- 比較堆疊結果時，設定可重現的 seed。
- 在 MD 設定前，透過重疊與密度檢查驗證輸出幾何。
避免
- 不要假設 Packmol 輸出已達物理平衡。
- 不要在未檢查原子名稱與格式的情況下使用不相容的分子檔案。
- 不要在解決約束衝突前增加分子數量。
常見問題
此技能可協助建立什麼？
它協助為分子盒、溶劑化系統、界面與受限幾何建立 Packmol 輸入。
它可以替我執行 Packmol 嗎？
它可以指引用法，但 Packmol 必須安裝並在你自己的環境中執行。
它會產生力場檔案嗎？
不會。它著重於初始座標與 Packmol 輸入結構，而不是力場指定。
它能協助處理收斂失敗嗎？
可以。它可以檢閱約束、分子數量、tolerance 與分階段堆疊選項。
涵蓋哪些檔案格式？
隨附指引著重於 Packmol PDB、XYZ 與 Tinker 輸入格式。
仍然需要科學驗證嗎？
是的。正式使用前，請檢查密度、重疊、化學合理性與後續 MD 設定。
開發者詳細資訊
作者
Chenghao-Wu授權
MIT
作者版本
v1.0.0
Skillstore 修訂
r1
引用
02f077c174c5335e2f5d02ca15e77b70d9543e58
維護新鮮度
2026/7/18
使用量
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