技能 nature-academic-search

📚

nature-academic-search

Name: nature-academic-search
Author: Community contribution, refactored into static/dynamic layers

低風險 ⚙️ 外部命令📁 檔案系統存取🔑 環境變數⚡ 包含腳本🌐 網路存取

Поиск научной литературы по пяти базам данных

Научные исследователи сталкиваются с трудностями при поиске по нескольким базам данных, проверке цитат и управлении файлами библиографии по отдельности. Этот навык объединяет PubMed, CrossRef, arXiv, Scopus и ScienceDirect в скоординированные рабочие процессы с преобразованием цитат и дедупликацией.

支援: Claude Codex Code(CC)

🥈 80 白銀

下載技能 ZIP

在 Claude 中上傳

前往設定 → 功能 → 技能 → 上傳技能

開啟並開始使用

測試它

正在使用「nature-academic-search」。 Search PubMed for papers on mRNA vaccines from 2023

預期結果:

Возвращает ранжированный список из 10 статей с заголовками, авторами, журналом, PMID, DOI и аннотациями. Каждая запись содержит отформатированную цитату, готовую для копирования.

正在使用「nature-academic-search」。 Verify this citation: Smith J et al. Nature. 2022. doi:10.1038/s41586-022-12345

預期結果:

Возвращает подтверждённую цитату с полным списком авторов, точным заголовком, томом/выпуском журнала, номерами страниц и проверенной ссылкой DOI. Отмечает любые расхождения с входными данными.

正在使用「nature-academic-search」。 Convert citations.nbib to BibTeX

預期結果:

Создаёт файл .bib с корректно отформатированными записями, включающими поля автор, заголовок, журнал, год, том, страницы и DOI. Обрабатывает специальные символы и экранирование LaTeX.

安全審計

低風險

v1 • 6/24/2026

Legitimate academic literature search skill with MCP server integration for PubMed, CrossRef, arXiv, Scopus, and ScienceDirect. Static analyzer flagged 692 patterns, but the vast majority are false positives: markdown inline code formatting (backticks), MD5 hashes used for citation deduplication (not security cryptography), references to hidden config files (.mcp.json, .config/pybliometrics.cfg), and legitimate network calls to public academic APIs. No confirmed malicious patterns detected.

已掃描檔案

6,529

分析行數

發現項

審計總數

高風險問題 (1)

mcp-server/config.toml:3 mcp-server/sources/pubmed.py:27-48 mcp-server/utils/config.py:17-41 static/core/routing-and-ops.md:24-28

API key configuration references

Skill references optional API keys (NCBI_API_KEY, Elsevier keys, Semantic Scholar) in config files and environment variables. Keys are user-provided; no exfiltration or hardcoded secrets detected. Configuration at mcp-server/config.toml:3 explicitly shows empty placeholder values. The skill documents that users should not paste API keys into plugin files.

中風險問題 (3)

mcp-server/sources/pubmed.py:277-329 mcp-server/sources/scopus.py:367-427 mcp-server/sources/sciencedirect.py:134 scripts/academic_search.py:230-355

MD5 hash usage for citation deduplication

MD5 is used in pubmed.py, scopus.py, and sciencedirect.py for hashing citation metadata (DOI, PMID) to enable deduplication across sources. This is a non-security use of MD5 for content fingerprinting, not for cryptographic authentication. Legitimate pattern for literature management.

mcp-server/academic_search_server.py:16-22 mcp-server/sources/scopus.py:7-24 scripts/format-converter.py:35-40

Dynamic import() for MCP source modules

academic_search_server.py and scopus.py use dynamic import() to load source-specific modules. This is a standard MCP server pattern for loading source adapters (PubMed, CrossRef, arXiv, Scopus, ScienceDirect) at runtime. No user-controlled input feeds the import targets; module names are hardcoded.

install.sh:6-145

Shell-based installation script with file system writes

install.sh copies skill files to ~/.claude/skills/ and configures .mcp.json. This is a standard installation pattern for Claude Code skills. The script reads SCRIPT_DIR from its own location (BASH_SOURCE) and writes only to user-controlled paths under $HOME/.claude/.

低風險問題 (3)

mcp-server/README.md:9-43 README.md:1-41 references/citation-parser.md:12-66 references/ris-bibtex-format.md:8-148 references/search-strategy.md:8-34 static/core/routing-and-ops.md:24-76 static/core/tools.md:11-50 SKILL.md:22-75

Backtick patterns in markdown documentation

370+ instances of single backticks flagged as 'Ruby/shell backtick execution' are actually markdown inline code formatting in README and reference files. No actual code execution occurs from backticks in markdown context.

mcp-server/config.toml:4 static/core/routing-and-ops.md:28-72 README.md:22

Hidden config file references

References to hidden files (.mcp.json, .config/pybliometrics.cfg, .cache/academic-search) are standard Claude Code configuration paths. These are user-owned configuration files, not system secrets.

scripts/converters.py:4-559 scripts/format-converter.py:356-435

os module usage in scripts

Standard use of os module for path manipulation and environment access in citation conversion and format scripts. No malicious intent; typical for file I/O operations.

風險因素

⚙️ 外部命令 (21)

📁 檔案系統存取 (13)

install.sh:7 install.sh:10 install.sh:49 install.sh:51 install.sh:77 install.sh:90 install.sh:124 manifest.yaml:10 manifest.yaml:27 manifest.yaml:51 mcp-server/config.toml:4 mcp-server/README.md:29 README.md:22

🔑 環境變數 (7)

install.sh:145 mcp-server/config.toml:3 mcp-server/sources/pubmed.py:27-48 mcp-server/tests/test_sources.py:32 mcp-server/utils/config.py:17-41 scripts/academic_search.py:333-334 static/core/routing-and-ops.md:24-25

⚡ 包含腳本 (5)

mcp-server/academic_search_server.py:16-22 mcp-server/sources/scopus.py:7-14 mcp-server/sources/scopus.py:19-24 mcp-server/tests/test_sources.py:515-624 scripts/format-converter.py:35-40

🌐 網路存取 (10)

mcp-server/academic_search_server.py:585 mcp-server/academic_search_server.py:604 mcp-server/sources/arxiv.py:6 mcp-server/sources/arxiv.py:14 mcp-server/sources/crossref.py:10 mcp-server/sources/crossref.py:47 mcp-server/sources/pubmed.py:17 mcp-server/sources/pubmed.py:37-61 scripts/preflight.py:6-34 static/core/routing-and-ops.md:24-34

審計者: claude

品質評分

架構

100

可維護性

內容

社群

安全

100

規範符合性

你能建構什麼

Обзор литературы для научной статьи

Одновременный поиск по нескольким базам данных по заданной теме, дедупликация результатов и экспорт цитат в требуемом формате.

Проверка цитат и очистка библиографии

Проверка цитат, извлечённых из рукописи, по авторитетным источникам и исправление ошибок форматирования.

Построение поисковой стратегии MeSH

Построение точной поисковой стратегии PubMed с использованием словаря MeSH и булевых операторов.

試試這些提示

Базовый многопоточный поиск

Search for recent papers about CRISPR gene editing in cancer therapy across PubMed, CrossRef, and arXiv. Return the top 10 results with abstracts.

Рабочий процесс проверки цитат

I have a list of citations from a manuscript. Verify each one against PubMed and CrossRef, flag any that cannot be confirmed, and return corrected entries.

Построение стратегии MeSH

Build a PubMed MeSH search strategy for a systematic review on 'machine learning in radiology diagnosis'. Include MeSH terms, synonyms, and Boolean structure.

Преобразование формата файла цитат

Convert my .nbib file from PubMed into BibTeX format. Also export to .ris for EndNote compatibility.

最佳實務

Начинайте с источников T1 (PubMed для биомедицины, CrossRef для междисциплинарных тем, arXiv для препринтов) и только потом переходите к T2/T3
Всегда указывайте контактный email через переменную окружения PUBMED_EMAIL или config.toml для соблюдения политик ограничения скорости NCBI
Запускайте scripts/preflight.py перед пакетными операциями, чтобы проверить доступность конечных точек API
Используйте выделенные инструменты Scopus/ScienceDirect только при необходимости, так как они расходуют квоту Elsevier API

避免

Не задавайте API-ключи в файлах плагина; используйте переменные окружения или config.toml
Не запускайте полный MCP-сервер для запросов к одному источнику; для эффективности используйте модули прямого доступа
Не пропускайте дедупликацию при объединении результатов из нескольких источников; DOI и PMID часто пересекаются

常見問題

По каким базам данных выполняет поиск этот навык?

PubMed, CrossRef, arXiv, Scopus и ScienceDirect. Scopus и ScienceDirect требуют явного подключения, чтобы не расходовать квоту Elsevier API.

Нужны ли мне API-ключи?

API-ключи необязательны, но рекомендуются. NCBI/PubMed и Semantic Scholar предоставляют бесплатные тарифы. Ключи Elsevier считываются из локальной конфигурации pybliometrics.

Как работает дедупликация цитат?

Навык использует хеширование DOI и PMID для выявления дублирующихся записей между источниками. Статьи, найденные в нескольких базах данных, объединяются в одну запись.

Могу ли я использовать это без MCP-сервера?

Да. Скрипт scripts/academic_search.py предоставляет резервный вариант без MCP с использованием OpenAlex для поиска. Скрипт scripts/format-converter.py выполняет преобразование файлов цитат.

Какие стили цитирования поддерживаются?

APA, Nature, IEEE и Vancouver. Инструмент get_citation MCP форматирует ссылки в выбранном стиле со ссылками DOI.

Работает ли этот навык с Claude Code и Codex?

Да. Навык совместим с Claude, Codex и Claude Code. Установка через install.sh настраивает MCP-сервер для всех трёх.