Навыки scikit-bio
🧬

scikit-bio

Безопасно ⚙️ Внешние команды🌐 Доступ к сети

Анализируйте биологические данные с scikit-bio

Также доступно от: davila7

Обрабатывайте биологические последовательности, вычисляйте метрики разнообразия и выполняйте статистические тесты для микробиомных и экологических данных. Этот навык предоставляет полное руководство по биоинформатическим рабочим процессам, включая выравнивание последовательностей, филогенетический анализ и ординацию.

Поддерживает: Claude Codex Code(CC)
📊 69 Адекватно
1

Скачать ZIP навыка

2

Загрузить в Claude

Перейдите в Settings → Capabilities → Skills → Upload skill

3

Включите и начните использовать

Протестировать

Использование «scikit-bio». Calculate diversity metrics from my OTU table

Ожидаемый результат:

  • Read your BIOM table: Table.read('table.biom')
  • Calculate alpha diversity: alpha_diversity('shannon', counts, ids=sample_ids)
  • Calculate beta diversity: beta_diversity('braycurtis', counts, ids=sample_ids)
  • Run PERMANOVA: permanova(distance_matrix, grouping, permutations=999)

Использование «scikit-bio». Build a phylogenetic tree from my sequences

Ожидаемый результат:

  • Read sequences from FASTA: skbio.DNA.read('sequences.fasta')
  • Calculate distance matrix: seq1.distance(seq2) or use kmer_distance
  • Build tree with NJ: nj(distance_matrix)
  • Calculate Robinson-Foulds distance: tree.robinson_foulds(other_tree)

Аудит безопасности

Безопасно
v4 • 1/17/2026

Documentation-only skill with no executable code. All 133 static findings are false positives: detected backticks are markdown code delimiters, C2 keywords are scientific abbreviations (PC1, CCA, RDA for ordination methods), weak crypto flags are biological substitution matrices (BLOSUM62 for protein alignments), and URLs are official documentation links. No command injection, network exfiltration, or malicious patterns exist.

3
Просканировано файлов
1,393
Проанализировано строк
2
находки
4
Всего аудитов

Факторы риска

⚙️ Внешние команды (5)
SKILL.md:44-61 SKILL.md:64-65 SKILL.md:78-81 references/api_reference.md:20-35 references/api_reference.md:39-52
🌐 Доступ к сети (1)
SKILL.md:432-434
Проверено: claude Посмотреть историю аудитов →

Оценка качества

41
Архитектура
100
Сопровождаемость
87
Контент
20
Сообщество
100
Безопасность
83
Соответствие спецификации

Что вы можете построить

Анализируйте разнообразие микробиома

Вычисляйте альфа- и бета-разнообразие по таблицам OTU и выполняйте тестирование PERMANOVA по группам образцов.

Стройте филогенетические деревья

Стройте деревья по выравниваниям последовательностей и вычисляйте расстояния Robinson-Foulds для сравнения деревьев.

Обрабатывайте данные последовательностей

Читайте, фильтруйте и преобразовывайте биологические последовательности в 19+ форматах файлов с валидацией.

Попробуйте эти промпты

Базовые операции с последовательностями 
Show me how to read a FASTA file with skbio, calculate reverse complement, and find motifs using regex patterns.
Анализ разнообразия 
Guide me through calculating Shannon alpha diversity from a counts matrix and computing Bray-Curtis beta diversity between samples.
Филогенетический анализ 
Help me build a phylogenetic tree using Neighbor Joining from a distance matrix and calculate patristic distances between taxa.
Статистическое тестирование 
Show me how to run a PERMANOVA test on a distance matrix to determine if sample groups differ significantly, with 999 permutations.

Лучшие практики

  • Используйте генераторы (skbio.io.read) для больших файлов последовательностей, чтобы избежать проблем с памятью
  • Интегрируйте с pandas и numpy для последующего анализа и визуализации
  • Проверяйте соответствие ID последовательностей между файлами перед вычислением разнообразия

Избегать

  • Не используйте относительные частоты для счётчиков — сначала преобразуйте в целые числа
  • Не смешивайте укоренённые и неукоренённые деревья при вычислении расстояний Robinson-Foulds
  • Не пропускайте PERMDISP при запуске PERMANOVA — проверьте предположения о дисперсии

Часто задаваемые вопросы

Какие форматы файлов поддерживает scikit-bio?
FASTA, FASTQ, GenBank, EMBL, Clustal, PHYLIP, Stockholm, Newick, BIOM (HDF5/JSON) и матрицы с разделителями.
Как вычислить филогенетическое разнообразие?
Используйте alpha_diversity('faith_pd', counts, tree=tree, otu_ids=feature_ids) с укоренённым филогенетическим деревом.
В чем разница между альфа- и бета-разнообразием?
Альфа измеряет разнообразие внутри образца (например, Shannon, Simpson), бета измеряет различие между образцами (например, Bray-Curtis, UniFrac).
Можно ли использовать scikit-bio с QIIME 2?
Да, scikit-bio читает и записывает форматы, совместимые с QIIME 2, включая таблицы BIOM, деревья и матрицы расстояний.
Как эффективно обрабатывать большие файлы последовательностей?
Используйте чтение на основе генератора: for seq in skbio.io.read('large.fasta', format='fasta', constructor=skbio.DNA)
Какие статистические тесты доступны для экологических данных?
PERMANOVA, ANOSIM, PERMDISP, Mantel test и Bioenv для отбора экологических переменных.

Сведения для разработчиков

Автор

K-Dense-AI

Лицензия

BSD-3-Clause license

Репозиторий

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/scikit-bio

Ссылка

main

Структура файлов

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 SKILL.md