Навыки pubmed-database
📦

pubmed-database

Безопасно 🌐 Доступ к сети

Поиск биомедицинской литературы в PubMed

Также доступно от: davila7

Исследователям необходим эффективный доступ к биомедицинской литературе для систематических обзоров и доказательных исследований. Этот навык предоставляет полную документацию для запросов PubMed, включая булевы операторы, термины MeSH и доступ к API E-utilities.

Поддерживает: Claude Codex Code(CC)
📊 70 Адекватно
1

Скачать ZIP навыка

2

Загрузить в Claude

Перейдите в Settings → Capabilities → Skills → Upload skill

3

Включите и начните использовать

Протестировать

Использование «pubmed-database». Search for systematic reviews on machine learning in medical imaging published 2023-2024

Ожидаемый результат:

  • Query: (machine learning[mh] OR deep learning[tiab] OR artificial intelligence[tiab]) AND (medical imaging[mh] OR radiology[tiab] OR diagnostic imaging[tiab]) AND systematic review[pt] AND 2023:2024[dp]
  • Result: 247 articles found
  • Top matches include:
  • - Deep learning in radiology: a systematic review (PMID: 38012345)
  • - Machine learning for medical image analysis: systematic review (PMID: 37987654)

Использование «pubmed-database». Find clinical trials on metformin for type 2 diabetes with cardiovascular outcomes

Ожидаемый результат:

  • Query: (metformin[nm] OR biguanides[mh]) AND diabetes mellitus, type 2[mh] AND cardiovascular diseases[mh] AND randomized controlled trial[pt] AND hasabstract[text]
  • Result: 89 articles found
  • Key studies:
  • - Metformin and cardiovascular outcomes in type 2 diabetes (PMID: 36543210)
  • - Long-term cardiovascular effects of metformin (PMID: 36123456)

Аудит безопасности

Безопасно
v5 • 1/21/2026

All static findings are false positives. This is a documentation-only skill providing reference materials for PubMed queries. The detected patterns (backticks, API key placeholders, URLs) are markdown documentation elements, not executable code. The skill contains no executable code, no network calls, and no credential access.

5
Просканировано файлов
5,088
Проанализировано строк
1
находки
5
Всего аудитов

Факторы риска

🌐 Доступ к сети (5)
references/api_reference.md:8 references/api_reference.md:295 SKILL.md:128 SKILL.md:453 SKILL.md:454
Проверено: claude Посмотреть историю аудитов →

Оценка качества

45
Архитектура
90
Сопровождаемость
87
Контент
23
Сообщество
100
Безопасность
91
Соответствие спецификации

Что вы можете построить

Систематический обзор литературы

Конструирование комплексных поисковых стратегий с использованием булевых операторов, терминов MeSH и фильтров для поиска всех релевантных исследований для систематических обзоров и метаанализов.

Биомедицинские исследовательские запросы

Поиск статей о конкретных заболеваниях, методах лечения или лекарственных взаимодействиях с использованием точных полевых тегов и контролируемой лексики.

Программное извлечение данных

Построение автоматизированных рабочих процессов для поиска в PubMed и извлечения метаданных статей с использованием API E-utilities для крупномасштабных исследовательских проектов.

Попробуйте эти промпты

Базовый поиск статей 
Найдите недавние статьи по теме {topic}, опубликованные в 2024 году. Используйте соответствующие термины MeSH и полевые теги, чтобы ограничить результаты англоязычными исследовательскими работами.
Поиск клинических испытаний 
Найдите рандомизированные контролируемые испытания, сравнивающие {treatment_a} и {treatment_b} для {condition} с 2020 по 2024 год. Включите только статьи со свободным полным текстом.
Запрос для систематического обзора 
Используйте фреймворк PICO для построения комплексной поисковой стратегии для {clinical_question}. Включите все релевантные синонимы и термины MeSH.
Пакетный поиск на основе API 
Напишите Python-скрипт с использованием API E-utilities для поиска статей, соответствующих {criteria}, получения до 500 PMIDs с помощью history-сервера и экспорта результатов в CSV-файл с PMID, названием и аннотацией.

Лучшие практики

  • Начните с широкого поиска с использованием терминов MeSH, затем сузьте результаты с помощью полевых тегов и фильтров для повышения точности
  • Включайте синонимы и альтернативные термины для охвата всей релевантной литературы
  • Используйте history-сервер (usehistory=y) для больших наборов результатов, превышающих 500 статей
  • Получите API-ключ от NCBI для более высоких лимитов скорости (10 запросов/сек против 3)

Избегать

  • Использование только текстовых терминов без терминов MeSH приводит к пропуску индексируемых статей
  • Выполнение множества мелких API-запросов вместо пакетных операций тратит лимиты скорости
  • Отсутствие кэширования результатов приводит к избыточным API-вызовам и замедлению рабочих процессов
  • Игнорирование автоматического преобразования терминов может давать непредсказуемые результаты поиска

Часто задаваемые вопросы

В чём разница между терминами MeSH и поиском по текстовым словам?
Поиск по терминам MeSH выполняется в контролируемом индексном словаре, где все статьи вручную маркируются. Поиск по текстовым словам соответствует только терминам, встречающимся в названиях и аннотациях. Комбинирование обоих методов обеспечивает полный охват.
Как получить API-ключ для PubMed E-utilities?
Зарегистрируйте бесплатную учётную запись NCBI на ncbi.nlm.nih.gov, затем перейдите в настройки учётной записи, чтобы сгенерировать API-ключ. Включите его в запросы с параметром api_key для повышения лимитов скорости.
Какие ограничения скорости в PubMed?
Без API-ключа: 3 запроса в секунду. С API-ключом: 10 запросов в секунду. Всегда включайте информативный заголовок User-Agent в ваши запросы.
Как обрабатывать большие наборы результатов с тысячами статей?
Используйте history-сервер: сначала вызовите ESearch с usehistory=y для сохранения результатов, затем используйте параметры WebEnv и QueryKey с ESummary или EFetch для получения данных пакетами до 500 записей за запрос.
Какие форматы экспорта доступны для результатов PubMed?
Доступные форматы экспорта включают MEDLINE (текст), XML (структурированные данные), RIS (менеджеры библиографии) и NBIB (EndNote). Используйте параметры rettype и retmode для указания нужного формата.
Как найти статьи, цитирующие конкретную работу?
Используйте утилиту ELink с параметрами dbfrom=pubmed, db=pubmed и cmd=cite. Это возвращает PMIDs статей, которые цитируют входную статью. Обратите внимание, что данные цитирования могут быть неполными для очень недавних публикаций.

Сведения для разработчиков

Автор

K-Dense-AI

Лицензия

Unknown

Репозиторий

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/pubmed-database

Ссылка

main

Структура файлов

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 common_queries.md

📄 search_syntax.md

📄 SKILL.md