Навыки hmdb-database
🧬

hmdb-database

Безопасно ⚡ Содержит скрипты🌐 Доступ к сети📁 Доступ к файловой системе🔑 Переменные окружения⚙️ Внешние команды

Поиск в базе данных Human Metabolome Database

Также доступно от: davila7

Этот навык предоставляет доступ к базе данных Human Metabolome Database, содержащей более 220 000 записей метаболитов. Исследователи могут выполнять поиск по химическому названию, структуре или идентификатору для получения свойств, спектральных данных и информации о биомаркерах для метаболомных исследований.

Поддерживает: Claude Codex Code(CC)
⚠️ 68 Плохо
1

Скачать ZIP навыка

2

Загрузить в Claude

Перейдите в Settings → Capabilities → Skills → Upload skill

3

Включите и начните использовать

Протестировать

Использование «hmdb-database». Find information about caffeine including its HMDB ID, molecular weight, and whether it is a known biomarker.

Ожидаемый результат:

  • HMDB ID: HMDB0001854 (Caffeine)
  • Chemical Formula: C8H10N4O2
  • Molecular Weight: 194.19 g/mol
  • SMILES: CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C
  • Status: Detected in blood, urine, saliva
  • Biomarker Status: No - not currently listed as a disease biomarker
  • Biospecimen Locations: Blood, Urine, Saliva, Breast Milk
  • Concentration in Urine: Typically 0.1-10 mg/L (varies by caffeine intake)

Использование «hmdb-database». Search for metabolites that are biomarkers for diabetes and show their normal and abnormal concentration ranges in blood.

Ожидаемый результат:

  • Several HMDB metabolites are associated with diabetes biomarker status:
  • 1. Glucose (HMDB0000122) - Elevated in diabetic conditions
  • 2. HbA1c (HMDB0000741) - Key diabetes monitoring biomarker
  • 3. Fructosamine (HMDB0002044) - Short-term glucose control indicator
  • Typical blood concentration ranges will be shown with age and condition considerations.

Использование «hmdb-database». What metabolic pathways involve cholesterol and what are the associated SMPDB pathway IDs?

Ожидаемый результат:

  • Cholesterol (HMDB0000067) is involved in multiple pathways:
  • 1. Steroid Biosynthesis (SMP0000001)
  • 2. Bile Acid Biosynthesis (SMP0000012)
  • 3. Lipid Metabolism (SMP0000035)
  • Each pathway shows associated enzymes, reactions, and cross-references to KEGG.

Аудит безопасности

Безопасно
v4 • 1/17/2026

This is a pure documentation skill with no executable code. All 129 static findings are FALSE POSITIVES caused by markdown formatting patterns being misidentified as security issues. The backticks detected are markdown inline code spans (e.g., `accession`, `smiles`, `inchi`), not Ruby/shell command execution. The 'weak cryptographic algorithm' detections are chemical identifiers (InChI/InChIKey), not encryption. The hardcoded URLs are legitimate HMDB database endpoints essential to the skill's function. No code, network calls, file system access, or command execution exists.

3
Просканировано файлов
1,203
Проанализировано строк
5
находки
4
Всего аудитов

Факторы риска

⚡ Содержит скрипты
Конкретные расположения не записаны
🌐 Доступ к сети
Конкретные расположения не записаны
📁 Доступ к файловой системе
Конкретные расположения не записаны
🔑 Переменные окружения
Конкретные расположения не записаны
⚙️ Внешние команды
Конкретные расположения не записаны
Проверено: claude Посмотреть историю аудитов →

Оценка качества

41
Архитектура
90
Сопровождаемость
87
Контент
21
Сообщество
100
Безопасность
83
Соответствие спецификации

Что вы можете построить

Идентификация неизвестных метаболитов

Сопоставление экспериментальных МС или ЯМР спектров со справочными библиотеками HMDB для идентификации неизвестных соединений в образцах.

Поиск ассоциаций биомаркеров

Поиск метаболитов, связанных с конкретными заболеваниями, и обзор диапазонов концентраций для диагностических применений.

Перекрестные ссылки химических идентификаторов

Сопоставление записей HMDB с внешними базами данных, такими как KEGG, PubChem и ChEBI, для интегрированного анализа путей.

Попробуйте эти промпты

Базовый поиск метаболита 
Найдите информацию о {metabolite_name} в HMDB. Включите его химическую формулу, молекулярную массу и SMILES строку.
Поиск биомаркеров 
Найдите в HMDB метаболиты, которые являются биомаркерами для {disease_name}. Перечислите их диапазоны концентраций в соответствующих биожидкостях.
Сопоставление спектров 
Найдите метаболиты HMDB с ЯМР спектрами, соответствующими протонному ЯМР на 600 МГц. Какие соединения имеют пики в ароматической области 7-8 м.д.?
Интеграция путей 
Найдите идентификаторы SMPDB путей для метаболитов в пути {pathway_name}. Сделайте перекрестные ссылки с идентификаторами путей KEGG.

Лучшие практики

  • Всегда цитируйте HMDB в публикациях, используя формат, рекомендованный в их документации
  • Указывайте версию HMDB (в данный момент v5.0) в вашем исследовании для воспроизводимости
  • Загружайте полные наборы данных для крупномасштабного анализа вместо выполнения повторных веб-запросов

Избегать

  • Не пытайтесь выполнять веб-скрейпинг против HMDB - свяжитесь с ними для получения API доступа
  • Не предполагайте, что все поля заполнены для каждого метаболита (данные о концентрации скудные)
  • Не путайте предсказанные спектральные данные с экспериментальными данными без проверки показателей качества

Часто задаваемые вопросы

Как получить доступ к HMDB программно?
HMDB не предлагает публичный REST API. Свяжитесь с eponine@ualberta.ca для академического доступа или используйте R пакет hmdbQuery.
В каких форматах файлов я могу загрузить данные?
HMDB предлагает форматы XML, SDF, FASTA, TXT, CSV и TSV для различных типов данных, включая структуры и спектры.
Сколько метаболитов в HMDB?
Версия HMDB 5.0 содержит более 220 000 записей метаболитов с более чем 130 полями данных на соединение.
Могу ли я использовать HMDB в коммерческих целях?
Коммерческое использование требует явного разрешения. Свяжитесь с samackay@ualberta.ca для запроса коммерческой лицензии.
По каким идентификаторам можно выполнять поиск?
Поиск по номеру доступа HMDB, названию метаболита, синонимам, SMILES, InChI, InChIKey или перекрестным ссылкам KEGG/PubChem.
Включает ли HMDB спектральные данные?
Да, ЯМР (1H, 13C, 2D), МС, МС-МС, ГХ-МС и ЖХ-МС спектры доступны для многих метаболитов.

Сведения для разработчиков

Автор

K-Dense-AI

Лицензия

HMDB is offered to the public as a freely available resource. Use and re-distribution of the data, in whole or in part, for commercial purposes requires explicit permission of the authors and explicit acknowledgment of the source material (HMDB) and the original publication (see the HMDB citing page). We ask that users who download significant portions of the database cite the HMDB paper in any resulting publications.

Репозиторий

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/hmdb-database

Ссылка

main

Структура файлов

📁 references/

📄 hmdb_data_fields.md

📄 SKILL.md