Исследование данных экспрессии NCBI GEO
Исследователям часто нужны надежные способы находить и повторно использовать общедоступные наборы данных экспрессии генов. Этот навык помогает Claude, Codex и Claude Code работать с процессами поиска, получения, парсинга и анализа данных NCBI GEO.
Скопируйте этот запрос в своего Агента. Он содержит каноническую страницу Skill и манифест.
Review the Skillstore skill "geo-database" from https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/k-dense-ai-geo-database/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.Ваш Агент по-прежнему должен показать план и запросить все подтверждения, требуемые политикой безопасности.
Используйте эти ссылки, когда AI-агенту, crawler или script нужен чистый контекст вместо полной страницы.
Использование «geo-database». Найдите исследования GEO по RNA-seq рака молочной железы у людей.
Ожидаемый результат:
Краткий список кандидатных GEO Series с указанием организма, технологии, контекста образцов и следующих шагов для анализа метаданных.
Использование «geo-database». Объясните, какие файлы мне следует загрузить для GSE123456.
Ожидаемый результат:
Понятное сравнение файлов series matrix, SOFT, MINiML и supplementary files с рекомендациями о том, когда полезен каждый формат.
Использование «geo-database». Спланируйте рабочий процесс дифференциальной экспрессии для одной GEO Series.
Ожидаемый результат:
Пошаговый план анализа, охватывающий загрузку, проверки метаданных, назначение групп, извлечение экспрессии, контроль качества, тестирование и примечания по цитированию.
The skill is primarily documentation and examples for accessing public NCBI GEO data. I confirmed the plaintext FTP guidance as a medium concern because it can expose downloads to tampering. The remaining static findings are false positives involving public URLs, Markdown fences, placeholder keys, local data saves, and GEO identifiers.
Это реальные локальные возможности, которые могут ожидаться для этого навыка, поэтому они требуют проверки, но не считаются подтверждённым вредоносным поведением.
Делитесь версионным отчетом об оценке, нейтральным значком, встраиваемой карточкой и цитатами. Skillstore публикует доказательства, не решая, безопасен ли этот Skill.
https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report[](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database?utm_source=security_passport_badge)<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-geo-database/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a><iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-geo-database.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>K-Dense-AI. (2026). geo-database security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database/audits/9@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-geo-database-2026,
author = {K-Dense-AI},
title = {geo-database security audit report (audit version 9)},
institution = {Skillstore},
year = {2026},
number = {9},
url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database/audits/9},
note = {Author version unspecified}
}cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "geo-database security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
- name: "K-Dense-AI"
date-released: "2026-07-09"
url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database/audits/9"
identifiers:
- type: other
value: "skillstore:k-dense-ai-geo-database:audit:9"
description: "Skillstore immutable audit report identifier"
Навык каждого автора остаётся отдельным устанавливаемым вариантом. Рекомендуемый вариант ранжируется по данным Skillstore.
Почему этот вариант первый
davila7-geo-database
2026-09-09
k-dense-ai-geo-database
2026-09-09
Поиск в GEO наборов данных по заболеваниям человека и составление сводки по кандидатным записям GSE для анализа.
Загрузка GEO Series, проверка метаданных образцов и извлечение матрицы для последующего анализа.
Поиск зондов платформы для гена и сравнение сводок экспрессии в выбранных исследованиях.
Найдите наборы данных NCBI GEO о [condition] у [organism]. Верните вероятные идентификаторы GSE, типы исследований, количество образцов и объясните, почему каждый результат релевантен.
Используйте рекомендации GEO, чтобы изучить [GSE accession]. Составьте сводку по названию, организму, платформе, образцам, экспериментальному дизайну и доступным типам файлов.
Создайте рабочий процесс для загрузки [GSE accession], извлечения матрицы экспрессии, разделения контрольных и экспериментальных образцов и проверки качества данных.
Спланируйте воспроизводимый метаанализ GEO для [gene or pathway] по [GSE accessions]. Включите гармонизацию метаданных, сопоставление зондов, проверки нормализации и статистические предостережения.
Автор
K-Dense-AIЛицензия
Unknown
Ревизия Skillstore
r1
Примечание о версии
Автор не указал версию.
Репозиторий
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/geo-databaseСсылка
26421118b848d9f1efc0aa169d8a7a9e7e0a877e
Актуальность поддержки
18.07.2026
Использование
8 загрузок · 220 просмотров
Структура файлов
Подготовка материалов для академических площадок
Академические материалы часто не проходят проверку, потому что правила оформления различаются в зависимости от площадки. Этот навык предоставляет шаблоны, требования и примеры для более быстрой подготовки.
Подготовка документов для сертификации ISO 13485
Команды, работающие с медицинскими изделиями, должны подготовить полный комплект документации СМК перед сертификационными аудитами. Этот навык предоставляет шаблоны, чек-листы и рекомендации по анализу пробелов для готовности к ISO 13485.
Анализируйте терапевтические ML-наборы данных с PyTDC
Командам по разработке лекарств нужны надежные наборы данных и справедливые протоколы оценки. Этот навык помогает Claude использовать PyTDC для курируемых терапевтических ML-данных, benchmark-разбиений, метрик и молекулярных оракулов.
Выполнение молекулярного докинга DiffDock
Докинг белка и лиганда требует тщательной настройки, выбора параметров и интерпретации результатов. Этот навык помогает с рабочими процессами DiffDock для поз, оценок уверенности и скрининга.
Формирование проверяемых научных гипотез
Исследователям необходимо превращать наблюдения в ясные, проверяемые объяснения. Этот навык структурирует обзор доказательств, конкурирующие гипотезы, прогнозы и планы экспериментов.
Анализируйте исследовательские данные со статистической поддержкой
Выбор тестов и оформление результатов могут быть медленными и чреватыми ошибками. Этот skill помогает с выбором тестов, проверкой предпосылок, размерами эффекта, анализом мощности, байесовскими вариантами и оформлением по APA.
Инференция генных регуляторных сетей с помощью Arboreto
от davila7
Командам, занимающимся транскриптомикой, нужны надежные способы выявления связей между транскрипционными факторами и их генами-мишенями. Этот навык помогает выстраивать рабочие процессы Arboreto для GRNBoost2, GENIE3 и масштабируемого выполнения в Dask.
Анализ файлов научных данных
от davila7
Файлы научных данных сложно исследовать, поскольку каждый формат по-разному хранит структуру и метаданные. Этот навык определяет форматы, оценивает качество данных и создает практические отчеты по разведочному анализу данных в формате markdown.
Анализ single-cell RNA-seq с помощью Scanpy
от davila7
Рабочие процессы single-cell RNA-seq требуют тщательного контроля качества, нормализации, кластеризации и документирования. Этот навык предоставляет рабочие процессы Scanpy, скрипты, шаблоны и справочные материалы для воспроизводимого анализа.
Исследование данных Open Targets для разработки лекарственных препаратов
от davila7
Командам, занимающимся разработкой лекарственных препаратов, нужны надежные способы связывать гены, заболевания, доказательные данные и известные препараты. Этот навык помогает Claude, Codex и Claude Code выполнять запросы к Open Targets и интерпретировать доказательные данные.
Анализ филогенетических деревьев с помощью ETE
от davila7
Филогенетический анализ часто требует специализированного разбора деревьев, поиска таксономических данных и создания графических материалов. Этот навык помогает Claude, Codex и Claude Code выполнять рабочие процессы ETE для анализа и визуализации.
Запрос данных о геноме Ensembl
от davila7
Геномные исследования часто требуют быстрого доступа к генам, вариантам, последовательностям и сборкам. Этот навык помогает Claude, Codex и Claude Code работать с Ensembl REST.