Навыки flowio
🔬

flowio

Безопасно ⚙️ Внешние команды🌐 Доступ к сети⚡ Содержит скрипты

Чтение и запись файлов проточной цитометрии FCS

Также доступно от: davila7

Данные проточной цитометрии требуют специализированной обработки файлов. FlowIO разбирает файлы FCS, извлекает данные событий как массивы NumPy и позволяет конвертировать в форматы CSV для последующих аналитических пайплайнов.

Поддерживает: Claude Codex Code(CC)
📊 69 Адекватно
1

Скачать ZIP навыка

2

Загрузить в Claude

Перейдите в Settings → Capabilities → Skills → Upload skill

3

Включите и начните использовать

Протестировать

Использование «flowio». Read my flow cytometry file and show the channel information

Ожидаемый результат:

  • File: sample.fcs (245 KB)
  • FCS Version: 3.1
  • Events: 10,234
  • Channels: 8
  • Channel [0] FSC-A | Forward Scatter | scatter
  • Channel [1] SSC-A | Side Scatter | scatter
  • Channel [2] FL1-A | FITC | fluoro
  • Channel [3] FL2-A | PE | fluoro
  • Time channel: Index 7

Использование «flowio». Convert this FCS file to CSV format

Ожидаемый результат:

  • Loaded sample.fcs with 15,000 events and 12 channels
  • Converted event data to Pandas DataFrame
  • Exported to sample.csv (2.3 MB)
  • Columns: FSC-A, SSC-A, FL1-A, FL2-A, FL3-A, FL4-A, FL5-A, Time

Аудит безопасности

Безопасно
v4 • 1/17/2026

All 177 static findings are false positives. The scanner misidentified markdown documentation artifacts and legitimate scientific terminology as security issues. Shell command patterns are installation instructions in code blocks. 'Weak cryptographic algorithm' detections refer to 'PnE' (Parameter n Exponential), a legitimate flow cytometry data format term for amplification exponents. No actual executable code or malicious patterns exist in this skill.

3
Просканировано файлов
1,962
Проанализировано строк
3
находки
4
Всего аудитов

Факторы риска

⚙️ Внешние команды (2)
references/api_reference.md:9-11 SKILL.md:31-33
🌐 Доступ к сети (1)
skill-report.json:6
⚡ Содержит скрипты (1)
SKILL.md:350-355
Проверено: claude Посмотреть историю аудитов →

Оценка качества

41
Архитектура
100
Сопровождаемость
87
Контент
21
Сообщество
100
Безопасность
78
Соответствие спецификации

Что вы можете построить

Предобработка данных цитометрии

Извлекайте события из файлов FCS и готовьте данные для аналитических пайплайнов с инструментами компенсации и гейтинга.

Проверка файлов эксперимента

Быстро просматривайте количество каналов, количество событий и метаданные экспериментов проточной цитометрии без специализированного ПО.

Пакетная конвертация в CSV

Обрабатывайте директории с файлами FCS и экспортируйте в формат CSV для рабочих процессов машинного обучения.

Попробуйте эти промпты

Базовое чтение файла 
Use FlowIO to read experiment.fcs and show the version, event count, and channel names.
Извлечь данные событий 
Load sample.fcs using FlowIO and extract the event data as a NumPy array with preprocessing applied.
Создать файл FCS 
Create a new FCS file named output.fcs from a NumPy array with 1000 events and 5 channels named FSC-A, SSC-A, FL1-A, FL2-A, Time.
Пакетная конвертация 
Find all .fcs files in data/ directory, read each one, and export the event data to CSV files with the same basename.

Лучшие практики

  • Используйте параметр only_text=True, когда нужны только метаданные, чтобы экономить память
  • Оборачивайте операции с файлами в блоки try-except для корректной обработки ошибок парсинга
  • Используйте ignore_offset_discrepancy=True для файлов с несоответствием смещения

Избегать

  • Не пытайтесь напрямую изменять данные событий в объектах FlowData
  • Не используйте конструктор FlowData для файлов с несколькими наборами данных — используйте read_multiple_data_sets()
  • Не предполагайте, что предобработка всегда нужна — задавайте параметр preprocess явно

Часто задаваемые вопросы

Какие версии FCS поддерживаются?
FlowIO поддерживает версии FCS 2.0, 3.0 и 3.1 для чтения и записи.
Как извлечь только метаданные?
Передайте only_text=True в конструктор FlowData, чтобы пропустить парсинг сегмента DATA и сэкономить память.
Можно ли изменить данные событий?
FlowIO не поддерживает прямое изменение. Извлеките данные с помощью as_array(), измените их, затем используйте create_fcs() для сохранения.
Как обрабатывать файлы с несколькими наборами данных?
Используйте функцию read_multiple_data_sets() вместо конструктора FlowData, чтобы получить все наборы данных списком.
Какая предобработка применяется?
По умолчанию FlowIO применяет масштабирование gain, логарифмическое преобразование с использованием значений PnE и масштабирование времени.
Можно ли интегрировать с другими инструментами?
Да, можно комбинировать с FlowKit для компенсации/гейтинга или экспортировать в Pandas DataFrame для анализа.

Сведения для разработчиков

Автор

K-Dense-AI

Лицензия

BSD-3-Clause license

Репозиторий

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/flowio

Ссылка

main

Структура файлов

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 SKILL.md