Fähigkeiten ena-database
🧬

ena-database

Niedriges Risiko 🌐 Netzwerkzugriff📁 Dateisystemzugriff

Запрос данных из Европейского архива нуклеотидов

Auch verfügbar von: davila7

Исследователям необходим эффективный доступ к геномным данным для анализа. Этот навык обеспечивает программный доступ к ENA через REST API и FTP для получения последовательностей ДНК/РНК, файлов FASTQ и сборок геномов по регистрационным номерам.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
⚠️ 66 Schlecht
1

Die Skill-ZIP herunterladen

2

In Claude hochladen

Gehe zu Einstellungen → Fähigkeiten → Skills → Skill hochladen

3

Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "ena-database". Find assemblies for SARS-CoV-2 with assembly level chromosome

Erwartetes Ergebnis:

Найдено 5 сборок, соответствующих критериям:
- ERR1234567: Complete Genome (MN908947.3)
- ERR2345678: Complete Genome (MW123456.1)
- ERR3456789: Assembly Level: chromosome

Доступ к последовательностям: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/api/xml/[ACCESSION]

Verwendung von "ena-database". Get taxonomy for Escherichia coli

Erwartetes Ergebnis:

Taxonomy ID: 562
Научное название: Escherichia coli
Линейность: Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Enterobacteriaceae; Escherichia
Ранг: Species

Verwendung von "ena-database". Search for RNA-seq experiments in study PRJEB12345

Erwartetes Ergebnis:

Найдено 12 экспериментов RNA-seq:
- ERX123456: Paired-end, ILLUMINA
- ERX123457: Single-end, ILLUMINA
- ERX123458: Paired-end, BGI

Регистрационные номера прогонов доступны для загрузки FASTQ.

Sicherheitsaudit

Niedriges Risiko
v5 • 1/21/2026

This is a legitimate bioinformatics data access skill for querying the European Nucleotide Archive. All static findings are false positives. The 'external_commands' detections are backtick characters in documentation examples, not shell execution. 'Network' findings are HTTP requests to public ENA APIs (www.ebi.ac.uk). Critical/high severity flags (SAM database, C2 keywords, weak crypto) match generic terms in documentation (sample=sam, MD5/SHA1 for checksums). No actual security risks present.

3
Gescannte Dateien
3,646
Analysierte Zeilen
2
befunde
5
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

🌐 Netzwerkzugriff (2)
SKILL.md:57-72 references/api_reference.md:7-9
📁 Dateisystemzugriff (1)
SKILL.md:120-124
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

41
Architektur
90
Wartbarkeit
87
Inhalt
20
Community
90
Sicherheit
83
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

Получение данных секвенирования для анализа

Загрузка необработанных файлов FASTQ и сборок геномов по регистрационному номеру для последующих конвейеров биоинформатического анализа.

Поиск наборов данных по исследованию или организму

Запрос к ENA Portal API для поиска всех образцов, прогонов или сборок, связанных с конкретным исследованием или таксономической классификацией.

Построение воспроизводимых исследовательских рабочих процессов

Интеграция получения данных ENA в автоматизированные конвейеры, которые извлекают и цитируют конкретные регистрационные номера для воспроизводимых геномных исследований.

Probiere diese Prompts

Поиск образцов в исследовании 
Use the ENA Portal API to search for all samples in study PRJNA[STUDY_ID]. Return the accession numbers and sample titles.
Загрузка последовательности по регистрационному номеру 
Retrieve the nucleotide sequence for accession [ACCESSION] in FASTA format using the ENA Browser API.
Поиск сборок для организма 
Find all assemblies for [ORGANISM] with contig N50 >= [N50_VALUE] using the ENA Portal API.
Рабочий процесс массовой загрузки 
Search for all read runs in study [STUDY_ID], extract the FTP URLs, and generate a script to download all files via FTP.

Bewährte Verfahren

  • Реализуйте ограничение скорости с экспоненциальной задержкой, чтобы оставаться в пределах 50 запросов в секунду
  • Используйте FTP или Aspera для загрузки файлов размером более 100 МБ
  • Цитируйте регистрационные номера исследований и образцов при публикации результатов, полученных из данных ENA

Vermeiden

  • Выполнение отдельных вызовов API для тысяч записей вместо пакетной обработки
  • Загрузка больших файлов через HTTP, когда доступны FTP/Aspera
  • Неспособность обработать ошибки парсинга XML из ответов ENA Browser API

Häufig gestellte Fragen

В чем разница между ENA Portal API и Browser API?
Portal API предназначен для расширенного поиска и фильтрации по всем типам данных. Browser API предназначен для прямого получения конкретных записей по регистрационному номеру в формате XML.
Как загрузить большие файлы FASTQ?
Для файлов размером более 100 МБ используйте протоколы FTP или Aspera вместо HTTP. ENA Portal API возвращает FTP URL в результатах поиска.
В каких форматах я могу получить последовательности?
Последовательности доступны в форматах FASTA (собранные последовательности), FASTQ (необработанные риды), XML (нативный формат) и TSV/JSON для метаданных.
Как найти все данные из конкретного исследования?
Используйте Portal API с параметром запроса study_accession=[STUDY_ID] и типом результата sample, read_run или assembly по необходимости.
Каковы ограничения скорости для API ENA?
Все API ENA ограничены 50 запросами в секунду. Превышение этого лимита возвращает HTTP 429 и требует реализации задержки.
Как цитировать данные ENA в моей публикации?
Включите регистрационный номер исследования/проекта в качестве основной ссылки. Также перечислите конкретные регистрационные номера образцов, прогонов или сборок, использованных в вашем анализе.

Entwicklerdetails

Lizenz

Unknown

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/ena-database

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 SKILL.md