kegg-database
Запрос баз данных KEGG для анализа путей
Также доступно от: K-Dense-AI
Исследователям необходим эффективный доступ к биоинформационным базам данных KEGG для анализа путей. Этот навык предоставляет вспомогательные функции Python для запроса путей, генов, соединений и лекарств через официальный REST API KEGG.
Скачать ZIP навыка
Загрузить в Claude
Перейдите в Settings → Capabilities → Skills → Upload skill
Включите и начните использовать
Протестировать
Использование «kegg-database». Найти пути, содержащие человеческий ген BRCA1
Ожидаемый результат:
- hsa04110: Cell cycle
- hsa04115: p53 signaling pathway
- hsa03440: Homologous recombination
- hsa05200: Pathways in cancer
- hsa03450: Fanconi anemia pathway
Использование «kegg-database». Поиск соединений с формулой C6H12O6
Ожидаемый результат:
- cpd:C00031: D-Glucose
- cpd:C00668: D-Fructose
- cpd:C00111: Dihydroxyacetone phosphate
- cpd:C00354: D-Glucose 6-phosphate
Аудит безопасности
БезопасноThis skill is a legitimate Python REST API client for the KEGG bioinformatics database. All 256 static findings are false positives: markdown backticks were confused with shell execution, hardcoded URLs are the official KEGG API endpoint, and bioinformatics terminology was misidentified as security threats. The code uses only standard urllib library for outbound HTTP requests to https://rest.kegg.jp with no file system writes, environment access, or external commands.
Факторы риска
🌐 Доступ к сети (1)
Оценка качества
Что вы можете построить
Обогащение генных путей
Сопоставление генов с путями и получение подробной информации о путях для анализа обогащения
Интеграция между базами данных
Преобразование идентификаторов генов между форматами KEGG и UniProt, NCBI или PubChem
Анализ взаимодействия лекарств
Проверка взаимодействий лекарство-лекарство и сопоставление соединений с метаболическими путями
Попробуйте эти промпты
Use kegg_find to find the human TP53 gene, then use kegg_link to find all pathways containing this gene, and kegg_get to retrieve details for each pathway.
Search the KEGG compound database for molecules with chemical formula C6H12O6 using kegg_find. Then use kegg_link to find reactions involving these compounds.
List all pathways for human (hsa), mouse (mmu), and yeast (sce) using kegg_list. Then compare the glycolysis pathway across these organisms using kegg_get.
Convert all human gene IDs to UniProt identifiers using kegg_conv. Then retrieve protein sequences for the first 5 converted entries using kegg_get with the aaseq option.
Лучшие практики
- Группируйте записи с помощью '+' для объединения до 10 идентификаторов на запрос для повышения эффективности
- Кэшируйте часто используемые данные локально для сокращения количества вызовов API
- Всегда проверяйте коды состояния HTTP в ответах (400 для ошибок, 404 для не найдено)
- Используйте пути, специфичные для организма (hsa, mmu), а не эталонные пути (map), когда это возможно
Избегать
- Выполнение быстрых последовательных запросов без задержек - KEGG не имеет документированного ограничения скорости, но чрезмерные запросы могут быть заблокированы
- Предположение, что все базы данных поддерживают пакетные запросы - форматы image, KGML и JSON принимают только отдельные записи
- Использование названий генов без проверки - всегда подтверждайте идентификаторы с помощью kegg_find перед связыванием
- Игнорирование ограничений для академического использования - KEGG API не лицензирован для коммерческих приложений