Создание молекулярных систем с помощью Packmol
Подготовка стартовых структур для молекулярной динамики требует точного синтаксиса Packmol и правильного выбора геометрии. Этот навык помогает создавать входные файлы, настройки сольватации, интерфейсы и этапы проверки для рабочих процессов Packmol.
Скопируйте этот запрос в своего Агента. Он содержит каноническую страницу Skill и манифест.
Review the Skillstore skill "packmol" from https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/chenghao-wu-packmol/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.Ваш Агент по-прежнему должен показать план и запросить все подтверждения, требуемые политикой безопасности.
Используйте эти ссылки, когда AI-агенту, crawler или script нужен чистый контекст вместо полной страницы.
Использование «packmol». Пользователь просит бокс для симуляции с 1000 молекулами воды.
Ожидаемый результат:
План настройки Packmol с tolerance, размерами бокса, количеством структур, именем выходного файла и проверками валидации.
Использование «packmol». Пользователь просит сольватировать заряженный белок.
Ожидаемый результат:
Рабочий процесс сольватации белка с размером оболочки, оценкой числа ионов, рекомендациями по периодическому боксу и проверками успешности.
Использование «packmol». Пользователь сообщает о неудачном запуске упаковки интерфейса.
Ожидаемый результат:
Сводка по устранению проблем, охватывающая конфликты ограничений, количества молекул, tolerance и поэтапное тестирование.
Most static findings are false positives from Markdown code fences, relative documentation links, scientific terms, and reference URLs. The helper scripts write explicit output files and optionally run a fixed packmol command without shell interpolation. No prompt injection, data exfiltration intent, or hidden malicious behavior was found.
Делитесь версионным отчетом об оценке, нейтральным значком, встраиваемой карточкой и цитатами. Skillstore публикует доказательства, не решая, безопасен ли этот Skill.
https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol/audits/8?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report[](https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol?utm_source=security_passport_badge)<a href="https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/chenghao-wu-packmol/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a><iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/chenghao-wu-packmol.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>Chenghao-Wu. (2026). packmol security audit report (audit version 8) [Author version 1.0.0]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol/audits/8@techreport{chenghao-wu-chenghao-wu-packmol-2026,
author = {Chenghao-Wu},
title = {packmol security audit report (audit version 8)},
institution = {Skillstore},
year = {2026},
number = {8},
url = {https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol/audits/8},
note = {Author version 1.0.0}
}cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "packmol security audit report (audit version 8)"
version: "1.0.0"
type: report
authors:
- name: "Chenghao-Wu"
date-released: "2026-07-05"
url: "https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol/audits/8"
identifiers:
- type: other
value: "skillstore:chenghao-wu-packmol:audit:8"
description: "Skillstore immutable audit report identifier"
Создать понятный план Packmol для однокомпонентных или смешанных боксов растворителя.
Настроить воду, ионы, размеры бокса и проверки валидации для белковой системы.
Спроектировать границы раздела жидкость-жидкость или жидкость-пар с ограничениями plane и проверками плотности.
Создай входной файл Packmol для 500 молекул воды в кубическом боксе 30 ангстрем. Включи этапы проверки.
Построй план Packmol для смеси вода-этанол 80:20 в боксе 40 ангстрем.
Помоги сольватировать protein.pdb с оболочкой 15 ангстрем, нейтрализующими ионами и 0.15 M соли.
Проверь мои ограничения Packmol и объясни, почему упаковка может не сходиться. Предложи безопасные изменения параметров.
Автор
Chenghao-WuЛицензия
MIT
Версия автора
v1.0.0
Ревизия Skillstore
r1
Ссылка
02f077c174c5335e2f5d02ca15e77b70d9543e58
Актуальность поддержки
18.07.2026
Использование
10 загрузок · 281 просмотров
Запрос химических данных PubChem
от K-Dense-AI
Химические исследования часто требуют надежных идентификаторов соединений, свойств и данных биоанализов. Этот навык помогает Claude, Codex и Claude Code использовать PubChem для структурированных хемоинформационных рабочих процессов.
Создавайте рабочие процессы молекулярного ML с DeepChem
от K-Dense-AI
Молекулярное машинное обучение часто требует специализированных феатуризаторов, наборов данных и методов оценки. Этот навык помогает Claude, Codex и Claude Code проектировать рабочие процессы DeepChem для прогнозирования свойств, transfer learning и бенчмарков.
Поиск химических соединений ZINC
от K-Dense-AI
Командам по разработке лекарств нужен быстрый доступ к доступным для покупки соединениям и структурам, готовым для докинга. Этот навык помогает Claude, Codex и Claude Code работать с поиском в ZINC, API-запросами и процессами скачивания структур.
Research Supply-Chain Investment Bottlenecks
от muxuuu
Broad investment themes often hide the scarce components that control growth. This skill maps value chains, grades evidence, and ranks research priorities with clear risks.
Подготовка материалов для академических площадок
от K-Dense-AI
Академические материалы часто не проходят проверку, потому что правила оформления различаются в зависимости от площадки. Этот навык предоставляет шаблоны, требования и примеры для более быстрой подготовки.
Создавайте рисунки для Nature, готовые к публикации
от Yuan1z0825
Исследователям нужны рисунки, которые ясно передают доказательства и соответствуют правилам экспорта журналов. Этот skill превращает наборы данных, черновики и идеи рисунков в структурированные рабочие процессы на Python или R для визуализаций, готовых к подаче.