📦

biogeobears

Name: biogeobears
Author: brunoasm

Ревизия содержимого r2 Безопасно 📁 Доступ к файловой системе⚙️ Внешние команды🌐 Доступ к сети

Запуск биогеографических анализов BioGeoBEARS

Рабочие процессы филогенетической биогеографии могут быть сложны для форматирования и воспроизведения. Этот навык проверяет входные данные, подготавливает скрипты BioGeoBEARS и помогает сравнивать модели в R.

Поддерживает: Claude Codex Code(CC)

🥇 83 Золото

Maintain this Skill? Claim it 🥇 83 Золото

Установить с помощью моего Агента

Скопируйте этот запрос в своего Агента. Он содержит каноническую страницу Skill и манифест.

Запрос агента

Review the Skillstore skill "biogeobears" from https://skillstore.io/skills/brunoasm-biogeobears.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/brunoasm-biogeobears/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

Ваш Агент по-прежнему должен показать план и запросить все подтверждения, требуемые политикой безопасности.

Ресурсы для AI-агентов

Используйте эти ссылки, когда AI-агенту, crawler или script нужен чистый контекст вместо полной страницы.

Markdown-детали GET /skills/brunoasm-biogeobears.md Подписанный manifest GET /api/skills/brunoasm-biogeobears/manifest Подписанный lockfile GET /api/skills/brunoasm-biogeobears/lockfile

Протестировать

Использование «biogeobears». Исследователь предоставляет укорененное дерево и таблицу распространения видов по регионам.

Ожидаемый результат:

Навык проверяет названия видов и кодирование географии.
Он подготавливает папку проекта с входными данными, анализом RMarkdown, путями результатов и README.
Он объясняет, как запустить анализ и просмотреть HTML-отчет.

Использование «biogeobears». Пользователь спрашивает, какая модель лучше всего объясняет распространение островных птиц.

Ожидаемый результат:

Навык рекомендует сравнить варианты DEC, DIVALIKE, BAYAREALIKE и +J.
Он подготавливает таблицы сравнения моделей с использованием AIC, AICc и тестов отношения правдоподобия.
Он описывает, как интерпретировать оценки расселения, вымирания и событий основания популяций.

Аудит безопасности

Безопасно

v8 • 23.07.2026 Открыть версионный отчет

All 110 static findings were adjudicated as false positives. Most detections are Markdown or RMarkdown backticks and intentional relative paths within the generated analysis directory. The explicit file write uses a user-selected output path, with no hidden network access, reconnaissance, or untrusted command evaluation.

Просканировано файлов

1,868

Проанализировано строк

Пункты проверки

Ложные срабатывания проигнорированы

Факторы риска

📁 Доступ к файловой системе (12)

README.md:222 scripts/validate_geography_file.py:180 SKILL.md:181 SKILL.md:182 SKILL.md:185 SKILL.md:187 SKILL.md:199 SKILL.md:200 SKILL.md:203 SKILL.md:204 SKILL.md:243 SKILL.md:332

⚙️ Внешние команды (50)

🌐 Доступ к сети (1)

SKILL.md:557

Последний завершенный статический и семантический аудит не обнаружил подтвержденных проблем безопасности. Это не доказывает отсутствие побочных эффектов у навыка.

Аудитор:: codex Посмотреть историю аудитов →

Поделиться и цитировать этот отчет

Делитесь версионным отчетом об оценке, нейтральным значком, встраиваемой карточкой и цитатами. Skillstore публикует доказательства, не решая, безопасен ли этот Skill.

Открыть версионный отчет

Копировать ссылку на отчёт

https://skillstore.io/skills/brunoasm-biogeobears/audits/8?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Значок Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/brunoasm-biogeobears/security.svg)](https://skillstore.io/skills/brunoasm-biogeobears?utm_source=security_passport_badge)

Значок HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/brunoasm-biogeobears?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/brunoasm-biogeobears/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

Встраиваемая карточка

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/brunoasm-biogeobears.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

Академические ссылки (APA · BibTeX · CFF)

Цитата APA

brunoasm. (2026). biogeobears security audit report (audit version 8) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/brunoasm-biogeobears/audits/8

Цитата BibTeX

@techreport{brunoasm-brunoasm-biogeobears-2026,
  author = {brunoasm},
  title = {biogeobears security audit report (audit version 8)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {8},
  url = {https://skillstore.io/skills/brunoasm-biogeobears/audits/8},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "biogeobears security audit report (audit version 8)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "brunoasm"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/brunoasm-biogeobears/audits/8"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:brunoasm-biogeobears:audit:8"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

Оценка Skillstore

Почему такая оценка Достоверность доказательств: Высокий

Архитектура

Сопровождаемость

Контент

Сообщество

Соответствие спецификации

Что вы можете построить

Подготовка исследования предковых ареалов

Настроить проверенные входные данные, скрипты и документацию для филогенетического биогеографического анализа.

Обучение воспроизводимым рабочим процессам BioGeoBEARS

Создать понятную структуру папок и пошаговые этапы анализа для студентов, изучающих историческую биогеографию.

Проверка данных перед подбором модели

Найти несоответствия между деревом и географией перед запуском длительных задач оптимизации BioGeoBEARS.

Попробуйте эти промпты

Начать базовый анализ

Помогите мне подготовить анализ BioGeoBEARS. Мой файл дерева: [tree path], мой файл распространения: [data path], и у меня [number] областей.

Проверить географические данные

Проверьте мой файл географии по этому филогенетическому дереву. При необходимости преобразуйте его для BioGeoBEARS и объясните любые несоответствия видов.

Выбрать модели и параметры

Порекомендуйте модели BioGeoBEARS и максимальный размер ареала для [taxon group] по [area list]. Объясните компромиссы перед генерацией скриптов.

Построить рабочий процесс для публикации

Создайте воспроизводимый рабочий процесс BioGeoBEARS с проверкой, сравнением моделей, графиками предковых ареалов, заметками README и рекомендациями по интерпретации для публикации.

Лучшие практики

Проверяйте файлы дерева и географии перед созданием финального скрипта анализа.
Храните исходные входные файлы отдельно от преобразованных входных данных BioGeoBEARS.
Сообщайте о неопределенности моделей, когда веса AIC похожи между моделями.

Избегать

Не запускайте все модели до проверки названий видов и укоренения дерева.
Не выбирайте максимальный размер ареала только потому, что это удобно с вычислительной точки зрения.
Не считайте лучшую модель по AIC биологически корректной без экспертной проверки предметной области.