scikit-bio
Analisar dados biológicos com scikit-bio
Também disponível em: davila7
Processar sequências biológicas, calcular métricas de diversidade e realizar testes estatísticos em dados microbiológicos e ecológicos. Esta habilidade fornece orientação abrangente para fluxos de trabalho de bioinformática, incluindo alinhamento de sequências, análise filogenética e ordenação.
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Testar
A utilizar "scikit-bio". Calcular métricas de diversidade da minha tabela OTU
Resultado esperado:
- Read your BIOM table: Table.read('table.biom')
- Calculate alpha diversity: alpha_diversity('shannon', counts, ids=sample_ids)
- Calculate beta diversity: beta_diversity('braycurtis', counts, ids=sample_ids)
- Run PERMANOVA: permanova(distance_matrix, grouping, permutations=999)
A utilizar "scikit-bio". Construir uma árvore filogenética das minhas sequências
Resultado esperado:
- Read sequences from FASTA: skbio.DNA.read('sequences.fasta')
- Calculate distance matrix: seq1.distance(seq2) or use kmer_distance
- Build tree with NJ: nj(distance_matrix)
- Calculate Robinson-Foulds distance: tree.robinson_foulds(other_tree)
Auditoria de Segurança
SeguroDocumentation-only skill with no executable code. All 133 static findings are false positives: detected backticks are markdown code delimiters, C2 keywords are scientific abbreviations (PC1, CCA, RDA for ordination methods), weak crypto flags are biological substitution matrices (BLOSUM62 for protein alignments), and URLs are official documentation links. No command injection, network exfiltration, or malicious patterns exist.
Fatores de risco
⚙️ Comandos externos (5)
🌐 Acesso à rede (1)
Pontuação de qualidade
O Que Você Pode Construir
Analisar diversidade microbiana
Calcular diversidade alfa e beta a partir de tabelas OTU e realizar testes PERMANOVA em agrupamentos de amostras.
Construir árvores filogenéticas
Construir árvores a partir de alinhamentos de sequências e calcular distâncias de Robinson-Foulds para comparação de árvores.
Processar dados de sequências
Ler, filtrar e transformar sequências biológicas em mais de 19 formatos de arquivo com validação.
Tente Estes Prompts
Mostre-me como ler um arquivo FASTA com skbio, calcular o complemento reverso e encontrar motivos usando padrões regex.
Guie-me pelo cálculo da diversidade alfa de Shannon a partir de uma matriz de contagens e computação da diversidade beta de Bray-Curtis entre amostras.
Ajude-me a construir uma árvore filogenética usando Neighbor Joining a partir de uma matriz de distância e calcular distâncias patristicas entre táxons.
Mostre-me como executar um teste PERMANOVA em uma matriz de distância para determinar se os grupos de amostras diferem significativamente, com 999 permutações.
Melhores Práticas
- Usar geradores (skbio.io.read) para arquivos de sequências grandes para evitar problemas de memória
- Integrar com pandas e numpy para análise e visualização downstream
- Validar se os IDs de sequência correspondem entre arquivos antes de cálculos de diversidade
Evitar
- Não usar frequências relativas para contagens - converter para inteiros primeiro
- Não misturar árvores enraizadas e não enraizadas ao calcular distâncias de Robinson-Foulds
- Não pular PERMDISP ao executar PERMANOVA - verificar pressupostos de dispersão
Perguntas Frequentes
Quais formatos de arquivo o scikit-bio suporta?
Como calculo a diversidade filogenética?
Qual é a diferença entre diversidade alfa e beta?
Posso usar scikit-bio com QIIME 2?
Como manipulo arquivos de sequências grandes de forma eficiente?
Quais testes estatísticos estão disponíveis para dados ecológicos?
Detalhes do Desenvolvedor
Autor
K-Dense-AILicença
BSD-3-Clause license
Repositório
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/scikit-bioReferência
main
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