Habilidades kegg-database
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kegg-database

Seguro ⚙️ Comandos externos🌐 Acesso à rede📁 Acesso ao sistema de arquivos

Consultar banco de dados KEGG para vias e genes

Também disponível em: davila7

Pesquisadores precisam de acesso eficiente aos dados bioinformáticos do KEGG para análise de vias e mapeamento de genes. Esta skill fornece funções auxiliares em Python para todas as operações da API REST do KEGG, incluindo recuperação de vias, mapeamento gene-via, pesquisas de compostos e conversão de IDs entre bancos de dados.

Suporta: Claude Codex Code(CC)
🥉 75 Bronze
1

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2

Upload no Claude

Vá em Configurações → Capacidades → Skills → Upload skill

3

Ative e comece a usar

Testar

A utilizar "kegg-database". Encontrar vias associadas ao gene de glicólise hsa:10458

Resultado esperado:

  • Pathway hsa00010: Glycolysis / Gluconeogenesis
  • Pathway hsa01100: Metabolic pathways
  • Pathway hsa01200: Carbon metabolism
  • Pathway hsa01210: 2-Oxocarboxylic acid metabolism
  • Pathway hsa01230: Biosynthesis of amino acids

A utilizar "kegg-database". Obter informações sobre o medicamento D00001

Resultado esperado:

  • Drug: D00001
  • Name: Theophylline
  • Class: Purine alkaloids
  • Formula: C7H8N4O2
  • Target: Adenosine receptors

A utilizar "kegg-database". Converter ID de gene humano do KEGG para UniProt

Resultado esperado:

  • hsa:10458 -> Q9Y5K8
  • hsa:10459 -> Q9Y5K9
  • hsa:10572 -> Q8NHW6

Auditoria de Segurança

Seguro
v4 • 1/17/2026

All 253 static findings are false positives. The scanner incorrectly flags Markdown backticks as Ruby shell execution, KEGG API URLs as suspicious network targets, and bioinformatics identifiers (pathway IDs, gene names) as weak crypto algorithms. This is a legitimate bioinformatics research tool that uses standard urllib for HTTP requests to the official KEGG REST API. No malicious code, command injection, or data exfiltration present.

4
Arquivos analisados
2,232
Linhas analisadas
3
achados
4
Total de auditorias

Fatores de risco

⚙️ Comandos externos (4)
SKILL.md:24-25 SKILL.md:38-48 references/kegg_reference.md:51-73 references/kegg_reference.md:105-128
🌐 Acesso à rede (3)
scripts/kegg_api.py:7-19 scripts/kegg_api.py:35-38 SKILL.md:372
📁 Acesso ao sistema de arquivos (2)
scripts/kegg_api.py:141-148 scripts/kegg_api.py:228-234
Auditado por: claude Ver Histórico de Auditoria →

Pontuação de qualidade

64
Arquitetura
90
Manutenibilidade
87
Conteúdo
22
Comunidade
100
Segurança
91
Conformidade com especificações

O Que Você Pode Construir

Análise de enriquecimento de vias

Mapear genes de interesse para vias do KEGG e recuperar informações detalhadas das vias para estudos de enriquecimento.

Integração entre bancos de dados

Converter IDs de genes do KEGG para UniProt, IDs do NCBI Gene ou PubChem para integração com outros pipelines de análise.

Triagem de interações de medicamentos

Pesquisar bancos de dados de medicamentos e verificar potenciais interações droga-droga usando o endpoint KEGG DDI.

Tente Estes Prompts

Listar vias 
Use kegg_list para recuperar todas as vias do KEGG para humano (hsa) e mostrar os primeiros 10 IDs e nomes de vias.
Encontrar genes 
Pesquisar no banco de dados de genes do KEGG entradas que correspondam a 'p53' usando kegg_find e exibir os resultados.
Mapear vias 
Use kegg_link para encontrar todas as vias do KEGG que contêm o gene TP53 (hsa:7157) e recuperar informações básicas de cada uma.
Converter IDs 
Converter todos os IDs de genes humanos do KEGG para IDs do NCBI Gene usando kegg_conv e mostrar os primeiros 5 pares de mapeamento.

Melhores Práticas

  • Armazenar resultados da API localmente para reduzir solicitações redundantes e respeitar os limites de taxa.
  • Verificar códigos de status HTTP (200=sucesso, 400=requisição inválida, 404=não encontrado) para tratamento de erros.
  • Usar códigos de organismos específicos (hsa, mmu, eco) para limitar resultados e melhorar o desempenho.

Evitar

  • Fazer solicitações rápidas sem intervalos - viola as diretrizes de uso da API do KEGG.
  • Ignorar respostas de erro HTTP - sempre tratar erros 400/404 apropriadamente.
  • Solicitar mais de 10 entradas em uma única chamada - o KEGG limita operações em lote.

Perguntas Frequentes

O que é KEGG?
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) é um banco de dados para entender funções de alto nível de sistemas biológicos a partir de dados genômicos e moleculares.
Esta skill é gratuita para usar?
A API do KEGG é gratuita para uso acadêmico. Aplicações comerciais requerem uma licença separada do KEGG.
Quais organismos são suportados?
O KEGG suporta milhares de organismos, incluindo humano (hsa), mouse (mmu), levedura (sce) e E. coli (eco).
Posso obter dados de sequência?
Sim, use kegg_get com 'aaseq' para sequências de proteínas ou 'ntseq' para sequências de nucleotídeos.
Como converter IDs de genes?
Use kegg_conv com banco de dados de destino (uniprot, ncbi-geneid) e fonte (código de organismo ou ID de gene específico).
Quais são os limites da API?
Máximo de 10 entradas por solicitação. Formatos de imagem, KGML e JSON permitem apenas uma entrada por vez.

Detalhes do Desenvolvedor

Licença

Non-academic use of KEGG requires a commercial license

Repositório

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/kegg-database

Referência

main

Estrutura de arquivos

📁 references/

📄 kegg_reference.md

📁 scripts/

📄 kegg_api.py

📄 SKILL.md