hmdb-database
Pesquisar Human Metabolome Database
Auch verfügbar von: davila7
Esta habilidade fornece acesso ao Human Metabolome Database contendo mais de 220.000 entradas de metabólitos. Pesquisadores podem pesquisar por nome químico, estrutura ou ID para obter propriedades, espectros e dados de biomarcadores para estudos de metabolômica.
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Teste es
Verwendung von "hmdb-database". Encontre informações sobre cafeína incluindo seu ID HMDB, peso molecular e se é um biomarcador conhecido.
Erwartetes Ergebnis:
- HMDB ID: HMDB0001854 (Cafeína)
- Fórmula Química: C8H10N4O2
- Peso Molecular: 194,19 g/mol
- SMILES: CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C
- Status: Detectado em sangue, urina, saliva
- Status de Biomarcador: Não - atualmente não listado como biomarcador de doença
- Locais de Biosspecimen: Sangue, Urina, Saliva, Leite Materno
- Concentração na Urina: Tipicamente 0,1-10 mg/L (varia conforme a ingestão de cafeína)
Verwendung von "hmdb-database". Pesquise metabólitos que são biomarcadores para diabetes e mostre suas faixas de concentração normais e anormais no sangue.
Erwartetes Ergebnis:
- Vários metabólitos do HMDB estão associados ao status de biomarcador de diabetes:
- 1. Glicose (HMDB0000122) - Elevado em condições diabéticas
- 2. HbA1c (HMDB0000741) - Biomarcador chave para monitoramento de diabetes
- 3. Frutoseamina (HMDB0002044) - Indicador de controle de glicose de curto prazo
- As faixas de concentração típicas no sangue serão mostradas com considerações de idade e condição.
Verwendung von "hmdb-database". Quais vias metabólicas envolvem colesterol e quais são os IDs de via SMPDB associados?
Erwartetes Ergebnis:
- Colesterol (HMDB0000067) está envolvido em várias vias:
- 1. Biossíntese de Esteróides (SMP0000001)
- 2. Biossíntese de Ácidos Biliares (SMP0000012)
- 3. Metabolismo de Lipídeos (SMP0000035)
- Cada via mostra enzimas associadas, reações e referências cruzadas para KEGG.
Sicherheitsaudit
SicherThis is a pure documentation skill with no executable code. All 129 static findings are FALSE POSITIVES caused by markdown formatting patterns being misidentified as security issues. The backticks detected are markdown inline code spans (e.g., `accession`, `smiles`, `inchi`), not Ruby/shell command execution. The 'weak cryptographic algorithm' detections are chemical identifiers (InChI/InChIKey), not encryption. The hardcoded URLs are legitimate HMDB database endpoints essential to the skill's function. No code, network calls, file system access, or command execution exists.
Risikofaktoren
⚡ Enthält Skripte
🌐 Netzwerkzugriff
📁 Dateisystemzugriff
🔑 Umgebungsvariablen
⚙️ Externe Befehle
Qualitätsbewertung
Was du bauen kannst
Identificar Metabólitos Desconhecidos
Comparar espectros experimentais de MS ou NMR com bibliotecas de referência do HMDB para identificar compostos desconhecidos em amostras.
Encontrar Associações de Biomarcadores
Pesquisar metabólitos associados a doenças específicas e revisar faixas de concentração para aplicações diagnósticas.
Referência Cruzada de Identificadores Químicos
Mapear entradas do HMDB para bancos de dados externos como KEGG, PubChem e ChEBI para análise integrada de vias.
Probiere diese Prompts
Encontre informações sobre {metabolite_name} no HMDB. Inclua sua fórmula química, peso molecular e string SMILES.Pesquise no HMDB metabólitos que servem como biomarcadores para {disease_name}. Liste suas faixas de concentração em fluidos biológicos relevantes.Encontre metabólitos do HMDB com espectros NMR correspondentes a um NMR de próton de 600 MHz. Quais compostos têm picos na região aromática de 7-8 ppm?
Encontre os IDs de via SMPDB para metabólitos na via {pathway_name}. Faça referência cruzada com identificadores de via KEGG.Bewährte Verfahren
- Sempre cite o HMDB em publicações usando o formato recomendado em sua documentação
- Anote a versão do HMDB (atualmente v5.0) em sua pesquisa para reprodutibilidade
- Baixe conjuntos de dados completos para análise em larga escala em vez de fazer consultas web repetidas
Vermeiden
- Não tente fazer web scraping contra o HMDB - entre em contato com eles para acesso à API
- Não assuma que todos os campos estão preenchidos para cada metabólito (dados de concentração são escassos)
- Não confunda dados espectros previstos com dados experimentais sem verificar os indicadores de qualidade
Häufig gestellte Fragen
Como acesso o HMDB programaticamente?
Em quais formatos de arquivo posso fazer download?
Quantos metabólitos estão no HMDB?
Posso usar o HMDB para fins comerciais?
Com quais identificadores posso pesquisar?
O HMDB inclui dados espectrais?
Entwicklerdetails
Autor
K-Dense-AILizenz
HMDB is offered to the public as a freely available resource. Use and re-distribution of the data, in whole or in part, for commercial purposes requires explicit permission of the authors and explicit acknowledgment of the source material (HMDB) and the original publication (see the HMDB citing page). We ask that users who download significant portions of the database cite the HMDB paper in any resulting publications.
Repository
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/hmdb-databaseRef
main
Dateistruktur