Habilidades gtars
🧬

gtars

Seguro ⚙️ Comandos externos📁 Acesso ao sistema de arquivos

Analisar intervalos genômicos e trilhas de cobertura

Também disponível em: davila7

Processar e analisar dados de intervalos genômicos para pesquisa em bioinformática. O Gtars oferece ferramentas de alto desempenho para detecção de sobreposição, análise de cobertura e tokenização de ML de sequências genômicas.

Suporta: Claude Codex Code(CC)
📊 71 Adequado
1

Baixar o ZIP da skill

2

Upload no Claude

Vá em Configurações → Capacidades → Skills → Upload skill

3

Ative e comece a usar

Testar

A utilizar "gtars". Encontrar sobreposições entre meus picos de ChIP-seq e promotores de genes

Resultado esperado:

  • Picos sobrepostos: 1.234 regiões encontradas
  • Distribuição de picos: 45% em regiões de promotores, 30% em intensificadores, 25% intergênico
  • Resultados salvos em peaks_in_promoters.bed

A utilizar "gtars". Gerar trilha de cobertura a partir de dados de ATAC-seq

Resultado esperado:

  • Trilha de cobertura gerada: atac_coverage.bw
  • Resolução: 10pb
  • Total de bases cobertas: 2,1 bilhões
  • Regiões de acessibilidade de pico identificadas: 150.000

Auditoria de Segurança

Seguro
v4 • 1/17/2026

All 209 static findings are false positives. The static analyzer incorrectly flagged markdown documentation syntax as security risks. No malicious code present. This is a legitimate genomic analysis toolkit.

9
Arquivos analisados
3,532
Linhas analisadas
2
achados
4
Total de auditorias

Fatores de risco

⚙️ Comandos externos (3)
references/cli.md:7-213 references/coverage.md:9-155 references/python-api.md:7-193
📁 Acesso ao sistema de arquivos (1)
references/python-api.md:154-207
Auditado por: claude Ver Histórico de Auditoria →

Pontuação de qualidade

45
Arquitetura
100
Manutenibilidade
85
Conteúdo
21
Comunidade
100
Segurança
91
Conformidade com especificações

O Que Você Pode Construir

Análise de sobreposição de picos

Identificar elementos regulatórios sobrepostos e anotar variantes comparando picos de ChIP-seq.

Visualização de cobertura

Gerar trilhas de cobertura a partir de dados de ATAC-seq ou ChIP-seq para visualização no navegador do genoma.

Pré-processamento de ML genômico

Converter regiões genômicas em tokens discretos para treinar modelos transformadores em sequências de DNA.

Tente Estes Prompts

Consulta básica de sobreposição 
Use gtars para construir um índice IGD a partir do meu arquivo peaks.bed e consultar sobreposições com promoters.bed.
Geração de cobertura 
Gerar uma trilha de cobertura BigWig a partir dos meus fragmentos de ATAC-seq usando gtars uniwig com resolução de 10pb.
Tokenização de ML 
Criar um TreeTokenizer a partir do meu training_regions.bed e tokenizar as coordenadas genômicas para entrada do modelo de ML.
Processamento de fragmentos 
Dividir meu fragments.tsv por barcodes de células usando gtars fragsplit e enviar para diretórios específicos do cluster.

Melhores Práticas

  • Usar o modo de mapeamento de memória (mmap=True) ao processar arquivos genômicos grandes para melhor desempenho.
  • Construir índices IGD uma vez e reutilizá-los para múltiplas consultas de sobreposição.
  • Especificar a contagem de threads explicitamente para uso previsível de recursos em processamento em lote.

Evitar

  • Não processar arquivos em escala de GB sem habilitar o modo de mapeamento de memória.
  • Evitar executar múltiplos comandos gtars sequencialmente quando processamento paralelo está disponível.
  • Não pular a validação de formato ao integrar com pipelines externos.

Perguntas Frequentes

Quais formatos de arquivo o gtars suporta?
Gtars suporta BED para intervalos, WIG/BigWig para trilhas de cobertura, FASTA para genomas de referência e TSV para arquivos de fragmentos.
Preciso ter Rust instalado para usar o gtars?
As ligações Python funcionam sem Rust. A CLI requer Rust/Cargo apenas se instalada a partir do código-fonte.
Como o gtars se compara ao bedtools?
Gtars oferece operações de intervalo semelhantes com desempenho de Rust, além de tokenização de ML especializada e suporte a BigWig.
O gtars consegue lidar com arquivos em escala de cromossomo?
Sim, o modo de mapeamento de memória permite o processamento de arquivos em escala de cromossomo com uso mínimo de RAM.
O que é indexação IGD?
O Integrated Genome Database é uma estrutura de dados para consultas rápidas de sobreposição em grandes coleções de intervalos genômicos.
O gtars é compatível com o geniml?
Sim, o gtars é a base para o geniml e oferece operações principais de pré-processamento para fluxos de trabalho de ML genômico.

Detalhes do Desenvolvedor

Licença

MIT

Repositório

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/gtars

Referência

main

Estrutura de arquivos

📁 references/

📄 cli.md

📄 coverage.md

📄 overlap.md

📄 python-api.md

📄 refget.md

📄 tokenizers.md

📄 evaluation_output.json

📄 SKILL.md