Fähigkeiten ena-database
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ena-database

Niedriges Risiko 🌐 Netzwerkzugriff📁 Dateisystemzugriff

Consultar Arquivo Nucleotídico Europeu

Auch verfügbar von: davila7

Os pesquisadores precisam de acesso eficiente a dados genômicos para análise. Esta habilidade fornece acesso programático ao ENA através de APIs REST e FTP para recuperação de sequências de DNA/RNA, arquivos FASTQ e assemblies genômicos por número de acesso.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
⚠️ 66 Schlecht
1

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2

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3

Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "ena-database". Find assemblies for SARS-CoV-2 with assembly level chromosome

Erwartetes Ergebnis:

Found 5 assemblies matching criteria:
- ERR1234567: Complete Genome (MN908947.3)
- ERR2345678: Complete Genome (MW123456.1)
- ERR3456789: Assembly Level: chromosome

Access the sequences at: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/api/xml/[ACCESSION]

Verwendung von "ena-database". Get taxonomy for Escherichia coli

Erwartetes Ergebnis:

Taxonomy ID: 562
Scientific Name: Escherichia coli
Lineage: Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Enterobacteriaceae; Escherichia
Rank: Species

Verwendung von "ena-database". Search for RNA-seq experiments in study PRJEB12345

Erwartetes Ergebnis:

Found 12 RNA-seq experiments:
- ERX123456: Paired-end, ILLUMINA
- ERX123457: Single-end, ILLUMINA
- ERX123458: Paired-end, BGI

Run accessions available for FASTQ download.

Sicherheitsaudit

Niedriges Risiko
v5 • 1/21/2026

This is a legitimate bioinformatics data access skill for querying the European Nucleotide Archive. All static findings are false positives. The 'external_commands' detections are backtick characters in documentation examples, not shell execution. 'Network' findings are HTTP requests to public ENA APIs (www.ebi.ac.uk). Critical/high severity flags (SAM database, C2 keywords, weak crypto) match generic terms in documentation (sample=sam, MD5/SHA1 for checksums). No actual security risks present.

3
Gescannte Dateien
3,646
Analysierte Zeilen
2
befunde
5
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

🌐 Netzwerkzugriff (2)
SKILL.md:57-72 references/api_reference.md:7-9
📁 Dateisystemzugriff (1)
SKILL.md:120-124
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

41
Architektur
90
Wartbarkeit
87
Inhalt
20
Community
90
Sicherheit
83
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

Recuperar dados de sequenciamento para análise

Download de arquivos FASTQ brutos e assemblies genômicos por número de acesso para pipelines de análise bioinformática subsequentes.

Pesquisar conjuntos de dados por estudo ou organismo

Consultar a API do Portal ENA para encontrar todas as amostras, execuções ou assemblies associados a um estudo ou classificação taxonômica específica.

Construir fluxos de trabalho de pesquisa reproduzíveis

Integrar a recuperação de dados do ENA em pipelines automatizados que buscam e citam acessos específicos para pesquisa genômica reproduzível.

Probiere diese Prompts

Encontrar amostras em um estudo 
Use a API do Portal ENA para pesquisar todas as amostras no estudo PRJNA[STUDY_ID]. Retorne os números de acesso e títulos das amostras.
Baixar sequência por acesso 
Recupere a sequência nucleotídica para o acesso [ACCESSION] em formato FASTA usando a API do ENA Browser.
Encontrar assemblies para organismo 
Encontre todos os assemblies para [ORGANISM] com N50 de contig >= [N50_VALUE] usando a API do Portal ENA.
Fluxo de download em massa 
Pesquise todas as execuções de leitura no estudo [STUDY_ID], extraia as URLs de FTP e gere um script para baixar todos os arquivos via FTP.

Bewährte Verfahren

  • Implementar limitação de taxa com recuo exponencial para manter 50 solicitações por segundo
  • Usar FTP ou Aspera para downloads de arquivos maiores que 100MB
  • Citar estudos e acessos de amostras ao publicar resultados derivados de dados do ENA

Vermeiden

  • Fazer chamadas de API individuais para milhares de registros em vez de usar lotes
  • Baixar arquivos grandes via HTTP quando FTP/Aspera está disponível
  • Falhar ao tratar erros de parsing XML das respostas da API do ENA Browser

Häufig gestellte Fragen

Qual é a diferença entre a API do Portal ENA e a API do Browser?
A API do Portal é para pesquisa avançada e filtragem em todos os tipos de dados. A API do Browser é para recuperação direta de registros específicos por acesso em formato XML.
Como faço download de arquivos FASTQ grandes?
Para arquivos acima de 100MB, use protocolos FTP ou Aspera em vez de HTTP. A API do Portal ENA retorna URLs de FTP nos resultados de pesquisa.
Em quais formatos posso recuperar sequências?
Sequências estão disponíveis em FASTA (sequências montadas), FASTQ (leituras brutas), XML (formato nativo) e TSV/JSON para metadados.
Como encontro todos os dados de um estudo específico?
Use a API do Portal com o parâmetro de consulta study_accession=[STUDY_ID] e tipo de resultado sample, read_run ou assembly conforme necessário.
Quais são os limites de taxa para APIs do ENA?
Todas as APIs do ENA são limitadas a 50 solicitações por segundo. Exceder isso retorna HTTP 429 e requer implementação de recuo.
Como cito dados do ENA em minha publicação?
Inclua o acesso do Estudo/Projeto como citação principal. Também liste os acessos específicos de amostra, execução ou assembly usados em sua análise.

Entwicklerdetails

Lizenz

Unknown

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/ena-database

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 SKILL.md