dnanexus-integration
Integrar fluxos de trabalho da plataforma de genômica DNAnexus
Também disponível em: davila7
A DNAnexus oferece análise de genômica baseada em nuvem, mas requer conhecimento específico da plataforma. Esta skill oferece documentação completa para construir aplicativos, gerenciar dados e executar fluxos de trabalho de bioinformática.
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A utilizar "dnanexus-integration". Como envio um arquivo FASTQ e executo controle de qualidade?
Resultado esperado:
- 1. Primeiro autentique-se: dx login
- 2. Envie seu arquivo: dx upload sample.fastq --project project-xxxx
- 3. Encontre um applet de QC: dx find_applets --name '*qc*'
- 4. Execute a análise: dx run applet-xxxx -i reads=file-yyyy
- 5. Monitore o progresso: dx watch job-zzzz
- 6. Baixe os resultados quando concluído
A utilizar "dnanexus-integration". Crie um aplicativo simples que filtre reads por qualidade
Resultado esperado:
- Defina dxapp.json com inputSpec para arquivo de reads e outputSpec para reads filtrados
- Use o decorador @dxpy.entry_point('main') para a função principal
- Baixe a entrada com dxpy.download_dxfile()
- Processe com subprocess.call() para ferramenta externa
- Envie a saída com dxpy.upload_local_file()
- Retorne o resultado usando dxpy.dxlink()
Auditoria de Segurança
SeguroAll 455 static findings are false positives. The skill is documentation for DNAnexus cloud genomics platform. The flagged 'external_commands' are legitimate DNAnexus CLI commands (dx, dxpy) in documentation code blocks. The 'weak cryptographic algorithm' findings incorrectly identified API version fields like 'dxapi: 1.0.0' as cryptographic code. The 'Windows SAM database' alert misidentified authentication documentation (DX_SECURITY_CONTEXT) as Windows system files. No malicious patterns exist.
Fatores de risco
⚙️ Comandos externos (5)
🌐 Acesso à rede (1)
Pontuação de qualidade
O Que Você Pode Construir
Processar pipeline de dados de sequenciamento
Enviar arquivos FASTQ, executar fluxos de trabalho de alinhamento e chamada de variantes, baixar resultados para análise de pesquisa
Criar aplicativos de análise personalizados
Criar aplicativos DNAnexus para análises de genômica especializadas com tratamento adequado de entrada e saída
Organizar conjuntos de dados genômicos
Pesquisar, categorizar e gerenciar grandes conjuntos de dados genômicos em múltiplos projetos DNAnexus
Tente Estes Prompts
Ajude-me a enviar um arquivo FASTQ para DNAnexus e executar uma análise básica de controle de qualidade usando um applet existente
Preciso criar um aplicativo DNAnexus que receba entrada FASTQ e gere saída de alinhamento BAM usando BWA-MEM
Mostre-me como encontrar todos os arquivos FASTQ em um projeto e executar a mesma análise em cada um em paralelo
Ajude-me a configurar dxapp.json para um aplicativo que precisa de samtools, bcftools e uma imagem Docker personalizada com genomas de referência
Melhores Práticas
- Sempre valide arquivos de entrada antes de processar em aplicativos DNAnexus
- Use tipos de instância DNAnexus apropriados para análises computacionalmente intensivas
- Inclua tratamento abrangente de erros e registro em aplicativos personalizados
Evitar
- Codificar permanentemente IDs de projeto ou caminhos de arquivos em aplicativos de produção
- Processar arquivos grandes sem verificar espaço disponível em disco
- Ignorar estados de trabalho e condições de erro da DNAnexus
Perguntas Frequentes
Quais formatos de arquivo a DNAnexus suporta?
Como autentico com a DNAnexus?
Posso executar ferramentas de linha de comando existentes?
Qual é a diferença entre apps e applets?
Como manejo grandes conjuntos de dados de forma eficiente?
Posso integrar com bancos de dados externos?
Detalhes do Desenvolvedor
Autor
K-Dense-AILicença
MIT
Repositório
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/dnanexus-integrationReferência
main
Estrutura de arquivos