cosmic-database
Acessar o banco de dados de mutações de câncer COSMIC
Auch verfügbar von: davila7
Pesquisadores de câncer precisam de dados abrangentes de mutações para estudos. Esta habilidade fornece acesso programático ao banco de dados COSMIC contendo milhões de mutações somáticas, listas de genes de câncer curadas e assinaturas mutacionais para pesquisa em oncologia de precisão.
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Einschalten und loslegen
Teste es
Verwendung von "cosmic-database". Download the Cancer Gene Census from COSMIC
Erwartetes Ergebnis:
- Caminho do arquivo do Cancer Gene Census: GRCh38/cosmic/latest/cancer_gene_census.csv
- Use download_cosmic.py com --data-type gene_census
- Contém mais de 700 genes de câncer curados com funções (oncogene, TSG, fusion)
- O arquivo baixado pode ser lido com pandas.read_csv()
Verwendung von "cosmic-database". Find TP53 mutations in lung cancer
Erwartetes Ergebnis:
- Baixe CosmicMutantExport.tsv.gz de GRCh38/cosmic/latest/
- Filtre mutações onde 'Gene name' é igual a 'TP53'
- Filtre adicionalmente onde 'Primary site' é igual a 'lung'
- Encontradas 847 mutações de TP53 em amostras de câncer de pulmão
- Principais variantes: R175H (12%), R248W (8%), R273H (7%)
Sicherheitsaudit
SicherAll 121 static findings are false positives. The analyzer misidentified markdown code fences (```) as shell backticks, documentation URLs as network threats, and fabricated cryptographic patterns. This is a legitimate Sanger Institute bioinformatics tool. The Python script only makes authenticated HTTPS requests to download cancer genomics data from the official COSMIC database.
Probleme mit niedrigem Risiko (3)
Risikofaktoren
🌐 Netzwerkzugriff (1)
📁 Dateisystemzugriff (1)
Qualitätsbewertung
Was du bauen kannst
Analisar padrões de mutação
Baixe dados de mutações somáticas para identificar mutações recorrentes em tipos específicos de câncer para estudos de pesquisa.
Construir pipelines de anotação
Integre dados do COSMIC em fluxos de trabalho de bioinformática para anotar variantes de pacientes com relevância para câncer.
Pesquisar resistência a drogas
Consulte dados de mutações de resistência para orientar decisões de medicina de precisão no tratamento do câncer.
Probiere diese Prompts
Show me how to download the Cancer Gene Census from COSMIC using the download_cosmic.py script. What filepath should I use?
What file contains TP53 mutations in COSMIC and how do I filter the downloaded data for a specific gene?
How do I download and work with COSMIC mutational signatures? What file paths should I use for SBS signatures?
Show me how to read a downloaded CosmicCodingMuts.vcf.gz file using pysam and extract records for chromosome 17.
Bewährte Verfahren
- Use a montagem GRCh38 para novos projetos e especifique genome_assembly='GRCh38' em chamadas de função
- Use 'latest' em caminhos de arquivo para obter a versão mais recente do COSMIC ou fixe versões específicas para reprodutibilidade
- Armazene credenciais com segurança usando variáveis de ambiente e nunca codifique senhas diretamente em scripts
Vermeiden
- Usar GRCh37 em novos projetos quando GRCh38 é o genoma de referência padrão atual
- Baixar o banco de dados inteiro quando subconjuntos específicos atendem às suas necessidades de análise
- Ignorar a verificação de autenticação antes de tentar downloads
Häufig gestellte Fragen
O acesso ao COSMIC é gratuito?
Qual montagem genômica devo usar?
Qual é o tamanho dos arquivos do COSMIC?
Quais formatos de arquivo estão disponíveis?
Com que frequência o COSMIC é atualizado?
Posso usar isto com outras ferramentas?
Entwicklerdetails
Autor
K-Dense-AILizenz
MIT
Repository
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/cosmic-databaseRef
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Dateistruktur