Habilidades bioservices
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bioservices

Seguro ⚙️ Comandos externos🌐 Acesso à rede📁 Acesso ao sistema de arquivos

Acessar bancos de dados de bioinformática do Python

Também disponível em: davila7

Consulte mais de 40 bancos de dados biológicos, incluindo UniProt, KEGG e ChEMBL, com uma API Python consistente. Simplifica a análise entre bancos de dados e a conversão de identificadores para pesquisa em bioinformática.

Suporta: Claude Codex Code(CC)
🥈 77 Prata
1

Baixar o ZIP da skill

2

Upload no Claude

Vá em Configurações → Capacidades → Skills → Upload skill

3

Ative e comece a usar

Testar

A utilizar "bioservices". Find information about protein P43403

Resultado esperado:

  • UniProt ID: P43403
  • Gene: ZAP70
  • Organism: Homo sapiens (Human)
  • KEGG ID: hsa:7535
  • Pathways: hsa04660 (B cell receptor signaling), hsa04650

A utilizar "bioservices". Convert compound IDs from KEGG to ChEMBL

Resultado esperado:

  • KEGG ID: C11222
  • ChEMBL ID: CHEMBL278315
  • ChEBI ID: CHEBI:17957
  • Compound: Geldanamycin

Auditoria de Segurança

Seguro
v4 • 1/17/2026

All 521 static findings are false positives. Scanner misidentified markdown code block delimiters as shell commands, biological database identifiers as cryptographic algorithms, and legitimate API queries to bioinformatics databases as system reconnaissance. The skill is a legitimate scientific library interface.

9
Arquivos analisados
4,227
Linhas analisadas
3
achados
4
Total de auditorias

Fatores de risco

⚙️ Comandos externos (4)
SKILL.md:34 references/identifier_mapping.md:33 references/services_reference.md:12 references/workflow_patterns.md:25
🌐 Acesso à rede (1)
SKILL.md:356-357
📁 Acesso ao sistema de arquivos (2)
scripts/batch_id_converter.py:168 scripts/pathway_analysis.py:114
Auditado por: claude Ver Histórico de Auditoria →

Pontuação de qualidade

68
Arquitetura
100
Manutenibilidade
85
Conteúdo
22
Comunidade
100
Segurança
91
Conformidade com especificações

O Que Você Pode Construir

Análise de proteína entre bancos de dados

Recuperar dados de proteína do UniProt, mapear para vias do KEGG e analisar interações em um único fluxo de trabalho.

Mapeamento de identificadores de compostos

Converter IDs de composto entre KEGG, ChEMBL e ChEBI para pesquisa química.

Extração de rede de vias

Extrair redes de interação de proteína das vias do KEGG para análise de rede subsequente.

Tente Estes Prompts

Encontrar sequência de proteína 
Use BioServices para encontrar a entrada UniProt para a proteína ZAP70 e recuperar sua sequência FASTA.
Mapear identificadores de gene 
Converter o UniProt ID P43403 para seu correspondente ID de gene do KEGG usando o mapeamento BioServices.
Analisar vias 
Use BioServices para obter todas as vias para humanos contendo o gene 7535 e extrair a rede de interação.
Referência cruzada de compostos 
Pesquisar KEGG para o composto Geldanamycin, depois usar UniChem para encontrar seus identificadores ChEMBL e ChEBI.

Melhores Práticas

  • Defina verbose=False para reduzir a saída de registro para resultados mais limpos
  • Adicione atrasos entre solicitações em lote para respeitar os limites de taxa da API
  • Sempre especifique códigos de organismo para evitar ambiguidade

Evitar

  • Fazer milhares de solicitações sem limitação de taxa
  • Usar nomes de gene ambíguos sem especificar o organismo
  • Pular tratamento de erros para operações dependentes de rede

Perguntas Frequentes

Quais bancos de dados são suportados?
Mais de 40 bancos de dados, incluindo UniProt, KEGG, ChEMBL, ChEBI, PDB, Reactome, BioMart e ArrayExpress.
Preciso de chaves de API?
A maioria dos bancos de dados é gratuita. Os serviços do NCBI requerem um endereço de e-mail válido para pesquisas BLAST.
Como lidar com limites de taxa?
Adicione time.sleep entre solicitações e use o parâmetro chunk_size para operações em lote.
Posso converter identificadores em lote?
Sim, use o script batch_id_converter.py ou implemente mapeamento fragmentado com 50-100 IDs por solicitação.
Quais formatos de saída são suportados?
FASTA, XML, separados por tabulação, JSON e formatos específicos do banco de dados, dependendo do serviço.
Como obter interações de via?
Use KEGG.pathway2sif() ou parse_kgml_pathway() para extrair redes de interação proteína-proteína.

Detalhes do Desenvolvedor

Licença

GPLv3 license

Repositório

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/bioservices

Referência

main

Estrutura de arquivos

📁 references/

📄 identifier_mapping.md

📄 services_reference.md

📄 workflow_patterns.md

📁 scripts/

📄 batch_id_converter.py

📄 compound_cross_reference.py

📄 pathway_analysis.py

📄 protein_analysis_workflow.py

📄 SKILL.md