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biopython

Name: biopython
Author: K-Dense-AI

Seguro 🔑 Variáveis de ambiente⚙️ Comandos externos📁 Acesso ao sistema de arquivos🌐 Acesso à rede

Analisar sequências biológicas com Biopython

Também disponível em: davila7

Processe sequências de DNA, RNA e proteínas de forma eficiente usando Biopython. Acesse bancos de dados NCBI programaticamente, realize alinhamentos de sequências e automatize pipelines de bioinformática complexos para aplicações de pesquisa.

Suporta: Claude Codex Code(CC)

📊 71 Adequado

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Ative e comece a usar

Testar

A utilizar "biopython". Ler um arquivo GenBank e打印 informações sobre cada registro

Resultado esperado:

ID do Registro: NC_001416
Descrição: Bacteriófago lambda de Escherichia coli, genoma completo
Comprimento da sequência: 48502 bp
Conteúdo de GC: 49,23%
Features: 73 total (genes, promoters, operators)

A utilizar "biopython". Pesquisar no PubMed por CRISPR e obter os primeiros 5 resultados

Resultado esperado:

Encontrados 15432 resultados para 'CRISPR'
PMIDs: 37253479, 37253478, 37253477, 37253476, 37253475
Primeiro resultado: Título, Autores, Informação do Periódico

Auditoria de Segurança

Seguro

v4 • 1/17/2026

All 546 static findings are FALSE POSITIVES. This skill contains only markdown documentation files with Python code examples for Biopython. The scanner misidentified markdown code block delimiters as shell commands, Biopython module names (Bio.Align, Bio.Phylo) as cryptographic algorithms, and documentation placeholders as real secrets. No executable code exists. This is a legitimate scientific documentation skill.

Arquivos analisados

3,743

Linhas analisadas

achados

Total de auditorias

Fatores de risco

🔑 Variáveis de ambiente (7)

evaluation_output.json:48 evaluation_output.json:188 references/databases.md:26 references/databases.md:26 skill-report.json:219 SKILL.md:59 SKILL.md:59

⚙️ Comandos externos (415)

📁 Acesso ao sistema de arquivos (6)

references/advanced.md:71 references/advanced.md:465 references/advanced.md:85 references/blast.md:28 references/blast.md:403 SKILL.md:343

🌐 Acesso à rede (8)

references/databases.md:35 references/databases.md:25 skill-report.json:219 skill-report.json:6 SKILL.md:409 SKILL.md:410 SKILL.md:411 SKILL.md:412

Auditado por: claude Ver Histórico de Auditoria →

Pontuação de qualidade

Arquitetura

Manutenibilidade

Conteúdo

Comunidade

100

Segurança

100

Conformidade com especificações

O Que Você Pode Construir

Processamento de sequências em lote

Processe arquivos FASTA grandes, calcule o conteúdo de GC, traduza sequências e prepare dados para análise posterior.

Construir pipelines de análise

Crie fluxos de trabalho automatizados para recuperação de sequências, alinhamento, filogenética e análise de resultados.

Aprender bioinformática

Explore operações de sequências, acesso a bancos de dados e bioinformática estrutural através de exemplos práticos.

Tente Estes Prompts

Ler arquivos de sequências

Mostre-me como ler um arquivo FASTA e extrair registros de sequências usando Bio.SeqIO.

Acesso a bancos de dados NCBI

Escreva código para pesquisar no PubMed usando Bio.Entrez e buscar os 10 primeiros resultados para uma consulta sobre proteína quinase.

Alinhamento de sequências

Realize um alinhamento global aos pares entre duas sequências de DNA usando Bio.Align e mostre-me a pontuação do alinhamento.

Estrutura de proteínas

Carregue um arquivo PDB e calcule a distância entre dois átomos de carbono alfa em uma cadeia de proteínas.

Melhores Práticas

Sempre defina Entrez.email ao acessar bancos de dados NCBI para cumprir sua política de uso
Use iteradores como SeqIO.parse() para arquivos grandes para evitar carregar tudo na memória
Armazene em cache sequências baixadas para evitar solicitações de rede redundantes e respeitar limites de taxa

Evitar

Não codifique chaves de API em scripts; use variáveis de ambiente
Não puse o tratamento de erros para operações de rede que podem falhar devido a problemas de conectividade
Não processe alinhamentos grandes sem verificar os requisitos de memória primeiro

Perguntas Frequentes

Quais formatos de arquivo o Biopython suporta?

FASTA, GenBank, FASTQ, EMBL, SwissProt, PDB, mmCIF, e muitos mais formatos de alinhamento.

Como acesso bancos de dados NCBI?

Use Bio.Entrez com seu email definido. Pesquise com esearch, busque com efetch, e analise resultados com Entrez.read.

O Biopython pode executar pesquisas BLAST locais?

Sim, mas requer NCBI BLAST+ instalado separadamente. Use Bio.Blast.Applications para execução via linha de comando.

Como calculo propriedades de sequências?

Use Bio.SeqUtils para conteúdo de GC, peso molecular, temperatura de fusão e análise de proteínas.

Qual é a diferença entre parse e read?

parse() retorna um iterador para múltiplos registros; read() espera exatamente um registro no arquivo.

Como lidar com limites de taxa com NCBI?

Defina Entrez.api_key para 10 solicitações por segundo, ou use 3 por segundo sem chave. Adicione atrasos entre solicitações.

Detalhes do Desenvolvedor

Autor

K-Dense-AI

Licença

BSD-3-Clause

Repositório

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/biopython

Referência

main

Estrutura de arquivos

📁 references/

📄 advanced.md

📄 alignment.md

📄 blast.md

📄 databases.md

📄 phylogenetics.md

📄 sequence_io.md

📄 structure.md

📄 evaluation_output.json

📄 SKILL.md