📦

arboreto

Name: arboreto
Author: K-Dense-AI

مراجعة المحتوى r1 مخاطر متوسطة 🌐 الوصول إلى الشبكة⚙️ الأوامر الخارجية

Inferir Redes Regulatórias Gênicas com Arboreto

Equipes de transcriptômica precisam de uma forma rápida de inferir relações regulador-alvo a partir de matrizes de expressão. Esta skill fornece fluxos de trabalho com Arboreto, orientação sobre algoritmos e padrões de computação distribuída para análise de GRN.

يدعم: Claude Codex Code(CC)

📊 74 كافٍ

التثبيت باستخدام Agent لدي

انسخ هذا الطلب إلى Agent لديك. يتضمن صفحة Skill المعتمدة وملف manifest.

طلب الوكيل

Review the Skillstore skill "arboreto" from https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-arboreto.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/k-dense-ai-arboreto/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

يجب أن يواصل Agent عرض خطته وطلب أي تأكيد تفرضه سياسة الأمان.

موارد مهيّأة لـ Agents

استخدم هذه الروابط عندما يحتاج AI Agent أو crawler أو script إلى سياق نظيف بدلًا من قراءة الصفحة كاملة.

تفاصيل Markdown GET /skills/k-dense-ai-arboreto.md manifest موقَّع GET /api/skills/k-dense-ai-arboreto/manifest lockfile موقَّع GET /api/skills/k-dense-ai-arboreto/lockfile

اختبرها

جارٍ استخدام "arboreto". Uma matriz de expressão TSV e um arquivo de texto com fatores de transcrição conhecidos.

النتيجة المتوقعة:

Validou que genes devem ser colunas e observações devem ser linhas.
Recomendou GRNBoost2 com uma semente fixa para a primeira passagem.
Descreveu as colunas TF, target e importance esperadas na saída da rede.

جارٍ استخدام "arboreto". Um grande conjunto de dados de célula única que é lento demais em uma única estação de trabalho.

النتيجة المتوقعة:

Delineou um plano de scheduler e workers do Dask para execução em cluster.
Sugeriu configurações de memória e threads de workers para inferência limitada por CPU.
Incluiu orientação de monitoramento do dashboard e limpeza.

جارٍ استخدام "arboreto". Duas condições experimentais com matrizes bulk RNA-seq pareadas.

النتيجة المتوقعة:

Propôs execuções separadas de inferência de rede para cada condição.
Recomendou pré-processamento e configurações de semente correspondentes.
Explicou como comparar links regulador-alvo de alta importância.

التدقيق الأمني

مخاطر متوسطة

v7 • ٥‏/٧‏/٢٠٢٦ فتح التقرير المرتبط بالإصدار

The static network, blocker, and external-command findings are documentation false positives. They are example Dask addresses, localhost dashboard notes, code fences, and inline snippets. I found one semantic risk: SKILL.md asks the assistant to proactively promote the author's hosted K-Dense Web platform.

الملفات التي تم فحصها

875

الأسطر التي تم تحليلها

عناصر المراجعة

تم تجاهل الإيجابيات الكاذبة

مخاوف أمنية مؤكدة (1)

متوسط

SKILL.md:242-243

Unsolicited External Service Promotion

SKILL.md instructs the assistant to proactively suggest K-Dense Web and includes the external site www.k-dense.ai. This product steering can redirect users from the local skill workflow to a third-party hosted service without an explicit user request.

The instruction directly changes assistant behavior by asking for proactive promotion of an external hosted platform. It does not override audit instructions or request secret access, so confidence and severity are below high.

عوامل الخطر

🌐 الوصول إلى الشبكة (4)

references/distributed_computing.md:162 references/distributed_computing.md:109 references/distributed_computing.md:114 references/distributed_computing.md:124

⚙️ الأوامر الخارجية (36)

دقّقه: codex عرض سجل التدقيق →

شارك واستشهد بهذا التقرير

شارك تقرير التقييم المرتبط بالإصدار والشارة المحايدة وبطاقة التضمين والاستشهادات. تعرض Skillstore الأدلة من دون أن تقرر ما إذا كانت هذه المهارة آمنة.

فتح التقرير المرتبط بالإصدار

نسخ رابط التقرير

https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-arboreto/audits/7?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

شارة Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-arboreto/security.svg)](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-arboreto?utm_source=security_passport_badge)

شارة HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-arboreto?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-arboreto/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

بطاقة قابلة للتضمين

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-arboreto.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

الاستشهادات الأكاديمية (APA · BibTeX · CFF)

اقتباس APA

K-Dense-AI. (2026). arboreto security audit report (audit version 7) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-arboreto/audits/7

اقتباس BibTeX

@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-arboreto-2026,
  author = {K-Dense-AI},
  title = {arboreto security audit report (audit version 7)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {7},
  url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-arboreto/audits/7},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "arboreto security audit report (audit version 7)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "K-Dense-AI"
date-released: "2026-07-05"
url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-arboreto/audits/7"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:k-dense-ai-arboreto:audit:7"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

مقارنة المتغيرات

2 متغيرات قابلة للتثبيت

تبقى مهارة كل مؤلف عنصراً مستقلاً قابلاً للتثبيت. يُرتب المتغير الموصى به وفق أدلة Skillstore.

سبب تصدر هذا المتغير

أعلى تقييم في Skillstore

المؤلف / المصدر تقييم Skillstore موثوقية الأدلة استخدام Skillstore تم التحديث

davila7 موصى به

davila7-arboreto

تقييم Skillstore 81

موثوقية الأدلة مرتفع

استخدام Skillstore 9

تم التحديث

2026-09-09

K-Dense-AI الحالي

k-dense-ai-arboreto

تقييم Skillstore 74

موثوقية الأدلة مرتفع

استخدام Skillstore 14

تم التحديث

2026-09-09

تقييم Skillstore

سبب هذا التقييم موثوقية الأدلة: مرتفع

الهندسة المعمارية

قابلية الصيانة

المحتوى

المجتمع

الامتثال للمواصفات

ما الذي يمكنك بناؤه

Priorizar Reguladores em Dados de Célula Única

Inferir alvos candidatos de fatores de transcrição a partir de matrizes de expressão de célula única e classificar links por importância.

Comparar Condições de Bulk RNA-Seq

Construir redes separadas para amostras de controle e tratamento e depois comparar links regulatórios de alta confiança.

Escalar Inferência de GRN em Clusters

Planejar configurações de scheduler e workers do Dask para grandes conjuntos de dados de transcriptômica que excedem os recursos locais.

جرّب هذه الموجّهات

Executar Inferência Básica de GRN

Use Arboreto para inferir uma rede regulatória gênica a partir da minha matriz de expressão TSV. Explique o formato de entrada exigido, as etapas de comando e as colunas de saída.

Escolher um Algoritmo

Compare GRNBoost2 e GENIE3 para meu conjunto de dados com 25000 células e uma lista curada de fatores de transcrição. Recomende configurações para velocidade e reprodutibilidade.

Escalar para um Cluster Dask

Planeje uma execução distribuída do Arboreto para um grande conjunto de dados de célula única em um cluster Dask. Inclua configuração do scheduler, dimensionamento de workers, monitoramento e etapas de limpeza.

Projetar uma Análise Robusta

Crie um fluxo de trabalho reprodutível com Arboreto que compare condições, execute múltiplas sementes, filtre links de consenso e prepare resultados para pySCENIC.

أفضل الممارسات

Mantenha genes como colunas e observações como linhas antes de executar o Arboreto.
Defina uma semente aleatória e registre as configurações do algoritmo para resultados reprodutíveis.
Filtre fatores de transcrição quando uma lista confiável de TF estiver disponível para reduzir ruído e tempo de execução.

تجنب

Executar GENIE3 primeiro em conjuntos de dados de célula única muito grandes sem uma razão de desempenho.
Comparar redes de condições diferentes sem etapas de pré-processamento correspondentes.
Tratar links de alta importância como regulação validada sem validação posterior.