技能 busco-phylogeny

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busco-phylogeny

Name: busco-phylogeny
Author: brunoasm

安全 ⚙️ 外部命令📁 文件系统访问🌐 网络访问

Gerar filogenias a partir de assemblies genômicos

A construção de árvores filogenéticas a partir de múltiplos assemblies genômicos requer fluxos de trabalho complexos com muitas ferramentas. Esta skill gera scripts prontos para execução, com suporte a agendadores de tarefas, para o pipeline completo de filogenômica baseado em BUSCO.

支持: Claude Codex Code(CC)

🥈 77 白银

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开启并开始使用

测试它

正在使用“busco-phylogeny”。 I need to generate a phylogeny from 15 insect genome assemblies on a SLURM cluster

预期结果:

Script de configuração para ambiente conda com todas as ferramentas necessárias
Perguntas sobre conjunto de dados de linhagem, alocação de CPU e método de corte
Scripts para Passo 2 (compleasm), Passo 5 (MAFFT), Passo 6 (corte), Passo 8 (IQ-TREE e ASTRAL)
Modelo de parágrafo de métodos com citações
Recomendações de controle de qualidade para resultados BUSCO

正在使用“busco-phylogeny”。 Download genomes from NCBI BioProject PRJNA12345 and build a plant phylogeny

预期结果:

Comando para baixar genomas usando a CLI do NCBI datasets
Script para renomear arquivos baixados com nomes de espécies
Fluxo de trabalho passo a passo de BUSCO até árvore de espécies final
Scripts de trabalho array SLURM prontos para submissão

安全审计

安全

v4 • 1/16/2026

Legitimate phylogenomics workflow generator. All 1005 static findings are FALSE POSITIVES representing standard bioinformatics practices: external tool invocations (compleasm, MAFFT, IQ-TREE, ASTRAL), NCBI API access, and filesystem operations for genome assembly processing. Author is Bruno de Medeiros (Field Museum). No malicious intent detected.

已扫描文件

9,591

分析行数

发现项

审计总数

风险因素

⚙️ 外部命令 (4)

scripts/download_ncbi_genomes.py:28-34 scripts/query_ncbi_assemblies.py:52-56 scripts/run_aliscore.sh:29-234 SKILL.md:23-604

📁 文件系统访问 (3)

README.md:148-163 references/REFERENCE.md:518-2204 templates/slurm/02_compleasm_first.job:1-20

🌐 网络访问 (2)

references/REFERENCE.md:614-655 scripts/download_ncbi_genomes.py:1-50

审计者: claude 查看审计历史 →

质量评分

架构

100

可维护性

内容

社区

100

安全

规范符合性

你能构建什么

Construir filogenias de espécies

Gerar árvores filogenéticas a partir de assemblies genômicos para estudos evolutivos publicados.

Automatizar pipelines de filogenômica

Criar fluxos de trabalho reproduzíveis para extração de ortólogos, alinhamento e inferência de árvores.

Aprender fluxos de trabalho de filogenômica

Seguir orientação passo a passo através do pipeline completo de análise baseado em BUSCO.

试试这些提示

Solicitação básica de filogenia

I need to generate a phylogeny from 20 genome assemblies on a SLURM cluster

Download de genomas do NCBI

Help me find and download beetle genome assemblies from NCBI by taxon name

Fluxo de trabalho personalizado

Generate scripts for a PBS cluster with 48 cores using Aliscore trimming and Q.insect model

Validação de qualidade

Validate the generated scripts and provide quality control recommendations for the BUSCO results

最佳实践

Use assemblies RefSeq (GCF_*) quando disponíveis para dados de referência de maior qualidade
Comece com a configuração do Passo 0 para instalar todas as ferramentas necessárias em um ambiente conda unificado
Valide todos os scripts gerados antes de executá-los no seu cluster de computação

避免

Não execute scripts sem validar as opções de linha de comando primeiro
Evite pular o controle de qualidade - avalie a completude BUSCO antes de prosseguir para o alinhamento
Não use a mesma alocação de CPU para todos os passos - o primeiro trabalho de compleasm precisa de recursos completos para download do banco de dados