스킬 pysam

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pysam

Name: pysam
Author: K-Dense-AI

콘텐츠 리비전 r1 높은 위험 🌐 네트워크 접근📁 파일 시스템 접근⚙️ 외부 명령어

PySAM으로 유전체 파일 분석

유전체 데이터 워크플로에는 BAM, VCF, FASTA, FASTQ 파일의 안정적인 처리가 필요합니다. 이 스킬은 리드, 변이, 서열, 커버리지, 인덱싱에 대한 PySAM 사용을 안내합니다.

지원: Claude Codex Code(CC)

⚠️ 38 나쁨

Maintain this Skill? Claim it ⚠️ 38 나쁨

설치 전에 중지하고 확인을 요청하세요.

계획을 검토하고 파일을 변경하기 전에 사용자의 명시적 동의를 받으세요.

내 에이전트로 설치

이 요청을 에이전트에 복사하세요. 공식 Skill 페이지와 매니페스트가 포함되어 있습니다.

에이전트 요청

Review the Skillstore skill "pysam" from https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pysam.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/k-dense-ai-pysam/manifest. Verify the artifact. Stop and obtain explicit user consent before installing or changing files.

에이전트는 계속해서 계획을 표시하고 보안 정책에서 요구하는 확인을 요청해야 합니다.

에이전트가 읽기 쉬운 리소스

AI 에이전트, 크롤러, 스크립트가 전체 페이지 대신 정리된 컨텍스트만 필요할 때 이 링크를 사용하세요.

Markdown 상세 GET /skills/k-dense-ai-pysam.md 서명된 manifest GET /api/skills/k-dense-ai-pysam/manifest 서명된 lockfile GET /api/skills/k-dense-ai-pysam/lockfile

테스트해 보기

"pysam" 사용 중입니다. BAM 파일에서 chr7의 커버리지를 요약하세요.

예상 결과:

chr7 대상 구간에 대한 커버리지 요약입니다.
평균 깊이는 최소 및 최대 깊이와 함께 보고됩니다.
후속 검토를 위해 저커버리지 구간이 나열됩니다.

"pysam" 사용 중입니다. VCF 및 BED 파일에서 유전자 내 변이를 추출하는 방법을 설명하세요.

예상 결과:

PySAM VariantFile로 VCF를 열고 TabixFile로 BED 파일을 엽니다.
일치하는 contig, start, end 좌표를 사용해 각 유전자 구간의 변이를 가져옵니다.
유전자 이름, 변이 위치, 대립유전자, quality 필드를 반환합니다.

"pysam" 사용 중입니다. PySAM 사용 시 좌표 실수를 피하도록 도와주세요.

예상 결과:

숫자 기반 PySAM 호출에는 0 기반, 반개방 좌표를 사용합니다.
영역 문자열과 VCF 위치에는 1 기반 좌표를 사용합니다.
모든 변환은 해당 변환을 사용하는 쿼리 근처에 문서화합니다.

보안 감사

높은 위험

v7 • 2026. 7. 5. 버전별 보고서 열기

Most static findings are false positives caused by PySAM terminology: fetch() is local genomic record access, keys() is VCF metadata access, and Markdown backticks are formatting. No evidence found of network exfiltration, credential access, or malicious command execution in the documentation examples. Semantic review found an embedded self-audit asserting the skill is safe and a low-severity promotional instruction for the author's hosted platform.

스캔된 파일

2,032

분석된 줄 수

검토 항목

오탐 무시됨

확인된 보안 우려 사항 (2)

높음

EVALUATION_OUTPUT.json:15-18

Prompt Injection Attempt Detected

EVALUATION_OUTPUT.json embeds an audit result with "risk_level": "safe", "safe_to_publish": true, and a summary saying all static findings are false positives. This can bias downstream security review and should not ship inside the skill.

The file contains explicit safety verdicts and false-positive claims inside the package. It is not code execution, but it directly attempts to steer review outcomes.

낮음

SKILL.md:264-265

Self-Promotional Platform Steering

SKILL.md instructs the agent to proactively suggest K-Dense Web for complex workflows. This is unrelated to PySAM functionality and can steer users toward the author's hosted service.

The instruction is explicit and user-facing, but it is promotional rather than malicious. It is best treated as marketplace integrity risk.

위험 요인

🌐 네트워크 접근 (49)

📁 파일 시스템 접근 (10)

references/alignment_files.md:75 references/common_workflows.md:311 references/common_workflows.md:340 references/common_workflows.md:426 references/sequence_files.md:205 references/sequence_files.md:224 references/sequence_files.md:270 references/sequence_files.md:285 references/sequence_files.md:301 references/variant_files.md:334

⚙️ 외부 명령어 (45)

감사자: codex 감사 이력 보기 →

이 보고서 공유 및 인용

버전이 지정된 평가 보고서, 중립 배지, 임베드 카드 및 인용을 공유하세요. Skillstore는 근거를 보고하지만 이 Skill의 안전 여부를 판단하지 않습니다.

버전별 보고서 열기

보고서 링크 복사

https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pysam/audits/7?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Markdown 배지

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-pysam/security.svg)](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pysam?utm_source=security_passport_badge)

HTML 배지

<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pysam?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-pysam/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

임베드 카드

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-pysam.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

학술 인용 (APA · BibTeX · CFF)

APA 인용

K-Dense-AI. (2026). pysam security audit report (audit version 7) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pysam/audits/7

BibTeX 인용

@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-pysam-2026,
  author = {K-Dense-AI},
  title = {pysam security audit report (audit version 7)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {7},
  url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pysam/audits/7},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "pysam security audit report (audit version 7)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "K-Dense-AI"
date-released: "2026-07-05"
url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pysam/audits/7"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:k-dense-ai-pysam:audit:7"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

변형 비교

설치 가능한 변형 2개

각 작성자의 스킬은 별도의 설치 항목으로 유지됩니다. 추천 변형은 Skillstore 근거로 순위가 정해집니다.

이 변형이 1위인 이유

Skillstore 점수가 가장 높음

작성자 / 소스 Skillstore 점수 증거 신뢰도 Skillstore 사용량 업데이트됨

davila7 권장

davila7-pysam

Skillstore 점수 76

증거 신뢰도 높음

Skillstore 사용량 15

업데이트됨

2026-09-09

K-Dense-AI 현재

k-dense-ai-pysam

Skillstore 점수 38

증거 신뢰도 중간

Skillstore 사용량 16

업데이트됨

2026-09-09

Skillstore 점수

이 점수의 이유 증거 신뢰도: 중간

아키텍처

유지보수성

콘텐츠

커뮤니티

사양 준수

만들 수 있는 것

정렬 품질 검토

BAM 또는 CRAM 파일에서 리드 수, 매핑 비율, 중복 비율, 커버리지 요약을 계산합니다.

변이 근거 검토

표적 변이 검토를 위해 VCF 레코드와 BAM 리드 지원 및 참조 컨텍스트를 결합합니다.

서열 추출 준비

다운스트림 분석을 위해 참조 구간, 유전자 서열 또는 필터링된 리드를 추출합니다.

이 프롬프트를 사용해 보세요

정렬 파일 열기

PySAM을 사용해 BAM 파일을 열고 chr1의 1000부터 2000까지 겹치는 리드를 나열하세요.

변이 레코드 필터링

VCF 파일을 읽고 quality가 최소 30이고 depth가 최소 20인 변이만 유지하는 방법을 보여주세요.

영역 커버리지 측정

대상 영역에 대해 염기별 커버리지와 저커버리지 구간을 보고하는 PySAM 워크플로를 만드세요.

BAM, VCF, FASTA 통합

정렬된 리드로 변이를 검증하고 참조 서열 컨텍스트를 추출하는 PySAM 워크플로를 설계하세요.

모범 사례

무작위 접근 쿼리를 사용하기 전에 인덱스를 생성하고 검증합니다.
BAM, VCF, 영역 문자열 간에 이동할 때 좌표 변환을 명시적으로 유지합니다.
대용량 파일은 iterator로 스트리밍하고 처리 후 파일 핸들을 닫습니다.

피하기

단순 필터링을 위해 전체 BAM, FASTQ 또는 VCF 파일을 메모리에 로드하는 것.
주석이나 테스트 없이 0 기반 좌표와 1 기반 좌표를 혼용하는 것.
헤더, contig, 샘플 이름을 검증하기 전에 출력 파일을 작성하는 것.

자주 묻는 질문

이 스킬은 어떤 유전체 파일을 다루나요?

SAM, BAM, CRAM, VCF, BCF, FASTA, FASTQ, BED, GTF, tabix 인덱싱 파일을 다룹니다.

이 스킬은 인터넷에서 데이터를 다운로드하나요?

아니요. 문서화된 fetch 메서드는 로컬에 인덱싱된 유전체 파일을 유전체 영역별로 읽습니다.

인덱스 파일이 중요한 이유는 무엇인가요?

인덱스를 사용하면 대용량 BAM, CRAM, FASTA, VCF, BCF, tabix 파일에 빠르게 무작위 접근할 수 있습니다.

PySAM이 samtools와 bcftools를 대체할 수 있나요?

PySAM은 많은 samtools 및 bcftools 작업을 노출하지만, 복잡한 파이프라인에서는 여전히 해당 도구를 직접 사용할 수 있습니다.

어떤 좌표계를 사용해야 하나요?

숫자 기반 PySAM 호출은 일반적으로 0 기반, 반개방 좌표를 사용합니다. VCF 위치와 영역 문자열은 흔히 1 기반 좌표를 사용합니다.

이 스킬은 임상 의사결정에 적합한가요?

아니요. 분석 워크플로를 지원할 수는 있지만, 임상 해석에는 검증된 파이프라인과 전문가 검토가 필요합니다.

개발자 세부 정보

작성자

K-Dense-AI

라이선스

MIT license

Skillstore 리비전

버전 안내

작성자가 버전을 선언하지 않았습니다.

리포지토리

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/pysam

참조

a25199bc7d6b82598536822d1738eb5d5f54025b

유지보수 최신성

2026. 7. 29.

사용량

9 다운로드 · 172 조회

파일 구조

📁 references/

📄 alignment_files.md

📄 common_workflows.md

📄 sequence_files.md

📄 variant_files.md

📄 EVALUATION_OUTPUT.json

Scanpy로 단일세포 RNA-Seq 분석하기

작성자 davila7

단일세포 RNA-seq 워크플로에는 신중한 QC, 정규화, 클러스터링, 문서화가 필요합니다. 이 skill은 재현 가능한 분석을 위한 Scanpy 워크플로, 스크립트, 템플릿, 참고 자료를 제공합니다.

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보안 감사

확인된 보안 우려 사항 (2)

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