스킬 pdb-database
🧬
RCSB 단백질 데이터 뱅크에 접근하여 단백질과 핵산의 3D 구조를 검색하고 다운로드합니다. 이 스킬은 20만 개 이상의 실험적으로 결정되고 전산적으로 모델링된 분자 구조에 대한 프로그래밍 방식의 접근을 제공하여 구조생물학 연구, 약물 발견 및 단백질 엔지니어링을 가능하게 합니다.
지원: Claude Codex Code(CC)
1
스킬 ZIP 다운로드
2
Claude에서 업로드
설정 → 기능 → 스킬 → 스킬 업로드로 이동
3
토글을 켜고 사용 시작
테스트해 보기
"pdb-database" 사용 중입니다. 인간 헤모글로빈과 유사한 구조 찾기
예상 결과:
- 5개의 유사한 구조를 찾았습니다:
- - 4HHB - 헤모글로빈 (1.74 Å, X-RAY DIFFRACTION, Homo sapiens)
- - 1HHO - 헤모글로빈 (2.10 Å, X-RAY DIFFRACTION, Pan troglodytes)
- - 1A3N - 헤모글로빈 (2.50 Å, X-RAY DIFFRACTION, Equus caballus)
- 해상도 범위: 1.74 - 3.20 Å
보안 감사
안전v4 • 1/17/2026
This is a legitimate scientific skill for accessing the public RCSB Protein Data Bank. All 232 static findings are false positives. The scanner misinterpreted markdown inline code formatting (backticks) as Ruby shell execution, protein amino acid sequences as Windows SAM database, generic substrings as cryptographic algorithms, and public scientific API endpoints as network threats.
2
스캔된 파일
927
분석된 줄 수
3
발견 사항
4
총 감사 수
위험 요인
⚙️ 외부 명령어 (115)
evaluation_result.json:21 evaluation_result.json:30 references/api_reference.md:602 references/api_reference.md:32 references/api_reference.md:35-37 references/api_reference.md:37-40 references/api_reference.md:40-42 references/api_reference.md:42-45 references/api_reference.md:45-47 references/api_reference.md:47-50 references/api_reference.md:50-59 references/api_reference.md:59-63 references/api_reference.md:63-68 references/api_reference.md:68-88 references/api_reference.md:88-91 references/api_reference.md:91-118 references/api_reference.md:118-123 references/api_reference.md:123-124 references/api_reference.md:124-125 references/api_reference.md:125-126 references/api_reference.md:126-127 references/api_reference.md:127-128 references/api_reference.md:128-131 references/api_reference.md:131-132 references/api_reference.md:132-133 references/api_reference.md:133-134 references/api_reference.md:134-137 references/api_reference.md:137-138 references/api_reference.md:138-158 references/api_reference.md:158-159 references/api_reference.md:159-160 references/api_reference.md:160-161 references/api_reference.md:161-162 references/api_reference.md:162-163 references/api_reference.md:163-164 references/api_reference.md:164-165 references/api_reference.md:165-166 references/api_reference.md:166-167 references/api_reference.md:167-168 references/api_reference.md:168-173 references/api_reference.md:173-183 references/api_reference.md:183-186 references/api_reference.md:186-194 references/api_reference.md:194-197 references/api_reference.md:197-205 references/api_reference.md:205-208 references/api_reference.md:208-216 references/api_reference.md:216-219 references/api_reference.md:219-228 references/api_reference.md:228-234 references/api_reference.md:234-251 references/api_reference.md:251-257 references/api_reference.md:257-279 references/api_reference.md:279-285 references/api_reference.md:285-334 references/api_reference.md:334-340 references/api_reference.md:340-355 references/api_reference.md:355-362 references/api_reference.md:362-364 references/api_reference.md:364-367 references/api_reference.md:367-369 references/api_reference.md:369-372 references/api_reference.md:372-374 references/api_reference.md:374-377 references/api_reference.md:377-380 references/api_reference.md:380-383 references/api_reference.md:383-385 references/api_reference.md:385-389 references/api_reference.md:389-418 references/api_reference.md:418-431 references/api_reference.md:431-459 references/api_reference.md:459-469 references/api_reference.md:469-498 references/api_reference.md:498-504 references/api_reference.md:504-517 references/api_reference.md:517-521 references/api_reference.md:521-540 references/api_reference.md:540-544 references/api_reference.md:544-561 references/api_reference.md:561-589 references/api_reference.md:589-608 skill-report.json:862 skill-report.json:863 SKILL.md:31-36 SKILL.md:36-39 SKILL.md:39-50 SKILL.md:50-53 SKILL.md:53-62 SKILL.md:62-65 SKILL.md:65-73 SKILL.md:73-76 SKILL.md:76-93 SKILL.md:93-100 SKILL.md:100-107 SKILL.md:107-110 SKILL.md:110-114 SKILL.md:114-117 SKILL.md:117-138 SKILL.md:138-145 SKILL.md:145-146 SKILL.md:146-148 SKILL.md:148-151 SKILL.md:151-167 SKILL.md:167-175 SKILL.md:175-187 SKILL.md:187-190 SKILL.md:190-203 SKILL.md:203-209 SKILL.md:209-231 SKILL.md:231-237 SKILL.md:237-243 SKILL.md:243-245 SKILL.md:245 SKILL.md:245 SKILL.md:245-287
🌐 네트워크 접근 (49)
evaluation_result.json:178 evaluation_result.json:42 references/api_reference.md:490 references/api_reference.md:113 references/api_reference.md:404 references/api_reference.md:447 references/api_reference.md:32 references/api_reference.md:36 references/api_reference.md:41 references/api_reference.md:46 references/api_reference.md:52 references/api_reference.md:55 references/api_reference.md:58 references/api_reference.md:63 references/api_reference.md:114 references/api_reference.md:363 references/api_reference.md:368 references/api_reference.md:373 references/api_reference.md:378 references/api_reference.md:379 references/api_reference.md:384 references/api_reference.md:401 references/api_reference.md:603 references/api_reference.md:612 references/api_reference.md:613 references/api_reference.md:614 references/api_reference.md:615 references/api_reference.md:616 references/api_reference.md:617 skill-report.json:1978 skill-report.json:6 SKILL.md:104 SKILL.md:112 SKILL.md:137 SKILL.md:194 SKILL.md:217 SKILL.md:158 SKILL.md:164 SKILL.md:145 SKILL.md:146 SKILL.md:148 SKILL.md:157 SKILL.md:163 SKILL.md:301 SKILL.md:302 SKILL.md:303 SKILL.md:304 SKILL.md:305 SKILL.md:306
📁 파일 시스템 액세스 (3)
감사자: claude 감사 이력 보기 →
품질 점수
41
아키텍처
100
유지보수성
81
콘텐츠
21
커뮤니티
100
보안
83
사양 준수
만들 수 있는 것
약물-타겟 복합체 찾기
결합 부위를 이해하고 새로운 치료제를 설계하기 위해 단백질-리간드 복합체를 검색합니다.
돌연볧 구조 비교
상동 구조를 찾아 단백질 설계를 위한 서열-구조 관계를 분석합니다.
분석을 위한 구조 다운로드
전산 분석, 시각화 및 구조 기반 연구를 위해 3D 좌표를 검색합니다.
이 프롬프트를 사용해 보세요
기본 구조 검색
헤모글로빈에 대한 PDB 항목을 찾고 해상도와 실험 방법을 알려주세요.
서열 검색
다음과 유사한 서열을 가진 단백질을 찾으세요: MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVID
품질 필터링
X선 결정학으로 결정된 2.0 옹스트롬 미만의 해상도를 가진 모든 인간 단백질 구조를 찾으세요.
배치 다운로드
항목 4HHB, 1MBN 및 1GZX에 대한 PDB 파일을 mmCIF 형식으로 다운로드하세요.
모범 사례
- PDB ID를 먼저 얻기 위해 검색 API를 사용한 다음 상세 데이터를 가져와 API 호출을 최소화하세요.
- 요청 사이에 지연을 두고 레이트 제한을 구현하여 API 제한을 피하세요.
- 자주 접근하는 데이터를 로컬에 캐시하여 중복 네트워크 요청을 줄이세요.
피하기
- 지연 없이 루프에서 개별 API 호출을 수행 - 이것은 레이트 제한을 트리거합니다.
- 특정 항목만 필요한 경우 전체 데이터베이스를 다운로드합니다.
- 데이터 처리 전에 API 응답 상태 코드를 확인하지 않습니다.
자주 묻는 질문
PDB와 mmCIF 형식의 차이점은 무엇인가요?
PDB는 열 제약이 있는 레거시 텍스트 형식입니다. mmCIF는 더 큰 구조와 더 많은 메타데이터를 처리하는 현대적인 표준입니다.
다운로드한 구조 파일을 어떻게 파싱합니까?
PDB 파일에는 BioPython의 PDBParser를, mmCIF 형식에는 mmCIF 파서를 사용하세요. 둘 다 원자와 잔차를 반복할 수 있습니다.
결정 구조에 대한 좋은 해상도는 무엇입니까?
고해상도 구조는 2.0 Å 미만입니다. 2.0-3.0 Å 사이의 구조는 중간 품질입니다. 3.0 Å 이상은 낮은 해상도입니다.
단백질 서열로 어떻게 검색합니까?
아미노산 서열로 SequenceQuery를 사용하세요. evalue_cutoff 및 identity_cutoff를 설정하여 유사도로 결과를 필터링합니다.
생물학적 조립체란 무엇입니까?
생물학적 조립체는 거대분자의 기능을 나타내는 형태로, 결정학적 비대칭 단위와 다를 수 있습니다.
리간드 결합 구조를 검색할 수 있습니까?
네, rcsb_nonpolymer_entity_instance_container_identifiers.comp_id와 함께 AttributeQuery를 사용하여 ATP나 헴과 같은 특정 리간드를 포함하는 구조를 찾으세요.
개발자 세부 정보
작성자
K-Dense-AI라이선스
MIT
리포지토리
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/pdb-database참조
main
파일 구조