gget는 간단한 CLI 또는 Python 인터페이스를 통해 20개 이상의 유전체 데이터베이스에 통합된 액세스를 제공합니다. 여러 API 연결을 관리하지 않고도 유전자 정보를 조회하고, 서열을 검색하며, BLAST 검색을 수행하고, enrichment 분석을 실행할 수 있습니다.
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"gget" 사용 중입니다. 인간에서 BRCA1 유전자 검색
예상 결과:
- 발견됨: ENSG00000012048 (BRCA1)
- 설명: BRCA1 DNA 손치_assoc
- UniProt ID: P38398
- 염색체: 17q21.31
- 생물형: 단백질 코딩
"gget" 사용 중입니다. ACE2의 조직 발현 얻기
예상 결과:
- 신장: 중간 발현 245.3
- 고환: 중간 발현 189.7
- 소장: 중간 발현 156.2
- 방광: 중간 발현 98.4
보안 감사
안전This is legitimate bioinformatics software. All 614 static findings are false positives: markdown code fences were misidentified as Ruby shell execution, hardcoded URLs are public genomic databases (Ensembl, UniProt, NCBI), cryptographic patterns are data integrity checksums, and the critical heuristic is standard bioinformatics behavior (network queries to public APIs + local file operations for results).
위험 요인
품질 점수
만들 수 있는 것
빠른 유전자 조회
연구 탐색 중 Ensembl, UniProt, NCBI에서 유전자 정보, 서열 및 주석을 빠르게 검색합니다.
Enrichment 분석
유전자 목록에 대해 유전자 온톨로지 및 경로 enrichment를 실행하여 생물학적 패턴 및 기능적 연관성을 식별합니다.
서열 비교
서열 분석 및 비교 작업을 위해 BLAST 검색을 수행하고 단백질 구조를 검색합니다.
이 프롬프트를 사용해 보세요
gget를 사용하여 인간에서 TP53 유전자를 검색하고 Ensembl ID, 설명 및 UniProt ID를 반환합니다.
gget를 사용하여 Ensembl 유전자 ENSG00000139618의 뉴클레오티드 및 단백질 서열을 FASTA 형식으로 검색합니다.
gget를 사용하여 'MSEQWKAVLFPLLLAAATSL...'과 유사한 서열을 찾기 위해 BLAST 검색을 실행합니다. nr 데이터베이스를 사용하고 상위 5개 결과를 반환합니다.
gget enrichr를 사용하여 유전자 목록 ['TP53', 'BRCA1', 'MDM2', 'CDKN1A']에 대해 KEGG Pathways 데이터베이스를 대상으로 enrichment를 실행하고 상위 10개 enrichment 항목을 표시합니다.
모범 사례
- 변경되는 데이터베이스 구조에 맞게 gget를 업데이트된 상태로 유지
- CLI 출력을 단순화하려면 -csv 플래그 사용
- 서버 타임아웃 오류를 피하기 위해 대규모 쿼리 제한
피하기
- 속도 제한 없이 수천 개의 쿼리 실행
- 재현 가능한 워크플로에서 출시되지 않은 데이터베이스 버전 사용
- 다운스트림 분석이 데이터 품질에 의존할 때 결과 검증 건너뛰기