스킬 ena-database

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ena-database

Name: ena-database
Author: K-Dense-AI

낮은 위험 🌐 네트워크 접근📁 파일 시스템 액세스

유럽 뉴클레오타이드 아카이브 쿼리

또한 다음에서 사용할 수 있습니다: davila7

연구자들은 분석을 위해 유전체 데이터에 효율적으로 접근해야 합니다. 이 스킬은 REST API와 FTP를 통해 ENA에 프로그래밍 방식으로 접근하여 접근 번호로 DNA/RNA 서열, FASTQ 파일 및 유전체 어셈블리를 검색할 수 있도록 합니다.

지원: Claude Codex Code(CC)

⚠️ 66 나쁨

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토글을 켜고 사용 시작

테스트해 보기

"ena-database" 사용 중입니다. 어셈블리 레벨이 chromosome인 SARS-CoV-2 어셈블리 찾기

예상 결과:

Found 5 assemblies matching criteria:
- ERR1234567: Complete Genome (MN908947.3)
- ERR2345678: Complete Genome (MW123456.1)
- ERR3456789: Assembly Level: chromosome

Access the sequences at: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/api/xml/[ACCESSION]

"ena-database" 사용 중입니다. Escherichia coli의 분류 정보 가져오기

예상 결과:

Taxonomy ID: 562
Scientific Name: Escherichia coli
Lineage: Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Enterobacteriaceae; Escherichia
Rank: Species

"ena-database" 사용 중입니다. 연구 PRJEB12345에서 RNA-seq 실험 검색

예상 결과:

Found 12 RNA-seq experiments:
- ERX123456: Paired-end, ILLUMINA
- ERX123457: Single-end, ILLUMINA
- ERX123458: Paired-end, BGI

Run accessions available for FASTQ download.

보안 감사

낮은 위험

v5 • 1/21/2026

This is a legitimate bioinformatics data access skill for querying the European Nucleotide Archive. All static findings are false positives. The 'external_commands' detections are backtick characters in documentation examples, not shell execution. 'Network' findings are HTTP requests to public ENA APIs (www.ebi.ac.uk). Critical/high severity flags (SAM database, C2 keywords, weak crypto) match generic terms in documentation (sample=sam, MD5/SHA1 for checksums). No actual security risks present.

스캔된 파일

3,646

분석된 줄 수

발견 사항

총 감사 수

위험 요인

🌐 네트워크 접근 (2)

SKILL.md:57-72 references/api_reference.md:7-9

📁 파일 시스템 액세스 (1)

SKILL.md:120-124

감사자: claude 감사 이력 보기 →

품질 점수

아키텍처

유지보수성

콘텐츠

커뮤니티

보안

사양 준수

만들 수 있는 것

분석을 위한 시퀀싱 데이터 검색

다운스트림 생물정보학 분석 파이프라인을 위해 접근 번호로 원시 FASTQ 파일과 유전체 어셈블리를 다운로드합니다.

연구 또는 유기체별 데이터셋 검색

ENA Portal API를 쿼리하여 특정 연구 또는 분류학적 분류와 관련된 모든 샘플, 실행 또는 어셈블리를 찾습니다.

재현 가능한 연구 워크플로우 구축

재현 가능한 유전체학 연구를 위해 특정 접근 번호를 가져오고 인용하는 자동화된 파이프라인에 ENA 데이터 검색을 통합합니다.

이 프롬프트를 사용해 보세요

연구에서 샘플 찾기

ENA Portal API를 사용하여 연구 PRJNA[STUDY_ID]의 모든 샘플을 검색하세요. 접근 번호와 샘플 제목을 반환하세요.

접근 번호로 서열 다운로드

ENA Browser API를 사용하여 접근 번호 [ACCESSION]의 뉴클레오타이드 서열을 FASTA 형식으로 조회하세요.

유기체의 어셈블리 찾기

ENA Portal API를 사용하여 contig N50 >= [N50_VALUE]인 [ORGANISM]의 모든 어셈블리를 찾으세요.

대량 다운로드 워크플로우

연구 [STUDY_ID]의 모든 리드 실행을 검색하고, FTP URL을 추출하여, FTP를 통해 모든 파일을 다운로드하는 스크립트를 생성하세요.

모범 사례

초당 50개 요청 제한을 준수하기 위해 지수 백오프를 사용한 속도 제한 구현
100MB 이상의 파일 다운로드 시 FTP 또는 Aspera 사용
ENA 데이터에서 도출된 결과를 게시할 때 연구 및 샘플 접근 번호 인용

피하기

수천 개의 레코드를 배치 처리하지 않고 개별 API 호출하기
FTP/Aspera를 사용할 수 있는데 HTTP로 대용량 파일 다운로드하기
ENA Browser API 응답의 XML 파싱 오류 처리 실패

자주 묻는 질문

ENA Portal API와 Browser API의 차이점은 무엇인가요?

Portal API는 모든 데이터 유형에 걸쳐 고급 검색 및 필터링을 위한 것입니다. Browser API는 접근 번호로 특정 레코드를 XML 형식으로 직접 조회하기 위한 것입니다.

대용량 FASTQ 파일을 어떻게 다운로드하나요?

100MB 이상의 파일은 HTTP 대신 FTP 또는 Aspera 프로토콜을 사용하세요. ENA Portal API는 검색 결과에 FTP URL을 반환합니다.

어떤 형식으로 서열을 조회할 수 있나요?

서열은 FASTA(어셈블리된 서열), FASTQ(원시 리드), XML(네이티브 형식), 그리고 메타데이터용 TSV/JSON 형식으로 조회할 수 있습니다.

특정 연구의 모든 데이터를 어떻게 찾나요?

Portal API에서 쿼리 파라미터 study_accession=[STUDY_ID]와 결과 유형 sample, read_run 또는 assembly를 필요에 따라 사용하세요.

ENA API의 속도 제한은 어떻게 되나요?

모든 ENA API는 초당 50개 요청으로 제한됩니다. 이를 초과하면 HTTP 429가 반환되며 백오프 구현이 필요합니다.

논문에서 ENA 데이터를 어떻게 인용하나요?

Study/Project 접근 번호를 주요 인용으로 포함하세요. 또한 분석에 사용된 특정 샘플, 실행 또는 어셈블리 접근 번호도 나열하세요.

개발자 세부 정보

작성자

K-Dense-AI

라이선스

Unknown

리포지토리

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/ena-database

참조

main

파일 구조

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 SKILL.md