DNAnexus는 클라우드 기반 유전체 분석 플랫폼이지만 플랫폼별 전문 지식이 필요합니다. 이 스킬은 앱 구축, 데이터 관리, 생물정보학 워크플로우 실행을 위한 완전한 문서화를 제공합니다.
스킬 ZIP 다운로드
Claude에서 업로드
설정 → 기능 → 스킬 → 스킬 업로드로 이동
토글을 켜고 사용 시작
테스트해 보기
"dnanexus-integration" 사용 중입니다. FASTQ 파일을 업로드하고 품질 관리를 실행하려면 어떻게 해야 합니까?
예상 결과:
- 1. 먼저 인증: dx login
- 2. 파일 업로드: dx upload sample.fastq --project project-xxxx
- 3. QC 애플릿 찾기: dx find_applets --name '*qc*'
- 4. 분석 실행: dx run applet-xxxx -i reads=file-yyyy
- 5. 진행 상황 모니터링: dx watch job-zzzz
- 6. 완료 시 결과 다운로드
"dnanexus-integration" 사용 중입니다. 품질별로 읽기를 필터링하는 간단한 앱을 만들어주세요
예상 결과:
- 읽기 파일에 대한 inputSpec과 필터링된 읽기에 대한 outputSpec이 있는 dxapp.json 정의
- main 함수에 @dxpy.entry_point('main') 데코레이터 사용
- dxpy.download_dxfile()로 입력 다운로드
- subprocess.call()로 외부 도구 처리
- dxpy.upload_local_file()로 출력 업로드
- dxpy.dxlink()을 사용하여 결과 반환
보안 감사
안전All 455 static findings are false positives. The skill is documentation for DNAnexus cloud genomics platform. The flagged 'external_commands' are legitimate DNAnexus CLI commands (dx, dxpy) in documentation code blocks. The 'weak cryptographic algorithm' findings incorrectly identified API version fields like 'dxapi: 1.0.0' as cryptographic code. The 'Windows SAM database' alert misidentified authentication documentation (DX_SECURITY_CONTEXT) as Windows system files. No malicious patterns exist.
위험 요인
품질 점수
만들 수 있는 것
시퀀스 데이터 파이프라인 처리
FASTQ 파일 업로드, 정렬 및 변이 호출 워크플로우 실행, 연구 분석을 위한 결과 다운로드
맞춤형 분석 앱 구축
적절한 입력 및 출력 처리를 갖춘 전문 유전체 분석을 위한 DNAnexus 앱 생성
유전체 데이터셋 구성
여러 DNAnexus 프로젝트에서 대규모 유전체 데이터셋 검색, 분류 및 관리
이 프롬프트를 사용해 보세요
FASTQ 파일을 DNAnexus에 업로드하고 기존 애플릿을 사용하여 기본 품질 관리 분석을 실행하는 것을 도와주세요
FASTQ 입력을 받아 BWA-MEM을 사용하여 BAM 정렬을 출력하는 DNAnexus 앱을 만들어야 합니다
프로젝트에서 모든 FASTQ 파일을 찾는 방법과 각 파일에 대해 동일한 분석을 병렬로 실행하는 방법을 보여주세요
samtools, bcftools, 참조 基因组이 포함된 맞춤 Docker 이미지가 필요한 앱의 dxapp.json 구성을 도와주세요
모범 사례
- DNAnexus 앱에서 처리하기 전에 항상 입력 파일 검증
- 계산 집약적 분석에 적절한 DNAnexus 인스턴스 유형 사용
- 맞춤형 앱에 포괄적인 오류 처리 및 로깅 포함
피하기
- 프로덕션 앱에서 프로젝트 ID 또는 파일 경로 하드코딩
- 사용 가능한 디스크 공간 확인 없이 대용량 파일 처리
- DNAnexus 작업 상태 및 오류 조건 무시