대사 모델링은 제약 기반 재구성 및 분석 방법에 대한 전문 지식이 필요합니다. COBRApy는 시스템 생물학 연구를 위해 Flux Balance Analysis, 유전자 녹아웃 연구, 생산 봉투 계산을 위한 종합적인 Python 인터페이스를 제공합니다.
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"cobrapy" 사용 중입니다. 대장균 모델을 로드하고 플럭스 밸런스 분석 수행
예상 결과:
- 모델: iJO1366 (대장균)
- 반응: 2,583 | 대사물질: 1,805 | 유전자: 1,398
- 최대 성장률: 0.982 /h
- 활성 포도당 섭취: -8.0 mmol/gDW/h
- 주요 플럭스:
- - GLCptspp: -8.0 (포도당 수송)
- - PFK: 7.5 (포스포프럭토키나제)
- - ATPM: 2.0 (유지 ATP 가수분해)
- - BIOMASS_Ecoli_core: 0.92 (바이오매스 합성)
보안 감사
안전All 160 static findings are FALSE POSITIVES. The skill consists only of markdown documentation files containing Python code examples for the COBRApy metabolic modeling library. The scanner misidentified Python parenthesized imports as dynamic import() expressions, markdown backticks as shell command execution, metabolic modeling terminology (blocked reactions, essential genes) as system reconnaissance, and .get_by_id() method calls as credential access patterns. No executable code, network requests, credential handling, or malicious behavior present.
위험 요인
⚡ 스크립트 포함 (4)
⚙️ 외부 명령어 (4)
🌐 네트워크 접근 (2)
품질 점수
만들 수 있는 것
유전자 필수성 예측
단일 및 이중 유전자 녹아웃 시뮬레이션을 사용하여 대장균 및 기타 생물체에서 필수 유전자 식별
생산 균주 설계
생산 봉투를 계산하고 생화학적 생산 최적화를 위한 유전자 표적을 식별
모델 가능성 분석
대사 모델을 검증하고 차단된 반응을 찾으며 포괄적인 플럭스 공간 탐색 수행
이 프롬프트를 사용해 보세요
cobrapy를 사용하여 대장균 대사 모델을 로드하고, 플럭스 밸런스 분석을 실행한 다음 최대 성장률과 주요 대사 플럭스를 보고하세요
대장균 모델에 대한 단일 유전자 삭제 분석을 수행하고, 모든 필수 유전자(성장률 < 0.01)를 식별한 다음 결과를 CSV 파일로 내보내세요
대장균 모델이 최대 성장률의 90%를 달성하는 최소 성장 배지를 계산하세요. 어떤 영양소가 필요한지와它们的 섭취율을 보여주세요
대장균에서 아세트산 생산을 위한 생산 봉투를 계산하세요. 포도당 섭취를 0~20 mmol/gDW/h로 변화시키고 각 조건에서 최대 및 최소 아세트산 수율을 결정하세요
모범 사례
- 최적화 후 항상 솔루션 상태를 확인하세요 - 'optimal'은 성공적인 해결을 나타내고, 'infeasible'은 모델 문제를 나타냅니다
- 임시 수정을 위해 컨텍스트 관리자(with model:)를 사용하여 변경 사항을 자동으로 되돌리세요
- 분석 전에 sampler.validate()를 사용하여 플럭스 샘플의 수치적 안정성을 검증하세요
피하기
- 전체 분석을 실행하기 전에 slim_optimize()로 모델 가능성을 확인하는 것을 건너뛰지 마세요
- 반응의 경계를 직접 수정하는 것을 피하세요 - 대신 컨텍스트 관리자 패턴을 사용하세요
- 모든 반응이 플럭스를 전달한다고 가정하지 마세요 - FVA를 사용하여 가변적인 플럭스 범위가 있는 반응을 식별하세요