스킬 sragent
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sragent

중간 위험 ⚙️ 외부 명령어🌐 네트워크 접근📁 파일 시스템 액세스🔑 환경 변수

SRA 및 GEO 유전체학 메타데이터 분석

연구자는 분석 전에 SRA, GEO, BioProject 및 출판 기록을 연결해야 하는 경우가 많습니다. 이 스킬은 accession 변환, 메타데이터 검사, 논문 검색을 위한 SRAgent 명령을 Claude, Codex 또는 Claude Code가 따라갈 수 있도록 안내합니다.

지원: Claude Codex Code(CC)
⚠️ 50 나쁨
1

스킬 ZIP 다운로드

2

Claude에서 업로드

설정 → 기능 → 스킬 → 스킬 업로드로 이동

3

토글을 켜고 사용 시작

Agent용 리소스

AI Agent, 크롤러 또는 스크립트가 전체 페이지 대신 깔끔한 컨텍스트가 필요할 때 이 링크를 사용하세요.

Markdown 상세 GET /skills/arcinstitute-sragent.md 서명된 manifest GET /api/skills/arcinstitute-sragent/manifest 서명된 lockfile GET /api/skills/arcinstitute-sragent/lockfile

테스트해 보기

"sragent" 사용 중입니다. Convert GSE121737 to SRX accessions.

예상 결과:

GEO series, 연결된 SRA study 및 반환된 SRX experiment accession을 나열하고 누락된 매핑을 표시한 간결한 표입니다.

"sragent" 사용 중입니다. Is SRX4967527 single-cell RNA-seq data?

예상 결과:

single-cell 상태, 감지된 library preparation, sequencing platform, organism 및 신뢰도 메모를 포함하는 짧은 근거 기반 답변입니다.

"sragent" 사용 중입니다. Download papers for a list of SRA experiments.

예상 결과:

처리된 accession, 연결된 PubMed ID, DOI 제공 여부, 성공한 다운로드, 실패한 다운로드 및 저장된 파일 위치에 대한 요약입니다.

보안 감사

중간 위험
v6 • 6/28/2026

Static findings are mostly expected for a research workflow skill that runs the SRAgent CLI, queries public genomics services, and downloads papers. No prompt injection, credential exfiltration, or malicious intent was found, but troubleshooting guidance can expose API keys or .env contents and should be treated as a publication warning.

6
스캔된 파일
2,011
분석된 줄 수
9
발견 사항
6
총 감사 수
중간 위험 문제 (3)
README.md:113-116references/quick-reference.md:343-353
Troubleshooting Guidance Can Reveal Credentials
The skill includes commands that echo API key variables, grep environment variables containing API_KEY, and print .env contents. This is useful for setup debugging, but it can disclose secrets into chat logs or terminal output.
SKILL.md:292-313references/usage-examples.md:196-209
External CLI Execution With User-Supplied Research Inputs
The skill instructs the agent to run SRAgent through shell commands and bash_tool examples. This is central to the skill, but accession values and CSV paths should be validated before being placed in shell commands.
SKILL.md:118-127SKILL.md:191-224references/usage-examples.md:69-92
Network Downloads and Local File Writes Are Expected Behavior
The papers workflow retrieves publications from public sources and writes PDFs or enriched CSV files to output directories. This creates normal network and filesystem exposure for a publication-retrieval skill, not evidence of malicious exfiltration.
낮은 위험 문제 (2)
references/quick-reference.md:29-39references/metadata-fields.md:98-109
Static Sensitive-File and Crypto Matches Are False Positives
BioSample accession examples such as SAMN are biological identifiers, not Windows SAM database access. Old instrument names such as LS454 are sequencing platforms, not weak cryptographic algorithms.
README.md:48-56README.md:106-110
Hidden Home Directory Access Is Installation Guidance
The ~/.claude/skills path is used to install the skill for Claude Code. It is not evidence of stealthy hidden-file access or unauthorized reading of user data.

위험 요인

⚙️ 외부 명령어 (4)
README.md:8-20 SKILL.md:292-313 references/usage-examples.md:196-209 references/quick-reference.md:323-350
🌐 네트워크 접근 (4)
SKILL.md:118-127 SKILL.md:395-424 SKILL.md:477-483 README.md:123-128
📁 파일 시스템 액세스 (4)
README.md:52-55 SKILL.md:309-312 references/usage-examples.md:73-77 references/quick-reference.md:352-353
🔑 환경 변수 (5)
SKILL.md:49-69 README.md:22-37 README.md:113-116 references/quick-reference.md:246-260 references/quick-reference.md:343-353

감지된 패턴

Shell Command Invocation PatternSecret-Printing Troubleshooting Pattern
감사자: codex 감사 이력 보기 →

품질 점수

59
아키텍처
100
유지보수성
87
콘텐츠
75
커뮤니티
46
보안
91
사양 준수

만들 수 있는 것

accession 식별자 변환

다운스트림 분석을 위해 GEO series 또는 BioProject accession을 SRA experiment 및 run accession으로 변환합니다.

시퀀싱 메타데이터 감사

공개 experiment가 필요한 organism, platform, paired-end 또는 single-cell 기준과 일치하는지 확인합니다.

데이터셋 출판물 수집

SRA accession 세트에 대해 연결된 PubMed 기록, DOI 및 사용 가능한 full-text 논문을 찾습니다.

이 프롬프트를 사용해 보세요

단일 accession 변환 
Use SRAgent to convert GSE121737 into SRA experiment accessions. Summarize the result in a short table.
experiment 메타데이터 확인 
Use SRAgent to check SRX4967527 for organism, platform, library layout, and whether it is single-cell RNA-seq.
연결된 논문 다운로드 
Use SRAgent to find publications for PRJNA498286 and download available open-access papers into a dedicated output folder.
배치 큐레이션 워크플로 실행 
Given my CSV of SRA accessions, use SRAgent to add organism, sequencing platform, single-cell status, DOI, and download status columns.

모범 사례

  • 셸 명령 또는 배치 워크플로를 실행하기 전에 accession 형식을 검증하세요.
  • API 키 값이나 .env 내용을 출력하는 대신 마스킹된 환경 검사를 사용하세요.
  • Entrez 변환으로 시작한 뒤 확인된 accession에 대해 더 깊은 메타데이터 또는 논문 워크플로를 실행하세요.

피하기

  • 원시 API 키, 서비스 계정 파일 또는 .env 내용을 채팅에 붙여넣지 마세요.
  • 원본 서비스에 rate limit이 있는 경우 높은 동시성으로 논문 다운로드를 실행하지 마세요.
  • 모든 공개 accession에 완전한 메타데이터나 오픈 액세스 출판물이 있다고 가정하지 마세요.

자주 묻는 질문

이 스킬이 SRAgent를 자동으로 설치하나요?
아니요. 설정 및 사용 지침을 제공하지만, SRAgent는 작업 환경에 별도로 설치되어 있어야 합니다.
어떤 accession으로 작업할 수 있나요?
GEO, SRA, BioProject, BioSample, ENA, experiment 및 run accession 형식에 대한 워크플로를 문서화합니다.
single-cell RNA-seq 데이터셋을 식별할 수 있나요?
예. 메타데이터, 프로토콜 텍스트, 출판물 초록 및 sequence-file 신호를 결합하는 SRAgent 쿼리를 안내합니다.
논문 검색은 항상 PDF를 다운로드하나요?
아니요. 다운로드는 연결된 출판물, DOI 발견, 오픈 액세스 제공 여부, 네트워크 접근 및 원본 제한에 따라 달라집니다.
API 키가 필요한가요?
일부 기능에는 model provider 키가 필요합니다. NCBI, CORE 및 Google Cloud 자격 증명은 rate limit을 개선하거나 선택적 서비스를 활성화합니다.
어떤 보안 예방 조치가 권장되나요?
secret을 출력하지 말고, 사용자가 제공한 경로와 accession을 검증하며, 이후 워크플로에서 사용하기 전에 다운로드 항목을 검토하세요.

개발자 세부 정보

작성자

ArcInstitute

라이선스

MIT

리포지토리

https://github.com/ArcInstitute/SRAgent/tree/main/claude-skill/

참조

main

파일 구조

📁 references/

📄 example-settings.yml

📄 metadata-fields.md

📄 quick-reference.md

📄 usage-examples.md

📄 README.md

📄 SKILL.md