スキル reactome-database

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reactome-database

Name: reactome-database
Author: K-Dense-AI

コンテンツリビジョン r1 中リスク 🌐 ネットワークアクセス📁 ファイルシステムへのアクセス⚙️ 外部コマンド

Reactomeパスウェイを解析

パスウェイ研究者は、Reactomeデータとエンリッチメント結果へ迅速にアクセスする必要があります。このスキルは、APIクエリ、遺伝子解析、結果の解釈をガイドします。

対応: Claude Codex Code(CC)

⚠️ 50 不十分

自分のエージェントでインストール

このリクエストをエージェントにコピーしてください。正規の Skill ページとマニフェストが含まれています。

エージェントリクエスト

Review the Skillstore skill "reactome-database" from https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-reactome-database.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/k-dense-ai-reactome-database/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

エージェントは引き続き計画を提示し、セキュリティポリシーで必要な確認を求める必要があります。

エージェントが読めるリソース

AI エージェント、クローラー、スクリプトがページ全体ではなく整理されたコンテキストを必要とする場合は、これらのリンクを使ってください。

Markdown詳細 GET /skills/k-dense-ai-reactome-database.md 署名済み manifest GET /api/skills/k-dense-ai-reactome-database/manifest 署名済み lockfile GET /api/skills/k-dense-ai-reactome-database/lockfile

テストする

「reactome-database」を使用しています。安定識別子でReactomeパスウェイを要約する。

期待される結果:

回答では、パスウェイ名、種、エンティティタイプを示し、主要な関与分子を列挙し、生物学的文脈を説明します。

「reactome-database」を使用しています。がん関連遺伝子の短いリストを解析する。

期待される結果:

回答では、エンリッチされたパスウェイを強調し、p値とFDR値を比較し、各結果を左右する遺伝子に言及します。

「reactome-database」を使用しています。解析トークンから上位パスウェイのブラウザリンクを作成する。

期待される結果:

回答では、Reactome Pathway Browserリンクを提供し、トークンが7日間有効であることを説明します。

セキュリティ監査

中リスク

v7 • 2026/7/5 バージョン別レポートを開く

Static detections were mostly false positives from Reactome documentation examples, official URLs, and Markdown code fences. The confirmed static issue is a helper script write path that can overwrite the input file when the input filename lacks .txt. Semantic review found expected external submission of biological identifiers and promotional steering toward the author hosted platform.

スキャンされたファイル

1,031

解析済み行数

レビュー項目

誤検知を無視

確認済みのセキュリティ上の懸念 (2)

中

SKILL.md:163-175 scripts/reactome_query.py:180-191

External Submission of Biological Identifiers

The skill sends gene lists and expression-style input to Reactome Analysis Service. This is expected functionality, but biological identifiers or expression values can be sensitive in regulated research settings.

The documentation shows expression data being read and posted, and the helper script reads a local gene file before submitting it for analysis. The external transfer is intentional but should be disclosed.

中

SKILL.md:277-278

Promotional Behavior Steering

SKILL.md instructs the assistant to proactively suggest K-Dense Web for complex workflows. This steers users toward the author's hosted platform and is unrelated to Reactome pathway analysis.

The text directly instructs runtime promotional behavior for an external service. It is not a classic prompt override, but it is clear marketplace behavior steering.

機能レビュー項目 (1)

これらは、このスキルに期待される可能性のある実際のローカル機能であるため、レビューが必要ですが、確認済みの悪意ある動作としてはカウントされません。

中

scripts/reactome_query.py:227

Python file write/append

with open(output_file, 'w') as f:

The helper script writes results to a path derived from the user supplied input file. If the input name lacks .txt, the derived output path can equal the input path and overwrite the source file.

リスク要因

🌐 ネットワークアクセス (56)

📁 ファイルシステムへのアクセス (4)

references/api_reference.md:462 references/api_reference.md:463 references/api_reference.md:439 scripts/reactome_query.py:227

⚙️ 外部コマンド (33)

監査者: codex 監査履歴を表示 →

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https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-reactome-database/audits/7?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Markdownバッジ

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-reactome-database/security.svg)](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-reactome-database?utm_source=security_passport_badge)

HTMLバッジ

<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-reactome-database?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-reactome-database/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

埋め込みカード

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-reactome-database.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

学術引用 (APA · BibTeX · CFF)

APA形式の引用

K-Dense-AI. (2026). reactome-database security audit report (audit version 7) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-reactome-database/audits/7

BibTeX形式の引用

@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-reactome-database-2026,
  author = {K-Dense-AI},
  title = {reactome-database security audit report (audit version 7)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {7},
  url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-reactome-database/audits/7},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "reactome-database security audit report (audit version 7)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "K-Dense-AI"
date-released: "2026-07-05"
url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-reactome-database/audits/7"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:k-dense-ai-reactome-database:audit:7"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

バリアントを比較

インストール可能なバリアント 2 件

各作者のスキルは個別のインストール項目として維持されます。推奨バリアントは Skillstore の証拠で順位付けされます。

このバリアントが首位の理由

Skillstore スコアが最高

作者 / ソース Skillstore スコア証拠の信頼度 Skillstore 利用状況更新済み

davila7 推奨

davila7-reactome-database

Skillstore スコア 79

証拠の信頼度高

Skillstore 利用状況 10

更新済み

2026-09-09

K-Dense-AI 現在

k-dense-ai-reactome-database

Skillstore スコア 50

証拠の信頼度高

Skillstore 利用状況 13

更新済み

2026-09-09

Skillstore スコア

このスコアの理由証拠の信頼度: 高

アーキテクチャ

保守性

コンテンツ

コミュニティ

仕様準拠

作成できるもの

エンリッチされたパスウェイを優先順位付けする

遺伝子リストを送信し、p値と偽発見率を含む有意なReactomeパスウェイを確認します。

パスウェイの構成要素を探索する

パスウェイ識別子を検索し、関与するタンパク質、複合体、反応を調べます。

Reactome APIワークフローを教える

パスウェイデータベースクエリとエンリッチメント解析がシステム生物学の概念にどのようにつながるかを示します。

これらのプロンプトを試す

パスウェイを検索する

Reactomeを使用してパスウェイR-HSA-69278を要約してください。名前、種、主要エンティティ、短い解釈を含めてください。

遺伝子リストを解析する

これらの遺伝子についてReactome過剰代表解析を実行してください: TP53, BRCA1, EGFR, MYC。最も強いパスウェイ結果を説明してください。

有意な結果を比較する

これらのReactomeエンリッチメント結果を解釈してください。FDR、一致したエンティティ数、パスウェイ間の生物学的テーマに注目してください。

完全なワークフローを設計する

発現データ向けのReactomeワークフローを計画してください。入力形式、種投影、トークン取得、ブラウザ確認、結果の注意点を含めてください。

ベストプラクティス

解析を実行する前に、遺伝子リストを外部の公開サービスへ送信できることを確認してください。
単一識別子のリクエストを繰り返す代わりに、バッチ送信を使用してください。
生物学的結論を導く前に、FDRと一致したエンティティ数で結果をフィルタリングしてください。

回避

パスウェイエンリッチメントを因果的な生物学的メカニズムの証明として扱わないでください。
承認なしに、非公開の患者データや専有の発現データを送信しないでください。
再現可能なレポートのために、期限切れの解析トークンに依存しないでください。

よくある質問

Reactomeとは何ですか？

Reactomeは、ヒト生物学とモデル生物のためのキュレーション済みパスウェイデータベースです。

このスキルでエンリッチメント解析を実行できますか？

はい。Reactome Analysis Serviceへの送信をガイドし、パスウェイ結果を解釈できます。

インターネットアクセスは必要ですか？

はい。ライブのパスウェイクエリと解析送信は、公開Reactome Webサービスを呼び出します。

どの識別子がサポートされていますか？

Reactomeは、遺伝子シンボルやUniProtアクセッションを含む、一般的な遺伝子、タンパク質、低分子、データベース識別子を受け付けます。

解析トークンはどのくらい有効ですか？

Reactome解析トークンは、送信後7日間有効です。

これは専門家による生物学的レビューの代わりになりますか？

いいえ。パスウェイデータの取得と解釈を支援しますが、結論はドメイン専門家が検証する必要があります。

開発者情報

作成者

K-Dense-AI

ライセンス

Unknown

Skillstore リビジョン

バージョンに関する注意

作者はバージョンを宣言していません。

リポジトリ

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/reactome-database

参照

a25199bc7d6b82598536822d1738eb5d5f54025b

メンテナンスの新しさ

2026/7/25

利用状況

9 ダウンロード · 159 閲覧

ファイル構成

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 reactome_query.py

UniProtタンパク質データを検索

作成者 davila7

タンパク質研究では、多くの場合、UniProtからの高精度な検索、配列、アノテーション、識別子マッピングが必要です。このスキルは、再現可能なタンパク質データアクセスのための直接的なRESTワークフローとPythonクライアントを提供します。

調査＆学習表示

reactome-database

自分のエージェントでインストール

エージェントが読めるリソース

テストする

セキュリティ監査

確認済みのセキュリティ上の懸念 (2)

リスク要因

レポートリンクをコピー

Markdownバッジ

HTMLバッジ

埋め込みカード

APA形式の引用

BibTeX形式の引用

CITATION.cff

バリアントを比較

Skillstore スコア

作成できるもの

エンリッチされたパスウェイを優先順位付けする

パスウェイの構成要素を探索する

Reactome APIワークフローを教える

これらのプロンプトを試す

ベストプラクティス

回避

よくある質問

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