スキル reactome-database
🧬

reactome-database

安全 ⚡ スクリプトを含む🌐 ネットワークアクセス

Reactomeパスウェイデータベースのクエリ

こちらからも入手できます: davila7

Reactomeデータベースを使用して生物学的パスウェイと遺伝子リストを分析します。パスウェイエンリッチメント分析、遺伝子からパスウェイへのマッピング、システム生物学研究のための分子間相互作用の探索を行います。

対応: Claude Codex Code(CC)
🥉 76 ブロンズ
1

スキルZIPをダウンロード

2

Claudeでアップロード

設定 → 機能 → スキル → スキルをアップロードへ移動

3

オンにして利用開始

テストする

「reactome-database」を使用しています。 遺伝子をパスウェイエンリッチメント分析する：TP53, BRCA1, EGFR

期待される結果:

  • 分析結果：
  • • 3遺伝子が提出されました
  • • トークン：XXXXXX（7日間有効）
  • • トップパスウェイ：Cell Cycle, Mitotic (R-HSA-69278)
  • • p値：0.000023、FDR：0.00156
  • • ブラウザで表示：https://reactome.org/PathwayBrowser/...

「reactome-database」を使用しています。 パスウェイR-HSA-69278をクエリ

期待される結果:

  • パスウェイ：Cell Cycle, Mitotic
  • • ID：R-HSA-69278
  • • タイプ：パスウェイ
  • • 種：Homo sapiens
  • • 説明：間期と有糸分裂期からなる細胞分裂サイクル...

「reactome-database」を使用しています。 アポトーシス関連パスウェイを検索

期待される結果:

  • 'アポトーシス'の検索結果：
  • • R-HSA-109606：Extrinsic Pathway of Apoptosis
  • • R-HSA-111885：Intrinsic Pathway of Apoptosis
  • • R-HSA-1234154：Regulation of Apoptosis
  • • R-HSA-1388673：Apoptotic Nuclear Fragmentation

セキュリティ監査

安全
v4 • 1/17/2026

Legitimate bioinformatics skill querying Reactome pathway database. All 217 static findings are false positives: markdown backticks misidentified as shell commands, HTTP calls to known scientific API (reactome.org) are standard data retrieval, and documentation references flagged as crypto issues are harmless text. No malicious patterns confirmed.

4
スキャンされたファイル
1,257
解析された行数
2
検出結果
4
総監査数

リスク要因

⚡ スクリプトを含む (1)
scripts/reactome_query.py:1-287
🌐 ネットワークアクセス (1)
scripts/reactome_query.py:31-32
監査者: claude 監査履歴を表示 →

品質スコア

64
アーキテクチャ
100
保守性
85
コンテンツ
30
コミュニティ
100
セキュリティ
83
仕様準拠

作れるもの

遺伝子セットエンリッチメント分析

RNA-seqやプロテオミクスから遺伝子リストを提出し、エンリッチされた生物学的パスウェイを特定する

種横断パスウェイマッピング

マウスやモデル生物の遺伝子を比較分析のために人間のパスウェイにマッピングする

パスウェイ探索

特定のクエリパスウェイして分子的メカニズムと疾患の関連を理解する

これらのプロンプトを試す

基本パスウェイクエリ 
ReactomeデータベースからパスウェイR-HSA-69278をクエリし、パスウェイ名、種、説明を表示する
遺伝子エンリッチメント 
これらの遺伝子をパスウェイエンリッチメント分析する：TP53, BRCA1, EGFR, MYC, CDK1。FDR値とともに有意なパスウェイを表示
パスウェイ検索 
アポトーシスに関連するパスウェイをReactomeで検索し、パスウェイIDとともに上位10件の結果を表示する
エンティティルックアップ 
Cell Cycleパスウェイ（R-HSA-69278）におけるすべての参加タンパク質と分子をリスト表示する

ベストプラクティス

  • 分析トークンを保存して、遺伝子を再提出せずに結果を取得する
  • 有意なパスウェイに焦点を当てるためにFDR閾値（デフォルト0.05）で結果をフィルタリングする
  • 非人間種にはプロジェクションエンドポイントを使用して遺伝子を人間のパスウェイにマッピングする

回避

  • 一度に1つずつ遺伝子を提出するのではなく、バッチ提出する
  • 結果取得のための7日間トークン有効性を無視する
  • 種横断データを分析する際の種互換性を確認しない

よくある質問

Reactomeはどのような識別子形式を受け付けますか？
UniProtアクセッション番号、遺伝子シンボル、Ensembl ID、EntrezGene ID、小分子用のChEBI。
分析トークンの有効期間はどのくらいですか？
分析トークンは7日間有効です。再提出せずに結果を取得するために保存してください。
非人間の遺伝子を分析できますか？
はい、プロジェクションエンドポイントを使用してマウス、ラット、または他の種を人間のパスウェイにマッピングできます。
出力形式は何ですか？
パスウェイ、p値、FDR、エンティティ数、ブラウザ視覚化用のトークンを含むJSON。
このスキルはオフラインで動作しますか？
いいえ、このスキルはReactome REST APIにクエリするためにインターネットアクセスが必要です。
Reactomeにはいくつのパスウェイがありますか？
Reactomeには2,825以上の人間のパスウェイ、16,000以上の反応、11,000以上のタンパク質が含まれています。

開発者の詳細

作成者

K-Dense-AI

ライセンス

MIT

リポジトリ

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/reactome-database

参照

main

ファイル構成

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 reactome_query.py

📄 SKILL.md