kegg-database
KEGGデータベースからパスウェイと遺伝子をクエリする
こちらからも入手できます: davila7
研究者はパスウェイ分析と遺伝子マッピングのためにKEGGバイオインフォマティクスデータへの効率的なアクセスを必要としています。このスキルは、KEGG REST API操作用のPythonヘルパー関数を提供し、パスウェイの取得、遺伝子-パスウェイマッピング、化合物検索、データベース間のID変換などが可能です。
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オンにして利用開始
テストする
「kegg-database」を使用しています。 Find pathways associated with the glycolysis gene hsa:10458
期待される結果:
- Pathway hsa00010: Glycolysis / Gluconeogenesis
- Pathway hsa01100: Metabolic pathways
- Pathway hsa01200: Carbon metabolism
- Pathway hsa01210: 2-Oxocarboxylic acid metabolism
- Pathway hsa01230: Biosynthesis of amino acids
「kegg-database」を使用しています。 Get information about drug D00001
期待される結果:
- Drug: D00001
- Name: Theophylline
- Class: Purine alkaloids
- Formula: C7H8N4O2
- Target: Adenosine receptors
「kegg-database」を使用しています。 Convert human gene KEGG ID to UniProt
期待される結果:
- hsa:10458 -> Q9Y5K8
- hsa:10459 -> Q9Y5K9
- hsa:10572 -> Q8NHW6
セキュリティ監査
安全All 253 static findings are false positives. The scanner incorrectly flags Markdown backticks as Ruby shell execution, KEGG API URLs as suspicious network targets, and bioinformatics identifiers (pathway IDs, gene names) as weak crypto algorithms. This is a legitimate bioinformatics research tool that uses standard urllib for HTTP requests to the official KEGG REST API. No malicious code, command injection, or data exfiltration present.
リスク要因
⚙️ 外部コマンド (4)
🌐 ネットワークアクセス (3)
📁 ファイルシステムへのアクセス (2)
品質スコア
作れるもの
パスウェイエンリッチメント解析
関心のある遺伝子をKEGGパスウェイにマッピングし、エンリッチメント研究のための詳細なパスウェイ情報を取得します。
データベース間統合
KEGG遺伝子IDをUniProt、NCBI Gene ID、またはPubChemに変換し、他の解析パイプラインと統合します。
薬物相互作用スクリーニング
薬物データベースを検索し、KEGG DDIエンドポイントを使用して潜在的な薬物間相互作用を確認します。
これらのプロンプトを試す
kegg_listを使用して人間のKEGGパスウェイ（hsa）をすべて取得し、最初の10のパスウェイIDと名前を表示します。
kegg_findを使用してKEGG遺伝子データベースで'p53'に一致するエントリを検索し、結果を表示します。
kegg_linkを使用してTP53遺伝子（hsa:7157）を含むすべてのKEGGパスウェイを見つけ、それぞれの基本情報を取得します。
kegg_convを使用して人間の遺伝子KEGG IDをNCBI Gene IDに変換し、最初の5つのマッピングペアを表示します。
ベストプラクティス
- API結果をローカルにキャッシュして、冗長なリクエストを減らし、レート制限を遵守します。
- HTTPステータスコード（200=成功、400=不正リクエスト、404=見つかりません）を確認してエラー処理を実装します。
- 特定の生物コード（hsa、mmu、eco）を使用して、結果絞り込みとパフォーマンスを向上させます。
回避
- 遅延なく連続してリクエストを行う - KEGG API利用ガイドラインに違反します。
- HTTPエラーレスポンスを無視する - 常に400/404エラーを適切に処理します。
- 単一の呼び出しで10エントリ以上をリクエストする - KEGGはバッチ操作を制限しています。
よくある質問
KEGGとは何ですか？
このスキルは無料で使用できますか？
どのような生物がサポートされていますか？
配列データを取得できますか？
遺伝子IDをどのように変換できますか？
APIの制限は何ですか？
開発者の詳細
作成者
K-Dense-AIライセンス
Non-academic use of KEGG requires a commercial license
リポジトリ
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/kegg-database参照
main
ファイル構成