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deeptools

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deepToolsでNGSデータを解析する

Auch verfügbar von: davila7

次世代シーケンシングデータを処理・可視化。BAMからbigWigへの変換、品質管理プロットの生成、ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq実験のための出版品質ヒートマップの作成。

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
🥈 79 Silber
1

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2

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3

Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "deeptools". TSS領域周辺のChIP-seqシグナルのヒートマップを作成してください

Erwartetes Ergebnis:

  • ステップ1: TSS周辺のマトリックスを計算する
  • computeMatrix reference-point -S signal.bw -R genes.bed -b 3000 -a 3000 --referencePoint TSS -o matrix.gz
  •  
  • ステップ2: ヒートマップを生成する
  • plotHeatmap -m matrix.gz -o heatmap.png --colorMap RdBu --kmeans 3
  •  
  • パラメータの説明:
  • -b 3000: TSSの上流3kb
  • -a 3000: TSSの下流3kb
  • --kmeans 3: シグナルパターンに基づいて遺伝子を3つのグループにクラスタリング

Verwendung von "deeptools". 指紋プロットでChIP-seqの品質を確認してください

Erwartetes Ergebnis:

  • plotFingerprintを実行してエンリッチメントを評価する:
  • plotFingerprint -b input.bam chip.bam -o fingerprint.png --extendReads 200 --ignoreDuplicates
  •  
  • 解釈:
  • - 急な立ち上がりは強いChIPエンリッチメントを示唆
  • - 平坦な対角線は低いエンリッチメントを示唆
  • - 対照は近似線形分布を示すはず

Sicherheitsaudit

Sicher
v4 • 1/17/2026

All 519 static findings are FALSE_POSITIVES. The scanner misinterpreted markdown documentation examples with backticks as shell execution, 'SAM files' (Sequence Alignment/Map format) as Windows SAM database, and mentions of bioinformatics tools (samtools, plotFingerprint) as security threats. The Python scripts perform legitimate workflow generation for NGS analysis. No actual security risks present.

9
Gescannte Dateien
3,062
Analysierte Zeilen
3
befunde
4
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

⚙️ Externe Befehle (2)
SKILL.md:41 SKILL.md:163-165
📁 Dateisystemzugriff (1)
scripts/workflow_generator.py:101-102
🌐 Netzwerkzugriff (1)
skill-report.json:6
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

82
Architektur
100
Wartbarkeit
87
Inhalt
20
Community
100
Sicherheit
78
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

ChIP-seq実験のQC

下流の解析前に、ChIPの品質、エンリッチメント強度を評価し、レプリカを比較する

カバレッジトラックの生成

BAMアライメントからゲノムブラウザ可視化のための正規化されたbigWigファイルを作成する

サンプル比較

相関解析で複数のサンプルを比較し、出版品質のヒートマップを生成する

Probiere diese Prompts

基本的な変換 
hg38ゲノムに対してRPGC正規化を使用して、sample.bamファイルを正規化されたbigWigカバレッジトラックに変換してください
品質チェック 
指紋プロットと相関ヒートマップを生成して、ChIP-seq実験の品質を確認してください
可視化 
H3K4me3データに対してTSS周辺のChIPシグナルをヒートマップで表現してください
完全なワークフロー 
BAMファイルからヒートマップまで、治療群と入力対照を比較した完全なChIP-seq解析ワークフローを生成してください

Bewährte Verfahren

  • 解析前にインデックスが存在することを確認するため、必ずBAMファイルをバリデーションスクリプトで検証してください
  • 適切な正規化メソッドを選択してください: ChIP-seqにはRPGC、RNA-seqビンにはCPM、遺伝子レベル解析にはRPKM
  • PCR重複を除外する場合は--ignoreDuplicatesを使用してください（クロナリティ解析を行う場合を除く）

Vermeiden

  • RNA-seq解析では--extendReadsを使用しないでください（スプライスジャンクションを越えて延長されてしまうため）
  • 複数のサンプルを比較する際に正規化メソッドを混在させないでください
  • 詳細な解析前に品質管理ステップをスキップしないでください

Häufig gestellte Fragen

ChIP-seqにはどの正規化メソッドを使用すればよいですか？
ChIP-seqカバレッジトラックにはRPGCを、単純な正規化にはCPMを使用してください。いずれの場合も有効ゲノムサイズが必要です。
なぜBAMファイルがエラーを出しているのですか？
BAMファイルに対応する.baiインデックスファイルがあることを確認してください。次のように実行します: samtools index yourfile.bam
ATAC-seqデータにも使用できますか？
はい、可能です。カバレッジ生成前にTn5補正を適用するには、alignmentSieveで--ATACshiftを使用してください。
どのゲノムサイズを使用すればよいですか？
ヒトhg38: 2913022398、マウスmm10: 2652783500、ハエdm6: 142573017。使用するのはアセンブリサイズではなく、有効ゲノムサイズです。
治療群と対照群を比較するにはどうすればよいですか？
ChIPと入力のlog2比トラックを作成するには、bamCompareで--operation log2を使用してください。
なぜヒートマップが空になるのですか？
bigWigファイルとBEDファイルが同じゲノムアセンブリを使用しているか確認してください。

Entwicklerdetails

Lizenz

BSD license

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/deeptools

Ref

main

Dateistruktur

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📁 references/

📄 effective_genome_sizes.md

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📄 tools_reference.md

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📄 validate_files.py

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