次世代シーケンシングデータを処理・可視化。BAMからbigWigへの変換、品質管理プロットの生成、ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq実験のための出版品質ヒートマップの作成。
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オンにして利用開始
テストする
「deeptools」を使用しています。 TSS領域周辺のChIP-seqシグナルのヒートマップを作成してください
期待される結果:
- ステップ1: TSS周辺のマトリックスを計算する
- computeMatrix reference-point -S signal.bw -R genes.bed -b 3000 -a 3000 --referencePoint TSS -o matrix.gz
- ステップ2: ヒートマップを生成する
- plotHeatmap -m matrix.gz -o heatmap.png --colorMap RdBu --kmeans 3
- パラメータの説明:
- -b 3000: TSSの上流3kb
- -a 3000: TSSの下流3kb
- --kmeans 3: シグナルパターンに基づいて遺伝子を3つのグループにクラスタリング
「deeptools」を使用しています。 指紋プロットでChIP-seqの品質を確認してください
期待される結果:
- plotFingerprintを実行してエンリッチメントを評価する:
- plotFingerprint -b input.bam chip.bam -o fingerprint.png --extendReads 200 --ignoreDuplicates
- 解釈:
- - 急な立ち上がりは強いChIPエンリッチメントを示唆
- - 平坦な対角線は低いエンリッチメントを示唆
- - 対照は近似線形分布を示すはず
セキュリティ監査
安全All 519 static findings are FALSE_POSITIVES. The scanner misinterpreted markdown documentation examples with backticks as shell execution, 'SAM files' (Sequence Alignment/Map format) as Windows SAM database, and mentions of bioinformatics tools (samtools, plotFingerprint) as security threats. The Python scripts perform legitimate workflow generation for NGS analysis. No actual security risks present.
リスク要因
⚙️ 外部コマンド (2)
📁 ファイルシステムへのアクセス (1)
🌐 ネットワークアクセス (1)
品質スコア
作れるもの
ChIP-seq実験のQC
下流の解析前に、ChIPの品質、エンリッチメント強度を評価し、レプリカを比較する
カバレッジトラックの生成
BAMアライメントからゲノムブラウザ可視化のための正規化されたbigWigファイルを作成する
サンプル比較
相関解析で複数のサンプルを比較し、出版品質のヒートマップを生成する
これらのプロンプトを試す
hg38ゲノムに対してRPGC正規化を使用して、sample.bamファイルを正規化されたbigWigカバレッジトラックに変換してください
指紋プロットと相関ヒートマップを生成して、ChIP-seq実験の品質を確認してください
H3K4me3データに対してTSS周辺のChIPシグナルをヒートマップで表現してください
BAMファイルからヒートマップまで、治療群と入力対照を比較した完全なChIP-seq解析ワークフローを生成してください
ベストプラクティス
- 解析前にインデックスが存在することを確認するため、必ずBAMファイルをバリデーションスクリプトで検証してください
- 適切な正規化メソッドを選択してください: ChIP-seqにはRPGC、RNA-seqビンにはCPM、遺伝子レベル解析にはRPKM
- PCR重複を除外する場合は--ignoreDuplicatesを使用してください（クロナリティ解析を行う場合を除く）
回避
- RNA-seq解析では--extendReadsを使用しないでください（スプライスジャンクションを越えて延長されてしまうため）
- 複数のサンプルを比較する際に正規化メソッドを混在させないでください
- 詳細な解析前に品質管理ステップをスキップしないでください