スキル deeptools

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deeptools

Name: deeptools
Author: K-Dense-AI

コンテンツリビジョン r1 高リスク ⚙️ 外部コマンド📁 ファイルシステムへのアクセス

deepToolsでNGSデータを解析

NGS解析では、多くの場合、コマンドの慎重な選択、正規化、ファイル検証が必要です。このスキルは、カバレッジ、QC、比較、可視化のためのdeepToolsワークフローの構築を支援します。

対応: Claude Codex Code(CC)

⚠️ 38 不十分

インストール前に停止して確認を求めてください。

計画を確認し、ファイルを変更する前にユーザーの明示的な同意を得てください。

自分のエージェントでインストール

このリクエストをエージェントにコピーしてください。正規の Skill ページとマニフェストが含まれています。

エージェントリクエスト

Review the Skillstore skill "deeptools" from https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-deeptools.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/k-dense-ai-deeptools/manifest. Verify the artifact. Stop and obtain explicit user consent before installing or changing files.

エージェントは引き続き計画を提示し、セキュリティポリシーで必要な確認を求める必要があります。

エージェントが読めるリソース

AI エージェント、クローラー、スクリプトがページ全体ではなく整理されたコンテキストを必要とする場合は、これらのリンクを使ってください。

Markdown詳細 GET /skills/k-dense-ai-deeptools.md 署名済み manifest GET /api/skills/k-dense-ai-deeptools/manifest 署名済み lockfile GET /api/skills/k-dense-ai-deeptools/lockfile

テストする

「deeptools」を使用しています。 treatmentとcontrolのChIP-seq BAMファイルを比較する必要があります。

期待される結果:

log2比の出力、リード数スケーリング、重複処理、後続のヒートマップガイダンスを含む、推奨されるbamCompareワークフロー。

「deeptools」を使用しています。 BAMファイルは準備できていますが、どのQCプロットを実行すべきかわかりません。

期待される結果:

サンプル相関、PCA、カバレッジ分布、フラグメントサイズ確認、ChIP濃縮fingerprintsを網羅したQC計画。

「deeptools」を使用しています。鎖特異的RNA-seqカバレッジトラックを作成したいです。

期待される結果:

鎖フィルタリング、CPM正規化、RNA-seqリードを延長しないようにという警告を含む、bamCoverageを使ったカバレッジ計画。

セキュリティ監査

高リスク

v7 • 2026/7/5 バージョン別レポートを開く

Most SKILL.md and reference findings are false positives caused by Markdown command examples and genomics option names. The confirmed risks are in scripts/workflow_generator.py, which writes shell scripts with unescaped user-provided paths and writes to caller-selected output files. No prompt injection or data exfiltration intent was found.

スキャンされたファイル

2,778

解析済み行数

レビュー項目

誤検知を無視

確認済みのセキュリティ上の懸念 (1)

高

scripts/workflow_generator.py:40-44 scripts/workflow_generator.py:115-121 scripts/workflow_generator.py:283-287

Generated Workflow Scripts Use Unescaped Shell Inputs

workflow_generator.py places CLI parameters such as BAM paths, BED paths, and output directories directly into bash templates. A crafted value can break quoting and run unintended shell commands when the generated script is executed.

The code assigns command-line values directly inside generated shell syntax and later uses those variables in commands. Exploitation requires running the generated workflow, so confidence is high but not absolute.

機能レビュー項目 (8)

これらは、このスキルに期待される可能性のある実際のローカル機能であるため、レビューが必要ですが、確認済みの悪意ある動作としてはカウントされません。

中

scripts/workflow_generator.py:35

Unix shell invocation

script = f"""#!/bin/bash

This starts a generated bash workflow template that embeds caller-provided paths and settings into shell syntax without shell escaping. The generator does not execute it immediately, but the produced script can run unintended commands if executed with crafted values.

中

scripts/workflow_generator.py:110

Unix shell invocation

script = f"""#!/bin/bash

中

scripts/workflow_generator.py:229

Unix shell invocation

script = f"""#!/bin/bash

中

scripts/workflow_generator.py:278

Unix shell invocation

script = f"""#!/bin/bash

中

scripts/workflow_generator.py:101

Python file write/append

with open(output_file, 'w') as f:

The generator writes to an output path supplied through the CLI without constraining location or requiring overwrite confirmation. In an agent-driven flow, an unsafe path could overwrite local files.

中

scripts/workflow_generator.py:220

Python file write/append

with open(output_file, 'w') as f:

The generator writes to an output path supplied through the CLI without constraining location or requiring overwrite confirmation. In an agent-driven flow, an unsafe path could overwrite local files.

中

scripts/workflow_generator.py:269

Python file write/append

with open(output_file, 'w') as f:

The generator writes to an output path supplied through the CLI without constraining location or requiring overwrite confirmation. In an agent-driven flow, an unsafe path could overwrite local files.

中

scripts/workflow_generator.py:355

Python file write/append

with open(output_file, 'w') as f:

The generator writes to an output path supplied through the CLI without constraining location or requiring overwrite confirmation. In an agent-driven flow, an unsafe path could overwrite local files.

リスク要因

⚙️ 外部コマンド (89)

scripts/workflow_generator.py:35 scripts/workflow_generator.py:110 scripts/workflow_generator.py:229 scripts/workflow_generator.py:278 SKILL.md:41-43 SKILL.md:43-51 SKILL.md:51-63 SKILL.md:63-67 SKILL.md:67-71 SKILL.md:71-73 SKILL.md:73-83 SKILL.md:83-96 SKILL.md:96-108 SKILL.md:108-110 SKILL.md:110-116 SKILL.md:116-118 SKILL.md:118-122 SKILL.md:122-124 SKILL.md:124-130 SKILL.md:130-135 SKILL.md:135-137 SKILL.md:137-144 SKILL.md:144-148 SKILL.md:148-151 SKILL.md:151-154 SKILL.md:154-158 SKILL.md:158-163 SKILL.md:163-166 SKILL.md:166-169 SKILL.md:169-173 SKILL.md:173-177 SKILL.md:177-182 SKILL.md:182-190 SKILL.md:190-193 SKILL.md:193-196 SKILL.md:196-200 SKILL.md:200-204 SKILL.md:204-221 SKILL.md:221-229 SKILL.md:229-230 SKILL.md:230-231 SKILL.md:231-232 SKILL.md:232-233 SKILL.md:233-235 SKILL.md:235-242 SKILL.md:242-243 SKILL.md:243 SKILL.md:246-247 SKILL.md:247 SKILL.md:248 SKILL.md:249 SKILL.md:252-253 SKILL.md:253-258 SKILL.md:258-267 SKILL.md:267-274 SKILL.md:274-275 SKILL.md:275-277 SKILL.md:277-282 SKILL.md:282-287 SKILL.md:287-293 SKILL.md:293-304 SKILL.md:304-306 SKILL.md:306-309 SKILL.md:309-310 SKILL.md:310-312 SKILL.md:312-315 SKILL.md:315 SKILL.md:318-323 SKILL.md:323-325 SKILL.md:325-388 SKILL.md:388-391 SKILL.md:391-400 SKILL.md:400-401 SKILL.md:401-402 SKILL.md:402-403 SKILL.md:403-406 SKILL.md:406-418 SKILL.md:418-435 SKILL.md:435-437 SKILL.md:437-443 SKILL.md:443-473 SKILL.md:473-474 SKILL.md:474-475 SKILL.md:475-476 SKILL.md:476-479 SKILL.md:479-488 SKILL.md:488-506 SKILL.md:506-524 SKILL.md:524-525

📁 ファイルシステムへのアクセス (4)

scripts/workflow_generator.py:101 scripts/workflow_generator.py:220 scripts/workflow_generator.py:269 scripts/workflow_generator.py:355

監査者: codex 監査履歴を表示 →

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https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-deeptools/audits/7?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Markdownバッジ

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-deeptools/security.svg)](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-deeptools?utm_source=security_passport_badge)

HTMLバッジ

<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-deeptools?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-deeptools/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

埋め込みカード

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-deeptools.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

学術引用 (APA · BibTeX · CFF)

APA形式の引用

K-Dense-AI. (2026). deeptools security audit report (audit version 7) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-deeptools/audits/7

BibTeX形式の引用

@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-deeptools-2026,
  author = {K-Dense-AI},
  title = {deeptools security audit report (audit version 7)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {7},
  url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-deeptools/audits/7},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "deeptools security audit report (audit version 7)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "K-Dense-AI"
date-released: "2026-07-05"
url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-deeptools/audits/7"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:k-dense-ai-deeptools:audit:7"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

バリアントを比較

インストール可能なバリアント 2 件

各作者のスキルは個別のインストール項目として維持されます。推奨バリアントは Skillstore の証拠で順位付けされます。

このバリアントが首位の理由

Skillstore での利用が多い

作者 / ソース Skillstore スコア証拠の信頼度 Skillstore 利用状況更新済み

K-Dense-AI 推奨現在

k-dense-ai-deeptools

Skillstore スコア 38

証拠の信頼度中

Skillstore 利用状況 14

更新済み

2026-09-09

davila7

davila7-deeptools

Skillstore スコア 38

証拠の信頼度中

Skillstore 利用状況 10

更新済み

2026-09-09

Skillstore スコア

このスコアの理由証拠の信頼度: 中

アーキテクチャ

保守性

コンテンツ

コミュニティ

仕様準拠

作成できるもの

ChIP-seq QCを準備する

相関、PCA、カバレッジ、フラグメントサイズ、fingerprint出力を含む品質管理ワークフローを作成します。

カバレッジトラックを構築する

正規化設定を選択し、アライン済みBAMファイルをゲノムブラウザ対応のbigWigトラックに変換します。

制御領域シグナルを可視化する

遺伝子、ピーク、またはその他のゲノム領域を中心に、computeMatrix、plotHeatmap、plotProfileの手順を設計します。

これらのプロンプトを試す

QCワークフローを開始する

1つのinput BAMと2つのChIP BAMファイル用に、deepTools ChIP-seq QCワークフローの作成を手伝ってください。各出力を説明してください。

正規化を選択する

同じゲノムビルド由来のBAMファイルがあります。サンプル間でシグナルを比較するためのdeepTools正規化方法を推奨してください。

ヒートマップ計画を作成する

私のbigWigファイルとgene BEDファイルを使って、TSS領域周辺のcomputeMatrixとplotHeatmapワークフローを設計してください。

完全なワークフローをレビューする

ATAC-seq用に計画しているdeepToolsワークフローをレビューしてください。Tn5補正、正規化、フラグメント解析、ヒートマップ手順を確認してください。

ベストプラクティス

deepToolsコマンドを実行する前に、BAMインデックス、BED形式、ファイルの読み取り可否を検証します。
実験の種類と比較目的に基づいて正規化を選択します。
フルデータセットを処理する前に、小さなゲノム領域でコマンドをテストします。

回避

ファイルパスと出力ディレクトリをレビューせずに、生成されたシェルスクリプトを実行しないでください。
BAMファイル、BEDファイル、有効ゲノムサイズの値の間でゲノムアセンブリを混在させないでください。
RNA-seqカバレッジ解析にChIP-seqのリード延長設定を使用しないでください。

よくある質問

このスキルはどの実験をサポートしていますか？

ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq、MNase-seq、および関連するNGSシグナル解析のdeepToolsワークフローをサポートします。

実行可能なスクリプトを生成できますか？

はい。ワークフロージェネレーターが含まれていますが、ユーザーは実行前に生成されたシェルスクリプトをレビューする必要があります。

deepToolsをインストールしますか？

インストールガイダンスを提供しますが、ユーザー環境にはdeepToolsと必要な依存関係が利用可能である必要があります。

私のファイルを検証できますか？

はい。含まれている検証スクリプトは、ファイルの存在、BAMインデックス、bigWigサイズ、基本的なBED形式を確認します。

どの正規化方法を使うべきですか？

このスキルは、実験と比較目的に基づいて、RPGC、CPM、RPKM、BPM、リード数スケーリングを説明します。

自動実行しても安全ですか？

shellエスケープが強制されていないため、生成されたワークフローは信頼できないパスで自動実行すべきではありません。

開発者情報

作成者

K-Dense-AI

ライセンス

BSD license

Skillstore リビジョン

バージョンに関する注意

作者はバージョンを宣言していません。

リポジトリ

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/deeptools

参照

a25199bc7d6b82598536822d1738eb5d5f54025b

メンテナンスの新しさ

2026/7/27

利用状況

12 ダウンロード · 192 閲覧

ファイル構成

📁 assets/

📄 quick_reference.md

📁 references/

📄 effective_genome_sizes.md

📄 normalization_methods.md

📄 tools_reference.md

📄 workflows.md

📁 scripts/

📄 validate_files.py

📄 workflow_generator.py

📄 SKILL.md