スキル packmol
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packmol
v1.0.0 コンテンツリビジョン r1 安全 📁 ファイルシステムへのアクセス⚙️ 外部コマンド🌐 ネットワークアクセス
Packmolで分子システムを構築
分子動力学の初期構造を準備するには、正確なPackmol構文とジオメトリの選択が必要です。このスキルは、Packmolワークフロー向けの入力、溶媒和セットアップ、界面、検証手順の作成を支援します。
対応: Claude Codex Code(CC)
自分のエージェントでインストール
このリクエストをエージェントにコピーしてください。正規の Skill ページとマニフェストが含まれています。
エージェントリクエスト
Review the Skillstore skill "packmol" from https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/chenghao-wu-packmol/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.エージェントは引き続き計画を提示し、セキュリティポリシーで必要な確認を求める必要があります。
エージェントが読めるリソース
AI エージェント、クローラー、スクリプトがページ全体ではなく整理されたコンテキストを必要とする場合は、これらのリンクを使ってください。
テストする
「packmol」を使用しています。 ユーザーが1000個の水分子からなるシミュレーションボックスを求めている。
期待される結果:
tolerance、ボックス寸法、structure数、出力名、検証チェックを含むPackmolセットアップ計画。
「packmol」を使用しています。 ユーザーが荷電タンパク質の溶媒和を求めている。
期待される結果:
シェルサイズ、推定イオン数、周期境界ボックスのガイダンス、成功確認を含むタンパク質溶媒和ワークフロー。
「packmol」を使用しています。 ユーザーが界面パッキング実行の失敗を報告している。
期待される結果:
拘束の競合、分子数、tolerance、段階的パッキングを扱うトラブルシューティング要約。
セキュリティ監査
安全v8 • 2026/7/5 バージョン別レポートを開く
Most static findings are false positives from Markdown code fences, relative documentation links, scientific terms, and reference URLs. The helper scripts write explicit output files and optionally run a fixed packmol command without shell interpolation. No prompt injection, data exfiltration intent, or hidden malicious behavior was found.
22
スキャンされたファイル
6,746
解析済み行数
0
レビュー項目
0
誤検知を無視
リスク要因
📁 ファイルシステムへのアクセス (21)
examples/basic/README.md:118 examples/interface/README.md:453 examples/interface/README.md:454 examples/interface/README.md:455 examples/interface/README.md:456 examples/solvation/README.md:262 examples/solvation/README.md:263 examples/solvation/README.md:264 examples/solvation/README.md:265 references/constraints.md:528 references/constraints.md:529 references/file_formats.md:467 references/file_formats.md:468 references/parameters.md:754 references/parameters.md:755 references/parameters.md:756 references/troubleshooting.md:681 references/troubleshooting.md:682 scripts/check_overlaps.py:85 scripts/generate_input.py:277 scripts/solvate_helper.py:365
⚙️ 外部コマンド (77)
scripts/solvate_helper.py:378 SKILL.md:19-21 SKILL.md:21-25 SKILL.md:25-27 SKILL.md:27-37 SKILL.md:37-47 SKILL.md:47-51 SKILL.md:51-53 SKILL.md:53-59 SKILL.md:59-85 SKILL.md:85-91 SKILL.md:91-107 SKILL.md:107-122 SKILL.md:122-128 SKILL.md:128-132 SKILL.md:132-133 SKILL.md:133-134 SKILL.md:134-135 SKILL.md:135 SKILL.md:136-148 SKILL.md:148-162 SKILL.md:162-169 SKILL.md:169 SKILL.md:175-177 SKILL.md:177-185 SKILL.md:185-199 SKILL.md:199-207 SKILL.md:207-225 SKILL.md:225-231 SKILL.md:231-232 SKILL.md:232-233 SKILL.md:233-237 SKILL.md:237 SKILL.md:238-239 SKILL.md:239-240 SKILL.md:240-241 SKILL.md:241-256 SKILL.md:256-260 SKILL.md:260-266 SKILL.md:266-274 SKILL.md:274-280 SKILL.md:280-282 SKILL.md:282-288 SKILL.md:288-295 SKILL.md:295-303 SKILL.md:303-305 SKILL.md:305-309 SKILL.md:309-311 SKILL.md:311-315 SKILL.md:315-317 SKILL.md:317-321 SKILL.md:321-323 SKILL.md:323-335 SKILL.md:335-338 SKILL.md:338-341 SKILL.md:341-348 SKILL.md:348-354 SKILL.md:354-363 SKILL.md:363-371 SKILL.md:371-384 SKILL.md:384-386 SKILL.md:386-388 SKILL.md:388-394 SKILL.md:394-400 SKILL.md:400-404 SKILL.md:404-409 SKILL.md:409-415 SKILL.md:415-427 SKILL.md:427-433 SKILL.md:433-439 SKILL.md:439-445 SKILL.md:445-447 SKILL.md:447-456 SKILL.md:456-458 SKILL.md:458 SKILL.md:468-474 SKILL.md:474-475
🌐 ネットワークアクセス (5)
最新の完了済み静的・セマンティック監査では、確認済みのセキュリティ検出事項は見つかりませんでした。これは、スキルに副作用がないことを証明するものではありません。
監査者: codex 監査履歴を表示 →
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[](https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol?utm_source=security_passport_badge)HTMLバッジ
<a href="https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/chenghao-wu-packmol/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>埋め込みカード
<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/chenghao-wu-packmol.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>学術引用 (APA · BibTeX · CFF)
APA形式の引用
Chenghao-Wu. (2026). packmol security audit report (audit version 8) [Author version 1.0.0]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol/audits/8BibTeX形式の引用
@techreport{chenghao-wu-chenghao-wu-packmol-2026,
author = {Chenghao-Wu},
title = {packmol security audit report (audit version 8)},
institution = {Skillstore},
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note = {Author version 1.0.0}
}CITATION.cff
cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "packmol security audit report (audit version 8)"
version: "1.0.0"
type: report
authors:
- name: "Chenghao-Wu"
date-released: "2026-07-05"
url: "https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol/audits/8"
identifiers:
- type: other
value: "skillstore:chenghao-wu-packmol:audit:8"
description: "Skillstore immutable audit report identifier"
Skillstore スコア
このスコアの理由 証拠の信頼度: 高 68
アーキテクチャ
100
保守性
85
コンテンツ
71
コミュニティ
83
仕様準拠
作成できるもの
溶媒ボックスを準備する
単一成分または混合溶媒ボックス向けに、明確なPackmol計画を作成します。
生体分子を溶媒和する
タンパク質系向けに、水、イオン、ボックス寸法、検証チェックを設定します。
界面システムを構築する
plane拘束と密度チェックを用いて、液液界面または液体-蒸気界面を設計します。
これらのプロンプトを試す
水ボックスを作成する
30オングストロームの立方体ボックス内に500個の水分子を配置するPackmol入力を作成してください。検証手順も含めてください。
混合溶媒を作成する
40オングストロームのボックス内に80:20の水/エタノール混合物を配置するPackmol計画を作成してください。
タンパク質を溶媒和する
protein.pdbを15オングストロームのシェル、中和イオン、0.15 M塩で溶媒和するのを手伝ってください。
収束をトラブルシュートする
私のPackmol拘束をレビューし、パッキングが収束しない可能性がある理由を説明してください。安全なパラメータ変更を提案してください。
ベストプラクティス
- 大規模な本番システムにスケールする前に、少ない分子数から始めてください。
- パッキング結果を比較する場合は、再現可能なseedを設定してください。
- MDセットアップの前に、重なりと密度のチェックで出力ジオメトリを検証してください。
回避
- Packmol出力が物理的に平衡化されていると仮定しないでください。
- 原子名とフォーマットを確認せずに、互換性のない分子ファイルを使用しないでください。
- 拘束の競合を解決する前に、分子数を増やさないでください。
よくある質問
このスキルは何の作成を支援しますか？
分子ボックス、溶媒和システム、界面、拘束付きジオメトリ向けのPackmol入力作成を支援します。
Packmolを実行してもらえますか？
コマンドの使用方法は案内できますが、Packmolは自分の環境にインストールして実行する必要があります。
力場ファイルを生成しますか？
いいえ。力場の割り当てではなく、初期座標とPackmol入力構造に重点を置いています。
収束失敗の支援はできますか？
はい。拘束、分子数、tolerance、段階的パッキングの選択肢をレビューできます。
どのファイル形式が対象ですか？
含まれているガイダンスは、Packmol PDB、XYZ、Tinker入力形式に重点を置いています。
科学的検証は引き続き必要ですか？
はい。本番使用の前に、密度、重なり、化学的妥当性、下流のMD設定を確認してください。
開発者情報
作成者
Chenghao-Wuライセンス
MIT
作者バージョン
v1.0.0
Skillstore リビジョン
r1
参照
02f077c174c5335e2f5d02ca15e77b70d9543e58
メンテナンスの新しさ
2026/7/18
利用状況
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