スキル busco-phylogeny
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busco-phylogeny
コンテンツリビジョン r2 高リスク ⚙️ 外部コマンド🌐 ネットワークアクセス📁 ファイルシステムへのアクセス
BUSCO系統ゲノミクスワークフローを生成
ゲノムアセンブリからの系統ゲノミクスには、多くのツール、スケジューラスクリプト、品質チェックが必要です。このスキルは、BUSCOまたはcompleasmによるオルソログ抽出、アラインメント、トリミング、系統樹推定、手法記述をガイドします。
対応: Claude Codex Code(CC)
インストール前に停止して確認を求めてください。
計画を確認し、ファイルを変更する前にユーザーの明示的な同意を得てください。
自分のエージェントでインストール
このリクエストをエージェントにコピーしてください。正規の Skill ページとマニフェストが含まれています。
エージェントリクエスト
Review the Skillstore skill "busco-phylogeny" from https://skillstore.io/skills/brunoasm-busco-phylogeny.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/brunoasm-busco-phylogeny/manifest. Verify the artifact. Stop and obtain explicit user consent before installing or changing files.エージェントは引き続き計画を提示し、セキュリティポリシーで必要な確認を求める必要があります。
エージェントが読めるリソース
AI エージェント、クローラー、スクリプトがページ全体ではなく整理されたコンテキストを必要とする場合は、これらのリンクを使ってください。
テストする
「busco-phylogeny」を使用しています。 24個の昆虫ゲノムアセンブリがあり、SLURMクラスタを利用できます。
期待される結果:
- 必要な質問、推奨BUSCOリネージ、ディレクトリ構成、スケジューラ戦略を含む構造化されたワークフロー計画。
- オルソログ検出、QC、アラインメント、トリミング、系統樹推定用に生成された一連のジョブスクリプト。
- 想定される系統樹ファイル、QCレポート、手法テキストの最終チェックリスト。
「busco-phylogeny」を使用しています。 分類群はわかっていますが、NCBIアセンブリアクセッションはまだありません。
期待される結果:
- アセンブリレベルとRefSeqステータスの選択基準を含む、ガイド付きのNCBIアセンブリ探索ステップ。
- アクセッション収集計画と、ゲノムダウンロードおよびサンプル名変更の次の手順。
「busco-phylogeny」を使用しています。 自分の系統ゲノミクススクリプトがクラスタ実行の準備ができているか確認してください。
期待される結果:
- ツールオプション、入出力の連続性、リソース要求、既知のスケジューラ前提を網羅した検証レポート。
- 大規模ジョブを投入する前に適用すべき具体的な修正。
セキュリティ監査
高リスクv9 • 2026/7/23 バージョン別レポートを開く
Most static matches are benign workflow syntax, documentation markup, fixed relative paths, or safe argument-list subprocess calls. Confirmed risks include eval-based command injection, unverified executable downloads, and predictable shared temporary directories. No prompt injection, credential collection, or data-exfiltration intent was found. Static review was capped at 400/549 representative findings; omitted static matches are unconfirmed, so automatic publishing stays disabled until manual review.
29
スキャンされたファイル
8,659
解析済み行数
32
レビュー項目
0
誤検知を無視
確認済みのセキュリティ上の懸念 (1)
高
Command Injection Through Eval
run_aliscore.sh concatenates user-controlled option values and an alignment basename into ALISCORE_CMD, then executes the string with eval. A crafted -o, -t, -w, -r, or filename value can run arbitrary shell commands.
The option parser directly appends positional values to a command string, and line 217 passes that string to eval. Shell metacharacters in those values are therefore interpreted as commands.
機能レビュー項目 (32)
これらは、このスキルに期待される可能性のある実際のローカル機能であるため、レビューが必要ですが、確認済みの悪意ある動作としてはカウントされません。
高
Hardcoded URL
GITHUB_BASE="https://raw.githubusercontent.com/brunoasm/my_claude_skills/main/phylo_from_buscos/scri
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
高
Hardcoded URL
if wget -q https://github.com/PatrickKueck/AliCUT/raw/master/Aliscore_v.2.0/Aliscore.02.2.pl -O scri
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
高
Hardcoded URL
wget -q https://github.com/PatrickKueck/AliCUT/raw/master/ALICUT_V2.3.1/ALICUT_V2.31.pl -O scripts/A
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
高
Hardcoded URL
wget -q https://github.com/PatrickKueck/AliCUT/raw/master/Aliscore_v.2.0/Aliscore_module.pm -O scrip
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
高
Hardcoded URL
wget https://raw.githubusercontent.com/PatrickKueck/AliCUT/master/Aliscore.02.2.pl
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
高
Hardcoded URL
wget https://raw.githubusercontent.com/PatrickKueck/AliCUT/master/Aliscore_module.pm
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
高
Hardcoded URL
wget https://raw.githubusercontent.com/PatrickKueck/AliCUT/master/ALICUT_V2.31.pl
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
高
Hardcoded URL
wget https://raw.githubusercontent.com/PatrickKueck/FASconCAT-G/master/FASconCAT-G_v1.06.1.pl
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
高
Hardcoded URL
wget https://github.com/iqtree/iqtree2/releases/download/v2.3.6/iqtree-2.3.6-Linux-intel.tar.gz
The instructions download an executable archive or installer without a checksum or signature before installation or execution. Compromise of the hosted artifact would allow code execution in the user's environment.
高
Hardcoded URL
wget https://github.com/iqtree/iqtree2/releases/download/v2.3.6/iqtree-2.3.6-macOS-intel.tar.gz
The instructions download an executable archive or installer without a checksum or signature before installation or execution. Compromise of the hosted artifact would allow code execution in the user's environment.
高
Hardcoded URL
wget https://github.com/iqtree/iqtree2/releases/download/v2.3.6/iqtree-2.3.6-macOS-arm.tar.gz
The instructions download an executable archive or installer without a checksum or signature before installation or execution. Compromise of the hosted artifact would allow code execution in the user's environment.
高
Hardcoded URL
wget https://github.com/smirarab/ASTRAL/raw/master/Astral.5.7.8.zip
The instructions download an executable archive or installer without a checksum or signature before installation or execution. Compromise of the hosted artifact would allow code execution in the user's environment.
高
Hardcoded URL
wget https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Miniforge3-Linux-x86_64.sh
The instructions download an executable archive or installer without a checksum or signature before installation or execution. Compromise of the hosted artifact would allow code execution in the user's environment.
高
Hardcoded URL
wget https://raw.githubusercontent.com/PatrickKueck/FASconCAT-G/master/FASconCAT-G_v1.06.1.pl -O FAS
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
中
Temp directory access
mkdir -p /tmp/phylo_downloads
The installation example reuses a predictable shared /tmp directory instead of creating a private directory. This permits local collisions and precreation attacks on installation artifacts.
中
Temp directory access
cd /tmp/phylo_downloads
The installation example enters a predictable shared /tmp directory without checking ownership or permissions. Another local process can precreate that path and influence downloaded installation files.
中
Temp directory access
rm -rf /tmp/phylo_downloads
The installation example recursively deletes a fixed shared /tmp path. Concurrent runs or a preexisting directory can cause cross-run data loss, so a private mktemp directory is required.
中
Temp directory access
mkdir -p /tmp/phylo_downloads
The installation example reuses a predictable shared /tmp directory instead of creating a private directory. This permits local collisions and precreation attacks on installation artifacts.
中
Temp directory access
cd /tmp/phylo_downloads
The installation example enters a predictable shared /tmp directory without checking ownership or permissions. Another local process can precreate that path and influence downloaded installation files.
中
Temp directory access
rm -rf /tmp/phylo_downloads
The installation example recursively deletes a fixed shared /tmp path. Concurrent runs or a preexisting directory can cause cross-run data loss, so a private mktemp directory is required.
中
Temp directory access
mkdir -p /tmp/phylo_downloads
The installation example reuses a predictable shared /tmp directory instead of creating a private directory. This permits local collisions and precreation attacks on installation artifacts.
中
Temp directory access
cd /tmp/phylo_downloads
The installation example enters a predictable shared /tmp directory without checking ownership or permissions. Another local process can precreate that path and influence downloaded installation files.
中
Temp directory access
rm -rf /tmp/phylo_downloads
The installation example recursively deletes a fixed shared /tmp path. Concurrent runs or a preexisting directory can cause cross-run data loss, so a private mktemp directory is required.
中
Temp directory access
mkdir -p /tmp/phylo_downloads
The installation example reuses a predictable shared /tmp directory instead of creating a private directory. This permits local collisions and precreation attacks on installation artifacts.
中
Temp directory access
cd /tmp/phylo_downloads
The installation example enters a predictable shared /tmp directory without checking ownership or permissions. Another local process can precreate that path and influence downloaded installation files.
中
Temp directory access
rm -rf /tmp/phylo_downloads
The installation example recursively deletes a fixed shared /tmp path. Concurrent runs or a preexisting directory can cause cross-run data loss, so a private mktemp directory is required.
中
Temp directory access
mkdir -p /tmp/phylo_downloads
The installation example reuses a predictable shared /tmp directory instead of creating a private directory. This permits local collisions and precreation attacks on installation artifacts.
中
Temp directory access
cd /tmp/phylo_downloads
The installation example enters a predictable shared /tmp directory without checking ownership or permissions. Another local process can precreate that path and influence downloaded installation files.
中
Temp directory access
rm -rf /tmp/phylo_downloads
The installation example recursively deletes a fixed shared /tmp path. Concurrent runs or a preexisting directory can cause cross-run data loss, so a private mktemp directory is required.
中
Temp directory access
mkdir -p /tmp/phylo_downloads
The installation example reuses a predictable shared /tmp directory instead of creating a private directory. This permits local collisions and precreation attacks on installation artifacts.
中
Temp directory access
cd /tmp/phylo_downloads
The installation example enters a predictable shared /tmp directory without checking ownership or permissions. Another local process can precreate that path and influence downloaded installation files.
中
Temp directory access
rm -rf /tmp/phylo_downloads
The installation example recursively deletes a fixed shared /tmp path. Concurrent runs or a preexisting directory can cause cross-run data loss, so a private mktemp directory is required.
リスク要因
⚙️ 外部コマンド (50)
references/REFERENCE.md:2204 references/REFERENCE.md:2219-2221 references/REFERENCE.md:89 references/REFERENCE.md:195 references/REFERENCE.md:219 references/REFERENCE.md:748 references/REFERENCE.md:752 references/REFERENCE.md:953 references/REFERENCE.md:958 references/REFERENCE.md:1010 references/REFERENCE.md:1180 references/REFERENCE.md:1357 references/REFERENCE.md:1481 references/REFERENCE.md:1482 references/REFERENCE.md:1512 references/REFERENCE.md:1513 references/REFERENCE.md:1543 references/REFERENCE.md:1544 references/REFERENCE.md:1567 references/REFERENCE.md:1579 references/REFERENCE.md:1614 references/REFERENCE.md:1651 references/REFERENCE.md:1652 references/REFERENCE.md:1677 references/REFERENCE.md:1678 references/REFERENCE.md:1694 references/REFERENCE.md:1716 references/REFERENCE.md:1750 references/REFERENCE.md:1751 references/REFERENCE.md:1772 references/REFERENCE.md:1773 references/REFERENCE.md:1788 references/REFERENCE.md:1812 references/REFERENCE.md:1813 references/REFERENCE.md:1828 references/REFERENCE.md:1851 references/REFERENCE.md:1852 references/REFERENCE.md:1867 references/REFERENCE.md:2006 references/REFERENCE.md:2007 references/REFERENCE.md:2039 references/REFERENCE.md:2040 references/REFERENCE.md:2068 references/REFERENCE.md:2098 references/REFERENCE.md:180 references/REFERENCE.md:204 references/REFERENCE.md:228 references/REFERENCE.md:670 references/REFERENCE.md:952 references/REFERENCE.md:957
🌐 ネットワークアクセス (33)
references/REFERENCE.md:685 references/REFERENCE.md:769 references/REFERENCE.md:785 references/REFERENCE.md:786 references/REFERENCE.md:787 references/REFERENCE.md:792 references/REFERENCE.md:934 references/REFERENCE.md:935 references/REFERENCE.md:938 references/REFERENCE.md:998 references/REFERENCE.md:1045 references/REFERENCE.md:1070 references/REFERENCE.md:1095 references/REFERENCE.md:1133 references/REFERENCE.md:1303 references/REFERENCE.md:2177 references/REFERENCE.md:2179 references/REFERENCE.md:2181 references/REFERENCE.md:2183 references/REFERENCE.md:2185 references/REFERENCE.md:2187 references/REFERENCE.md:2189 references/REFERENCE.md:2191 references/REFERENCE.md:2193 references/REFERENCE.md:2195 references/REFERENCE.md:2197 scripts/query_ncbi_assemblies.py:6 scripts/query_ncbi_assemblies.py:24 scripts/run_alicut.sh:35 scripts/run_aliscore.sh:40 SKILL.md:212 SKILL.md:284 SKILL.md:515
📁 ファイルシステムへのアクセス (50)
references/REFERENCE.md:518 references/REFERENCE.md:1649 references/REFERENCE.md:1656 references/REFERENCE.md:1675 references/REFERENCE.md:1680 references/REFERENCE.md:1691 references/REFERENCE.md:1697 references/REFERENCE.md:1711 references/REFERENCE.md:1718 references/REFERENCE.md:1747 references/REFERENCE.md:1753 references/REFERENCE.md:1769 references/REFERENCE.md:1775 references/REFERENCE.md:1785 references/REFERENCE.md:1789 references/REFERENCE.md:1810 references/REFERENCE.md:1815 references/REFERENCE.md:1825 references/REFERENCE.md:1829 references/REFERENCE.md:1849 references/REFERENCE.md:1854 references/REFERENCE.md:1864 references/REFERENCE.md:1868 references/REFERENCE.md:191 references/REFERENCE.md:215 references/REFERENCE.md:231 references/REFERENCE.md:1475 references/REFERENCE.md:1508 references/REFERENCE.md:1535 references/REFERENCE.md:1562 references/REFERENCE.md:1608 references/REFERENCE.md:1645 references/REFERENCE.md:1672 references/REFERENCE.md:1687 references/REFERENCE.md:1707 references/REFERENCE.md:1743 references/REFERENCE.md:1766 references/REFERENCE.md:1781 references/REFERENCE.md:1806 references/REFERENCE.md:1821 references/REFERENCE.md:1845 references/REFERENCE.md:1860 references/REFERENCE.md:1889 references/REFERENCE.md:1925 references/REFERENCE.md:1946 references/REFERENCE.md:2000 references/REFERENCE.md:2034 references/REFERENCE.md:2056 references/REFERENCE.md:2090 references/REFERENCE.md:191
監査者: codex 監査履歴を表示 →
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https://skillstore.io/skills/brunoasm-busco-phylogeny/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_reportMarkdownバッジ
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APA形式の引用
brunoasm. (2026). busco-phylogeny security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/brunoasm-busco-phylogeny/audits/9BibTeX形式の引用
@techreport{brunoasm-brunoasm-busco-phylogeny-2026,
author = {brunoasm},
title = {busco-phylogeny security audit report (audit version 9)},
institution = {Skillstore},
year = {2026},
number = {9},
url = {https://skillstore.io/skills/brunoasm-busco-phylogeny/audits/9},
note = {Author version unspecified}
}CITATION.cff
cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "busco-phylogeny security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
- name: "brunoasm"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/brunoasm-busco-phylogeny/audits/9"
identifiers:
- type: other
value: "skillstore:brunoasm-busco-phylogeny:audit:9"
description: "Skillstore immutable audit report identifier"
Skillstore スコア
このスコアの理由 証拠の信頼度: 中 77
アーキテクチャ
85
保守性
87
コンテンツ
70
コミュニティ
74
仕様準拠
作成できるもの
ゲノム系統樹を構築する
ゲノムアセンブリから連結解析および種系統樹の結果まで、完全なワークフローを作成します。
クラスタジョブを準備する
compleasm、アラインメント、トリミング、系統樹推定の各ステップ向けに、スケジューラ固有のスクリプトを生成します。
系統ゲノミクスパイプラインを文書化する
QCサマリー、出力チェックリスト、ツール引用を含む手法テキストの草案を作成します。
これらのプロンプトを試す
基本ワークフローを開始する
ローカルのゲノムアセンブリ用にBUSCO系統ゲノミクスワークフローを生成してください。最初に必要な質問をしてから、ディレクトリ構造と最初のセットアップ手順を推奨してください。
NCBIアセンブリを探す
対象分類群についてNCBIからゲノムアセンブリを探し、適切なアクセッションを選び、BUSCOまたはcompleasm系統樹解析用に準備するのを手伝ってください。
スケジューラスクリプトを作成する
ゲノム数、CPU上限、メモリ、walltime、BUSCOリネージを使用して、compleasm、MAFFTアラインメント、トリミング、IQ-TREE、ASTRAL用のSLURMまたはPBSスクリプトを作成してください。
パイプラインを最適化して検証する
クラスタで実行する前に、予定している系統ゲノミクスワークフローについて、リソース割り当て、パスの連続性、ツールオプション、置換モデル、不足している検証チェックを確認してください。
ベストプラクティス
- 生成されたスクリプトを実行する前に、ツールのバージョン、スケジューラの制限、Condaの有効化動作を確認します。
- 系統樹での追跡可能性を確保するため、アクセッションと種情報を含む安定したサンプル名を使用します。
- 並列ジョブの前にBUSCOリネージデータベースがキャッシュされるよう、最初のcompleasmジョブを個別に実行します。
回避
- リネージデータベースと環境セットアップを確認する前に、すべてのゲノムジョブを投入すること。
- 最終的な系統樹ラベルの追跡を難しくする曖昧なサンプル名を使用すること。
- 系統樹生成後にQCの解釈と手法文書化を省略すること。
よくある質問
このスキルは系統ゲノミクスツールを自動的に実行しますか？
主にワークフロースクリプトを生成および検証します。ユーザーは、それらのスクリプトを自身のローカル、SLURM、またはPBS環境で実行します。
NCBIゲノムを使用できますか？
はい。アセンブリの検索、ゲノムのダウンロード、系統樹ラベル用のファイル名変更に関するガイダンスとヘルパースクリプトが含まれています。
どのオルソログツールをサポートしていますか？
BUSCOまたはcompleasmのシングルコピーオルソログに重点を置き、その出力をアラインメントと系統樹構築のステップにつなげます。
クラスタジョブスクリプトを作成できますか？
はい。CPU、メモリ、walltime、リネージ、遺伝子座数のプレースホルダーを備えた、SLURM、PBS、ローカル実行用のテンプレートが含まれています。
最適な置換モデルを選択しますか？
モデルセットを推奨し、IQ-TREEのモデル選択を使用しますが、ユーザーは自身の分類群と配列タイプに対して選択内容を確認する必要があります。
スクリプトを実行する前に何を確認すべきですか？
ユーザーは、パス、スケジューラのアカウント設定、Condaの有効化、CPUとメモリの要求、ツールのバージョン、ダウンロードされたすべての依存関係を確認する必要があります。
開発者情報
作成者
brunoasmライセンス
MIT
Skillstore リビジョン
r2
バージョンに関する注意
作者はバージョンを宣言していません。
参照
a39a91716eadede5f4cdefd78178fed4e837a128
メンテナンスの新しさ
2026/7/24
利用状況
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