スキル sragent

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sragent

Name: sragent
Author: ArcInstitute

コンテンツリビジョン r2 高リスク 🌐 ネットワークアクセス📁 ファイルシステムへのアクセス🔑 環境変数⚙️ 外部コマンド

SRAgentでSRAメタデータを解析

SRAやGEOの研究では、多くの場合、手作業でのアクセッション変換、メタデータ確認、論文検索が必要です。このスキルは、データセット解析、ダウンロード、シングルセルシーケンシングレビューのためのSRAgentワークフローをガイドします。

対応: Claude Codex Code(CC)

⚠️ 38 不十分

インストール前に停止して確認を求めてください。

計画を確認し、ファイルを変更する前にユーザーの明示的な同意を得てください。

自分のエージェントでインストール

このリクエストをエージェントにコピーしてください。正規の Skill ページとマニフェストが含まれています。

エージェントリクエスト

Review the Skillstore skill "sragent" from https://skillstore.io/skills/arcinstitute-sragent.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/arcinstitute-sragent/manifest. Verify the artifact. Stop and obtain explicit user consent before installing or changing files.

エージェントは引き続き計画を提示し、セキュリティポリシーで必要な確認を求める必要があります。

エージェントが読めるリソース

AI エージェント、クローラー、スクリプトがページ全体ではなく整理されたコンテキストを必要とする場合は、これらのリンクを使ってください。

Markdown詳細 GET /skills/arcinstitute-sragent.md 署名済み manifest GET /api/skills/arcinstitute-sragent/manifest 署名済み lockfile GET /api/skills/arcinstitute-sragent/lockfile

テストする

「sragent」を使用しています。 GSE121737をSRXアクセッションに変換してください。

期待される結果:

結果には、GEO seriesに関連付けられたSRA studyが一覧表示されます。
続いて、下流のメタデータ確認に使う関連SRX experimentアクセッションが一覧表示されます。
応答では、GEO、SRA study、experiment、run識別子がどのように関連するかを説明します。

「sragent」を使用しています。 SRX4967527はsingle-cell RNA-seqデータですか？

期待される結果:

応答では、SRAメタデータとstudy説明から得られる根拠を要約します。
推定されるlibrary preparation technologyとsequencing platformを識別します。
メタデータフィールドが不完全または矛盾している場合は、不確実性を明記します。

「sragent」を使用しています。 CSVファイル内のアクセッションについて論文をダウンロードしてください。

期待される結果:

ワークフローはアクセッション列を確認し、SRAgentの論文取得を実行します。
結果では、PubMed ID、DOI値、ダウンロードパス、失敗を報告します。
利用不可またはpaywall付きの論文を、正常にダウンロードされた論文と分けて保持します。

セキュリティ監査

高リスク

v9 • 2026/7/23 バージョン別レポートを開く

Most matches are false positives caused by Markdown syntax, official URLs, placeholder credentials, and legitimate scientific database queries. Confirmed risks include secret disclosure, mutable source installation, predictable temporary files, command-line credentials, and silent file overwrite. No prompt injection or malicious exfiltration intent was found.

スキャンされたファイル

2,011

解析済み行数

レビュー項目

誤検知を無視

確認済みのセキュリティ上の懸念 (1)

高

references/quick-reference.md:353

Environment file access

cat .env

The command prints the entire .env file, which commonly contains API keys and other credentials. Its output can be captured by logs or model context.

機能レビュー項目 (10)

これらは、このスキルに期待される可能性のある実際のローカル機能であるため、レビューが必要ですが、確認済みの悪意ある動作としてはカウントされません。

高

README.md:115

Generic API/secret keys

- Check API keys: `echo $ANTHROPIC_API_KEY`

The troubleshooting command expands and prints the full ANTHROPIC_API_KEY. This can disclose a live credential through terminal output, logs, or agent context.

高

references/quick-reference.md:344

Generic API/secret keys

env | grep -E "API_KEY|EMAIL|DYNACONF"

The env and grep command prints the full values of every matching API key. This exposes credentials to terminal output, logs, and any observing agent.

高

SKILL.md:31-42

Ruby/shell backtick execution

```bash

This command block clones the mutable default branch and runs uv pip install . without pinning or integrity verification. Installation can execute repository-controlled build code.

高

SKILL.md:69-73

Ruby/shell backtick execution

Prompt the user to provide the environment variables if they are not already set as environment vari

The instruction tells the agent to prompt users for environment-variable values, including API secrets. Entering them in chat exposes credentials to model context and logs.

高

SKILL.md:414-425

Ruby/shell backtick execution

```bash

This executable block passes CORE_API_KEY as a command-line option. Shell expansion exposes the secret in process arguments and possibly execution telemetry.

高

SKILL.md:430-437

Ruby/shell backtick execution

```bash

The troubleshooting block runs uv pip install . from a local SRAgent checkout without verifying its revision or contents. Package installation may execute untrusted build hooks.

高

SKILL.md:422

Generic API/secret keys

--core-api-key "$CORE_API_KEY" \

The shell expands CORE_API_KEY into a command-line argument. Other local processes and execution telemetry may capture the secret from the process argument list.

中

references/usage-examples.md:198

Temp directory access

SRAgent entrez "Convert GSE196830 to SRX accessions" > /tmp/srx_list.txt

The workflow writes a predictable shared /tmp filename with shell redirection. An attacker could pre-create a symlink and redirect or corrupt the output on shared systems.

中

references/usage-examples.md:206

Temp directory access

done < /tmp/srx_list.txt > /tmp/metadata.txt

The workflow reads and overwrites predictable shared /tmp filenames. Another local user could replace the input or exploit a symlink to affect output.

中

SKILL.md:260-276

Ruby/shell backtick execution

```bash

This example uses cat > accessions.csv, which silently overwrites an existing file in the working directory. Agent execution could destroy user data without confirmation.

リスク要因

🌐 ネットワークアクセス (8)

README.md:10 SKILL.md:33 SKILL.md:441 SKILL.md:479 SKILL.md:481 SKILL.md:482 SKILL.md:483 SKILL.md:480

📁 ファイルシステムへのアクセス (8)

README.md:54 README.md:55 README.md:109 README.md:54 README.md:55 README.md:109 references/usage-examples.md:198 references/usage-examples.md:206

🔑 環境変数 (22)

⚙️ 外部コマンド (50)

SKILL.md:23-25 SKILL.md:25-29 SKILL.md:29-31 SKILL.md:31-42 SKILL.md:42-45 SKILL.md:45-47 SKILL.md:47-52 SKILL.md:52-54 SKILL.md:54-56 SKILL.md:56-58 SKILL.md:58-60 SKILL.md:60-62 SKILL.md:62-64 SKILL.md:64-66 SKILL.md:66-69 SKILL.md:69-73 SKILL.md:73-81 SKILL.md:81-87 SKILL.md:87-93 SKILL.md:93-140 SKILL.md:140-150 SKILL.md:150-159 SKILL.md:159-161 SKILL.md:161-177 SKILL.md:177-189 SKILL.md:189-191 SKILL.md:191-200 SKILL.md:200-201 SKILL.md:201 SKILL.md:202-205 SKILL.md:205-220 SKILL.md:220-223 SKILL.md:223-229 SKILL.md:229-230 SKILL.md:230-231 SKILL.md:231-236 SKILL.md:236-245 SKILL.md:245-248 SKILL.md:248-257 SKILL.md:257-260 SKILL.md:260-276 SKILL.md:276-279 SKILL.md:279-288 SKILL.md:288-296 SKILL.md:296-314 SKILL.md:314-320 SKILL.md:320-337 SKILL.md:337-342 SKILL.md:342 SKILL.md:343

監査者: codex 監査履歴を表示 →

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https://skillstore.io/skills/arcinstitute-sragent/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Markdownバッジ

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/arcinstitute-sragent/security.svg)](https://skillstore.io/skills/arcinstitute-sragent?utm_source=security_passport_badge)

HTMLバッジ

<a href="https://skillstore.io/skills/arcinstitute-sragent?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/arcinstitute-sragent/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

埋め込みカード

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/arcinstitute-sragent.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

学術引用 (APA · BibTeX · CFF)

APA形式の引用

ArcInstitute. (2026). sragent security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/arcinstitute-sragent/audits/9

BibTeX形式の引用

@techreport{arcinstitute-arcinstitute-sragent-2026,
  author = {ArcInstitute},
  title = {sragent security audit report (audit version 9)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {9},
  url = {https://skillstore.io/skills/arcinstitute-sragent/audits/9},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "sragent security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "ArcInstitute"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/arcinstitute-sragent/audits/9"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:arcinstitute-sragent:audit:9"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

Skillstore スコア

このスコアの理由証拠の信頼度: 中

アーキテクチャ

保守性

コンテンツ

コミュニティ

仕様準拠

作成できるもの

データセットレビュー用にアクセッションを変換

より深い解析の前に、GSE、SRP、PRJNA、SRX、SRR識別子を変換します。

シングルセル実験メタデータを検証

シーケンシング実験について、organism、platform、library preparation、single-cell technologyを確認します。

SRA研究の論文を収集

アクセッションリストについて、関連文献を見つけ、DOI情報を抽出し、利用可能な原稿をダウンロードします。

これらのプロンプトを試す

1つのアクセッションを変換

GSE121737をSRXアクセッションに変換し、識別子間の関係を説明してください。

実験メタデータを要約

SRX4967527について、organism、sequencing platform、library strategy、推定されるassay typeを含めて要約してください。

データセットの文献を検索

PRJNA498286に関連付けられた文献を見つけ、PubMed ID、DOIステータス、利用可能な原稿ダウンロードを報告してください。

研究をバッチ注釈付け

GSE196830のすべてのSRXアクセッションについて、technology、organism、paper links、download statusを含むメタデータ表を作成してください。

ベストプラクティス

アクセッションまたは論文ワークフローを実行する前に、SRAgentがインストールされていることを確認します。
シークレットには存在確認を使用し、APIキーの値を出力しないようにします。
NCBI、CORE、PubMed、および出版社のレート制限を尊重するため、バッチの同時実行数を制限します。

回避

APIキー、サービスアカウントファイル、または.envの内容をチャットに貼り付けないでください。
出力パスと予想されるファイル量を確認せずに、バッチダウンロードを実行しないでください。
オープンアクセスの可用性を確認せずに、論文ダウンロードの失敗をデータセットエラーとして扱わないでください。

よくある質問

このスキルはどのデータベースのクエリに役立ちますか？

SRA、GEO、ENA関連のアクセッション、PubMedリンク、および関連するゲノミクスメタデータソースに重点を置いています。

このスキルはSRAgentを自動的にインストールしますか？

いいえ。ローカルのSRAgentインストール向けのセットアップとコマンドガイダンスを提供します。

どのAPIキーが必要になる場合がありますか？

モデル呼び出しにはOpenAIまたはAnthropicのキーが必要になる場合があります。NCBI、CORE、Google Cloudのキーは、一部のワークフローでは任意です。

BigQueryなしで動作しますか？

はい。ドキュメントでは、Google Cloud認証情報が利用できない場合のEntrezベースのフォールバックワークフローを説明しています。

関連付けられたすべての論文をダウンロードできますか？

いいえ。ダウンロードは、オープンアクセスの可用性、出版社のアクセス権、サードパーティサービスの制限に依存します。

これはsingle-cell RNA-seq専用ですか？

いいえ。多くのシーケンシング実験を調査でき、single-cell technologyの識別について追加ガイダンスを提供します。

開発者情報

作成者

ArcInstitute

ライセンス

MIT

Skillstore リビジョン

バージョンに関する注意

作者はバージョンを宣言していません。

リポジトリ

https://github.com/ArcInstitute/SRAgent/tree/main/claude-skill/

参照

89edfdc710d0846129dcee6a929477b04f08052c

メンテナンスの新しさ

2026/7/25

利用状況

7 ダウンロード · 524 閲覧

ファイル構成

📄 README.md

📁 references/

📄 example-settings.yml

📄 metadata-fields.md

📄 quick-reference.md

📄 usage-examples.md

📄 SKILL.md

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