Compétences reactome-database
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reactome-database

Sûr ⚡ Contient des scripts🌐 Accès réseau

Interroger la base de données des voies Reactome

Également disponible depuis: davila7

Analyser les voies biologiques et les listes de gènes en utilisant la base de données Reactome. Effectuer une analyse d'enrichissement des voies, mapper les gènes aux voies et explorer les interactions moléculaires pour la recherche en biologie des systèmes.

Prend en charge: Claude Codex Code(CC)
🥉 76 Bronze
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Utilisation de "reactome-database". Analyser les gènes pour l'enrichissement des voies : TP53, BRCA1, EGFR

Résultat attendu:

  • Résultats de l'analyse :
  • • 3 gènes soumis
  • • Jeton : XXXXXX (valide 7 jours)
  • • Voie principale : Cell Cycle, Mitotic (R-HSA-69278)
  • • p-valeur : 0,000023, FDR : 0,00156
  • • Voir dans le navigateur : https://reactome.org/PathwayBrowser/...

Utilisation de "reactome-database". Requêter la voie R-HSA-69278

Résultat attendu:

  • Voie : Cell Cycle, Mitotic
  • • ID : R-HSA-69278
  • • Type : Voie
  • • Espèce : Homo sapiens
  • • Description : Cycle de division cellulaire constitué de phases interphase et mitotique...

Utilisation de "reactome-database". Rechercher des voies d'apoptose

Résultat attendu:

  • Résultats de recherche pour 'apoptosis' :
  • • R-HSA-109606 : Extrinsic Pathway of Apoptosis
  • • R-HSA-111885 : Intrinsic Pathway of Apoptosis
  • • R-HSA-1234154 : Regulation of Apoptosis
  • • R-HSA-1388673 : Apoptotic Nuclear Fragmentation

Audit de sécurité

Sûr
v4 • 1/17/2026

Legitimate bioinformatics skill querying Reactome pathway database. All 217 static findings are false positives: markdown backticks misidentified as shell commands, HTTP calls to known scientific API (reactome.org) are standard data retrieval, and documentation references flagged as crypto issues are harmless text. No malicious patterns confirmed.

4
Fichiers analysés
1,257
Lignes analysées
2
résultats
4
Total des audits

Facteurs de risque

⚡ Contient des scripts (1)
scripts/reactome_query.py:1-287
🌐 Accès réseau (1)
scripts/reactome_query.py:31-32
Audité par: claude Voir l’historique des audits →

Score de qualité

64
Architecture
100
Maintenabilité
85
Contenu
30
Communauté
100
Sécurité
83
Conformité aux spécifications

Ce que vous pouvez construire

Analyse d'enrichissement de jeux de gènes

Soumettre des listes de gènes issues de RNA-seq ou de protéomique pour identifier les voies biologiques enrichies

Mapping de voies inter-espèces

Mapper les gènes de souris ou d'organismes modèles aux voies humaines pour une analyse comparative

Exploration des voies

Requêter des voies spécifiques pour comprendre les mécanismes moléculaires et les associations avec les maladies

Essayez ces prompts

Requête de voie de base 
Requêter la base de données Reactome pour la voie R-HSA-69278 et me montrer le nom de la voie, l'espèce et la description
Enrichissement génétique 
Analyser ces gènes pour l'enrichissement des voies : TP53, BRCA1, EGFR, MYC, CDK1. Montrer les voies significatives avec les valeurs FDR
Recherche de voies 
Rechercher dans Reactome des voies liées à l'apoptose et me montrer les 10 premiers résultats avec leurs identifiants de voie
Recherche d'entités 
Lister toutes les protéines et molécules participantes dans la voie du Cycle Cellulaire (R-HSA-69278)

Bonnes pratiques

  • Stocker les jetons d'analyse pour récupérer les résultats ultérieurement sans soumettre à nouveau les gènes
  • Filtrer les résultats par seuil FDR (défaut 0,05) pour se concentrer sur les voies significatives
  • Utiliser le point de terminaison de projection pour les espèces non humaines pour mapper les gènes aux voies humaines

Éviter

  • Soumettre les gènes un par un au lieu d'une soumission par lots
  • Ignorer la validité de 7 jours du jeton pour la récupération des résultats
  • Ne pas vérifier la compatibilité des espèces lors de l'analyse de données inter-espèces

Foire aux questions

Quels formats d'identifiants Reactome accepte-t-il ?
UniProt accessions, symboles de gènes, identifiants Ensembl, identifiants EntrezGene, ChEBI pour les petites molécules.
Combien de temps les jetons d'analyse sont-ils valides ?
Les jetons d'analyse sont valides 7 jours. Stockez-les pour récupérer les résultats sans nouvelle soumission.
Puis-je analyser des gènes non humains ?
Oui, utilisez le point de terminaison de projection pour mapper la souris, le rat ou d'autres espèces aux voies humaines.
Quel est le format de sortie ?
JSON avec les voies, les p-valeurs, FDR, les comptes d'entités et les jetons pour la visualisation dans le navigateur.
Cette compétence fonctionne hors ligne ?
Non, cette compétence nécessite un accès Internet pour requêter l'API REST Reactome.
Combien de voies y a-t-il dans Reactome ?
Reactome contient plus de 2 825 voies humaines avec plus de 16 000 réactions et plus de 11 000 protéines.

Détails du développeur

Auteur

K-Dense-AI

Licence

MIT

Dépôt

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/reactome-database

Réf

main

Structure de fichiers

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 reactome_query.py

📄 SKILL.md