Compétences omero-integration

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omero-integration

Name: omero-integration
Author: K-Dense-AI

Risque faible ⚙️ Commandes externes📁 Accès au système de fichiers🔑 Variables d’environnement🌐 Accès réseau

Accéder aux données de microscopie OMERO avec Python

Également disponible depuis: davila7

Cette compétence fournit un accès via l'API Python à OMERO, une plateforme de gestion d'images scientifiques pour la microscopie et le criblage à haut contenu. Connectez-vous aux serveurs OMERO, récupérez des images, analysez les données de pixels et gérez les annotations par programmation.

Prend en charge: Claude Codex Code(CC)

📊 70 Adéquat

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Activez et commencez à utiliser

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Utilisation de "omero-integration". Comment me connecter à OMERO et lister tous mes projets ?

Résultat attendu:

- Utiliser BlitzGateway avec un gestionnaire de contexte pour le nettoyage automatique
- Appeler conn.connect() pour établir la connexion
- Utiliser conn.listProjects() pour récupérer tous les projets
- Accéder aux noms de projets avec project.getName()

Utilisation de "omero-integration". Créer une image à partir d'un tableau NumPy dans OMERO

Résultat attendu:

- Utiliser la méthode conn.createImageFromNumpySeq()
- Passer un générateur ou une liste de tableaux NumPy
- Spécifier les dimensions size_z, size_c, size_t
- Lien optionnel vers un ensemble de données en passant l'objet dataset

Audit de sécurité

Risque faible

v4 • 1/17/2026

Documentation-only skill for OMERO scientific imaging platform. All 655 static findings are false positives. Scanner misidentified markdown code block delimiters as shell commands, random number generation as weak crypto, and legitimate API calls as reconnaissance.

Fichiers analysés

5,433

Lignes analysées

résultats

Total des audits

Facteurs de risque

⚙️ Commandes externes

Aucun emplacement spécifique enregistré

📁 Accès au système de fichiers

Aucun emplacement spécifique enregistré

🔑 Variables d’environnement

Aucun emplacement spécifique enregistré

🌐 Accès réseau

Aucun emplacement spécifique enregistré

Audité par: claude Voir l’historique des audits →

Score de qualité

Architecture

100

Maintenabilité

Contenu

Communauté

Sécurité

Conformité aux spécifications

Ce que vous pouvez construire

Gérer de grands ensembles de données d'images

Organiser et récupérer des milliers d'images de microscopie à partir des dépôts OMERO pour l'analyse et le reporting.

Automatiser les pipelines d'analyse d'images

Extraire les données de pixels des images en séries temporelles et stocker directement les résultats de mesure dans OMERO.

Workflows de criblage à haut contenu

Traiter les données de criblage basées sur des plaques et suivre les résultats à travers les conditions expérimentales.

Essayez ces prompts

Connexion de base

Montrez-moi comment me connecter à un serveur OMERO en utilisant BlitzGateway avec des variables d'environnement pour les identifiants.

Récupération d'images

Écrivez du code Python pour lister toutes les images dans un ensemble de données OMERO spécifique et obtenir leurs dimensions de pixels.

Analyse de pixels

Comment accéder aux données de pixels brutes d'une image OMERO sous forme de tableau NumPy et calculer les statistiques d'intensité ?

Gestion des ROI

Montrez-moi comment créer des ROI rectangulaires sur une image, extraire les intensités de pixels dans ces régions et stocker les résultats dans une table OMERO.

Bonnes pratiques

Utiliser des gestionnaires de contexte (avec BlitzGateway) pour le nettoyage automatique des connexions
Stocker les identifiants dans des variables d'environnement, jamais en dur dans le code
Utiliser le paramètre secure=True pour les connexions chiffrées en production
Fermer les connexions une fois terminées pour libérer les ressources du serveur

Éviter

Coder les identifiants directement dans le code source
Laisser les connexions ouvertes sans utiliser de gestionnaires de contexte ou close() explicite
Traiter de grands ensembles de données sans pagination ou streaming

Foire aux questions

Qu'est-ce que OMERO ?

OMERO est une plateforme open-source pour gérer, visualiser et analyser les images de microscopie et les métadonnées dans la recherche scientifique.

Ai-je besoin d'un serveur OMERO ?

Oui, cette compétence nécessite l'accès à un serveur OMERO en cours d'exécution avec des identifiants utilisateur valides pour se connecter et effectuer des opérations.

Quel langage de programmation est utilisé ?

La compétence fournit des exemples Python utilisant la bibliothèque omero-py (API BlitzGateway) pour toutes les opérations.

Puis-je traiter de grands ensembles de données d'images ?

Oui, utilisez la pagination, limitez les résultats et envisagez des scripts côté serveur pour éviter de transférer de grandes quantités de données localement.

Comment les identifiants sont-ils gérés ?

Les identifiants doivent être chargés à partir de variables d'environnement (os.environ.get) ou de fichiers de configuration sécurisés, jamais codés en dur.

Quels formats d'images sont pris en charge ?

OMERO prend en charge de nombreux formats incluant TIFF, PNG, JPEG et les formats de microscopie propriétaires via Bio-Formats.