metabolomics-workbench-database
Interroger la base de données Metabolomics Workbench
Également disponible depuis: davila7
Rechercher et récupérer des données métabolomiques de la base de données NIH Metabolomics Workbench contenant plus de 4 200 études. Accéder aux structures de métabolites, aux métadonnées des études, à la nomenclature RefMet et effectuer des recherches par spectrométrie de masse.
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Utilisation de "metabolomics-workbench-database". Trouver toutes les études contenant de la tyrosine
Résultat attendu:
- 47 études contenant de la tyrosine trouvées :
- ST000001 - Analyse métabolomique complète du métabolisme des acides aminés
- ST000015 - Voies métaboliques de la tyrosine dans les tissus hépatiques
- ST000042 - Profilage des acides aminés sériques dans les troubles métaboliques
- Résumé : Metabolomics Workbench contient 47 études mesurant la tyrosine à travers divers tissus, espèces et états pathologiques.
Utilisation de "metabolomics-workbench-database". Rechercher des composés avec m/z 180.06 utilisant l'adduit M+H
Résultat attendu:
- Meilleures correspondances pour m/z 180,06 (M+H, tolérance 0,5 Da) :
- Registre 11 : Glucose (C6H12O6) - masse exacte 179,058
- Registre 156 : Fructose (C6H12O6) - masse exacte 179,058
- Registre 203 : Mannose (C6H12O6) - masse exacte 179,058
- Note : Ces monosaccharides partagent la même formule moléculaire
Audit de sécurité
SûrAll 344 static findings are FALSE POSITIVES. The analyzer misidentified markdown documentation code blocks as shell commands, mass spectrometry ion adduct notation (M+H, M-H) as weak cryptographic algorithms, and legitimate database API calls as suspicious network activity. This is a documentation-only skill for the NIH Metabolomics Workbench - a legitimate scientific research database. No executable code exists.
Facteurs de risque
🌐 Accès réseau (2)
⚙️ Commandes externes (2)
📁 Accès au système de fichiers (1)
Score de qualité
Ce que vous pouvez construire
Trouver des études pour un métabolite
Rechercher toutes les études métabolomiques contenant des mesures d'un métabolite spécifique comme le glucose ou le citrate.
Identifier des composés à partir de données MS
Entrer des valeurs m/z provenant de la spectrométrie de masse pour identifier les candidats métabolites potentiels correspondant à vos données.
Filtrer les études par maladie
Trouver des études métabolomiques pour des maladies spécifiques comme le diabète ou le cancer en utilisant des plateformes analytiques spécifiques.
Essayez ces prompts
Trouver toutes les études dans Metabolomics Workbench qui contiennent des mesures de [metabolite_name]. Renvoyer les identifiants d'étude et de brèves descriptions.
Rechercher dans Metabolomics Workbench les composés correspondant à m/z [value] avec l'adduit [M+H] et une tolérance de 0,5 Da. Lister les meilleures correspondances.
Utiliser RefMet pour standardiser le nom de métabolite [common_name]. Renvoyer le nom standardisé et la hiérarchie de classification.
Trouver des études métabolomiques de sang humain sur [disease_name] utilisant la méthode analytique [LCMS ou GCMS ou NMR].
Bonnes pratiques
- Utiliser RefMet pour standardiser les noms de métabolites avant de rechercher des études pour des résultats cohérents
- Définir une tolérance de masse appropriée basée sur la résolution de votre instrument (0,5 Da pour MS basse résolution, 0,01 Da pour MS haute résolution)
- Mettre en cache la base de données RefMet localement pour réduire les appels API lors de nombreuses requêtes
Éviter
- Rechercher des métabolites sans utiliser la standardisation RefMet peut manquer des études pertinentes
- Utiliser une tolérance de masse excessive renvoie trop de faux positifs
- Faire des requêtes séquentielles rapides sans délai peut déclencher une limitation de taux