Compétences hmdb-database
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hmdb-database

Sûr ⚡ Contient des scripts🌐 Accès réseau📁 Accès au système de fichiers🔑 Variables d’environnement⚙️ Commandes externes

Rechercher dans la base de données du métabolome humain

Également disponible depuis: davila7

Cette compétence donne accès à la base de données du métabolome humain contenant plus de 220 000 entrées de métabolites. Les chercheurs peuvent rechercher par nom chimique, structure ou identifiant pour obtenir les propriétés, les spectres et les données biomarqueurs pour les études de métabolomique.

Prend en charge: Claude Codex Code(CC)
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Utilisation de "hmdb-database". Find information about caffeine including its HMDB ID, molecular weight, and whether it is a known biomarker.

Résultat attendu:

  • HMDB ID: HMDB0001854 (Caféine)
  • Formule chimique: C8H10N4O2
  • Poids moléculaire: 194,19 g/mol
  • SMILES: CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C
  • Statut: Détecté dans le sang, l'urine, la salive
  • Statut de biomarqueur: Non - actuellement pas Listed as a disease biomarker
  • Emplacements des biospécimens: Sang, Urine, Salive, Lait maternel
  • Concentration dans l'urine: Typiquement 0,1-10 mg/L (varie selon l'apport en caféine)

Utilisation de "hmdb-database". Search for metabolites that are biomarkers for diabetes and show their normal and abnormal concentration ranges in blood.

Résultat attendu:

  • Plusieurs métabolites HMDB sont associés au statut de biomarqueur du diabète :
  • 1. Glucose (HMDB0000122) - Élevé dans les conditions diabétiques
  • 2. HbA1c (HMDB0000741) - Biomarqueur clé de surveillance du diabète
  • 3. Fructosamine (HMDB0002044) - Indicateur du contrôle glycémique à court terme
  • Les plages de concentration sanguine typiques seront indiquées avec les considérations d'âge et d'état.

Utilisation de "hmdb-database". What metabolic pathways involve cholesterol and what are the associated SMPDB pathway IDs?

Résultat attendu:

  • Le cholestérol (HMDB0000067) est impliqué dans de multiples voies :
  • 1. Biosynthèse des stéroïdes (SMP0000001)
  • 2. Biosynthèse des acides biliaires (SMP0000012)
  • 3. Métabolisme des lipides (SMP0000035)
  • Chaque voie montre les enzymes associées, les réactions et les référencements croisés vers KEGG.

Audit de sécurité

Sûr
v4 • 1/17/2026

This is a pure documentation skill with no executable code. All 129 static findings are FALSE POSITIVES caused by markdown formatting patterns being misidentified as security issues. The backticks detected are markdown inline code spans (e.g., `accession`, `smiles`, `inchi`), not Ruby/shell command execution. The 'weak cryptographic algorithm' detections are chemical identifiers (InChI/InChIKey), not encryption. The hardcoded URLs are legitimate HMDB database endpoints essential to the skill's function. No code, network calls, file system access, or command execution exists.

3
Fichiers analysés
1,203
Lignes analysées
5
résultats
4
Total des audits

Facteurs de risque

⚡ Contient des scripts
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Score de qualité

41
Architecture
90
Maintenabilité
87
Contenu
21
Communauté
100
Sécurité
83
Conformité aux spécifications

Ce que vous pouvez construire

Identifier les métabolites inconnus

Faire correspondre les spectres MS ou RMN expérimentaux avec les bibliothèques de référence HMDB pour identifier les composés inconnus dans les échantillons.

Trouver les associations de biomarqueurs

Rechercher les métabolites associés à des maladies spécifiques et examiner les plages de concentration pour les applications diagnostiques.

Référencer croisé les identifiants chimiques

Mapper les entrées HMDB vers des bases de données externes comme KEGG, PubChem et ChEBI pour l'analyse intégrée des voies.

Essayez ces prompts

Recherche de métabolite de base 
Trouvez des informations sur {metabolite_name} dans HMDB. Incluez sa formule chimique, son poids moléculaire et sa chaîne SMILES.
Recherche de biomarqueur 
Recherchez dans HMDB les métabolites qui servent de biomarqueurs pour {disease_name}. Listez leurs plages de concentration dans les fluides biologiques pertinents.
Correspondance spectrale 
Trouvez les métabolites HMDB avec des spectres RMN correspondant à une RMN protonique à 600 MHz. Quels composés ont des pics dans la région aromatique 7-8 ppm ?
Intégration des voies 
Trouvez les identifiants de voie SMPDB pour les métabolites dans la voie {pathway_name. Faites un référencement croisé avec les identifiants de voie KEGG.

Bonnes pratiques

  • Citez toujours HMDB dans les publications en utilisant le format recommandé dans leur documentation
  • Notez la version HMDB (actuellement v5.0) dans votre recherche pour la reproductibilité
  • Téléchargez des ensembles de données complets pour l'analyse à grande échelle plutôt que de faire des requêtes Web répétées

Éviter

  • N'essayez pas le scraping Web contre HMDB - contactez-les pour l'accès API à la place
  • Ne supposez pas que tous les champs sont remplis pour chaque métabolite (les données de concentration sont rares)
  • Ne confondez pas les données spectrales prédites avec les données expérimentales sans vérifier les indicateurs de qualité

Foire aux questions

Comment accéder à HMDB de manière programmatique ?
HMDB n'offre pas d'API REST publique. Contact eponine@ualberta.ca pour l'accès académique ou utilisez le package R hmdbQuery.
Quels formats de fichiers puis-je télécharger ?
HMDB propose les formats XML, SDF, FASTA, TXT, CSV et TSV pour différents types de données y compris les structures et les spectres.
Combien de métabolites contient HMDB ?
La version 5.0 de HMDB contient plus de 220 000 entrées de métabolites avec plus de 130 champs de données par composé.
Puis-je utiliser HMDB à des fins commerciales ?
L'utilisation commerciale nécessite une permission explicite. Contact samackay@ualberta.ca pour demander une licence commerciale.
Avec quels identifiants puis-je rechercher ?
Recherchez par numéro d'accès HMDB, nom de métabolite, synonymes, SMILES, InChI, InChIKey, ou référencements croisés KEGG/PubChem.
HMDB inclut-il des données spectrales ?
Oui, les spectres RMN (1H, 13C, 2D), MS, MS-MS, GC-MS et LC-MS sont disponibles pour de nombreux métabolites.

Détails du développeur

Auteur

K-Dense-AI

Licence

HMDB is offered to the public as a freely available resource. Use and re-distribution of the data, in whole or in part, for commercial purposes requires explicit permission of the authors and explicit acknowledgment of the source material (HMDB) and the original publication (see the HMDB citing page). We ask that users who download significant portions of the database cite the HMDB paper in any resulting publications.

Dépôt

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/hmdb-database

Réf

main

Structure de fichiers

📁 references/

📄 hmdb_data_fields.md

📄 SKILL.md