Compétences gget
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gget

Sûr 🌐 Accès réseau📁 Accès au système de fichiers

Interroger les bases de données génomiques pour obtenir des informations et des séquences de gènes

Également disponible depuis: davila7

gget offre un accès unifié à plus de 20 bases de données génomiques via une interface CLI ou Python simple. Interrogez des informations sur les gènes, récupérez des séquences, effectuez des recherches BLAST et exécutez des analyses d'enrichissement sans gérer plusieurs connexions API.

Prend en charge: Claude Codex Code(CC)
🥈 78 Argent
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3

Activez et commencez à utiliser

Tester

Utilisation de "gget". Rechercher le gène BRCA1 chez l'humain

Résultat attendu:

  • Trouvé : ENSG00000012048 (BRCA1)
  • Description : BRCA1 DNA repair associated
  • ID UniProt : P38398
  • Chromosome : 17q21.31
  • Biotype : codant pour les protéines

Utilisation de "gget". Obtenir l'expression tissulaire pour ACE2

Résultat attendu:

  • Rein : expression médiane 245.3
  • Testicule : expression médiane 189.7
  • Intestin grêle : expression médiane 156.2
  • Vessie : expression médiane 98.4

Audit de sécurité

Sûr
v4 • 1/17/2026

This is legitimate bioinformatics software. All 614 static findings are false positives: markdown code fences were misidentified as Ruby shell execution, hardcoded URLs are public genomic databases (Ensembl, UniProt, NCBI), cryptographic patterns are data integrity checksums, and the critical heuristic is standard bioinformatics behavior (network queries to public APIs + local file operations for results).

9
Fichiers analysés
3,490
Lignes analysées
2
résultats
4
Total des audits

Facteurs de risque

🌐 Accès réseau (2)
references/database_info.md:22 SKILL.md:866-868
📁 Accès au système de fichiers (3)
scripts/gene_analysis.py:55-61 scripts/enrichment_pipeline.py:24-25 scripts/batch_sequence_analysis.py:97-98
Audité par: claude Voir l’historique des audits →

Score de qualité

68
Architecture
100
Maintenabilité
85
Contenu
30
Communauté
100
Sécurité
91
Conformité aux spécifications

Ce que vous pouvez construire

Recherches rapides de gènes

Récupérer rapidement des informations, des séquences et des annotations sur les gènes à partir d'Ensembl, UniProt et NCBI lors de l'exploration de recherche.

Analyse d'enrichissement

Exécuter un enrichissement en ontologie des gènes et voies métaboliques sur des listes de gènes pour identifier les patterns biologiques et les associations fonctionnelles.

Comparaison de séquences

Effectuer des recherches BLAST et récupérer des structures protéiques pour l'analyse et la comparaison de séquences.

Essayez ces prompts

Recherche de gène basique 
Utiliser gget pour rechercher le gène TP53 chez l'humain et retourner son ID Ensembl, sa description et son ID UniProt.
Récupération de séquences 
Récupérer les séquences de nucleotides et de protéines du gène Ensembl ENSG00000139618 au format FASTA utilisant gget.
Recherche BLAST 
Exécuter une recherche BLAST avec gget pour trouver des séquences similaires à 'MSEQWKAVLFPLLLAAATSL...'. Utiliser la base de données nr et retourner les 5 meilleurs résultats.
Analyse d'enrichissement 
Exécuter gget enrichr sur la liste de gènes ['TP53', 'BRCA1', 'MDM2', 'CDKN1A'] contre la base de données KEGG Pathways et afficher les 10 termes les plus enrichis.

Bonnes pratiques

  • Maintenir gget à jour pour s'adapter aux évolutions des structures de bases de données
  • Utiliser le flag -csv pour la sortie CLI afin de simplifier le parsing
  • Limiter les grandes requêtes pour éviter les erreurs de timeout serveur

Éviter

  • Exécuter des milliers de requêtes sans limitation de débit
  • Utiliser des versions de bases de données non publiées dans des workflows reproductibles
  • Sauter la validation des résultats lorsque l'analyse en aval dépend de la qualité des données

Foire aux questions

Quelles bases de données gget interroge-t-il ?
gget interroge plus de 20 bases de données incluant Ensembl, UniProt, NCBI, PDB, KEGG, AlphaFold et ARCHS4.
gget nécessite-t-il une authentification ?
Non, gget interroge des bases de données génomiques publiques qui ne nécessitent pas de clés API pour une utilisation standard.
Puis-je utiliser gget dans des scripts Python ?
Oui, gget fonctionne à la fois comme outil CLI et package Python.Importer gget et appeler directement gget.module().
Comment gget gère-t-il les limites de débit ?
gget inclut une limitation de débit intégrée.Pour les requêtes en volume élevé, pensez à ajouter des délais entre les requêtes.
Quelles espèces sont supportées ?
gget supporte toutes les espèces dans Ensembl incluant l'humain, la souris, le rat, la mouche, le ver, la levure et beaucoup d'autres.
Quelle est la précision des résultats d'enrichissement ?
Enrichr fournit un enrichissement statistique utilisant le test hypergéométrique.Ajuster les seuils de p-valeur selon vos besoins d'analyse.

Détails du développeur

Auteur

K-Dense-AI

Licence

BSD-2-Clause license

Dépôt

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/gget

Réf

main

Structure de fichiers

📁 references/

📄 database_info.md

📄 module_reference.md

📄 workflows.md

📁 scripts/

📄 batch_sequence_analysis.py

📄 enrichment_pipeline.py

📄 gene_analysis.py

📄 evaluation_output.json

📄 SKILL.md