etetoolkit
Analyser les arbres phylogénétiques avec ETE Toolkit
Également disponible depuis: davila7
ETE Toolkit simplifie l'analyse phylogénétique pour la recherche en biologie évolutive. Traitez les données d'arbres, détectez les événements évolutifs et créez des visualisations prêtes pour la publication.
Télécharger le ZIP du skill
Importer dans Claude
Allez dans Paramètres → Capacités → Skills → Importer un skill
Activez et commencez à utiliser
Tester
Utilisation de "etetoolkit". Charger l'arbre et afficher les statistiques de base
Résultat attendu:
- Arbre chargé avec succès depuis 'example.nw'
- Statistiques de base :
- - Nombre de feuilles : 25
- - Total de nœuds : 49
- - Profondeur de l'arbre : 8
- - Longueur totale des branches : 2.45
- - Racine : Node001
- L'arbre semble être bifurqué avec une bonne résolution
Utilisation de "etetoolkit". Trouver les orthologues pour un gène humain
Résultat attendu:
- Orthologues de human_gene1 :
- - Souris : mouse_gene1a, mouse_gene1b
- - Chimpanzé : chimpanzee_gene1
- - Gorille : gorilla_gene1
- - Orang-outan : orangutan_gene1
- Événements de duplication détectés : 2
- Événements de spéciation détectés : 4
Utilisation de "etetoolkit". Créer une visualisation circulaire
Résultat attendu:
- Visualisation d'arbre créée : 'phylogeny_circular.pdf'
- Disposition : Mode circulaire (360 degrés)
- Coloriage des feuilles : Par groupe taxonomique
- Mise en évidence du support : Valeurs >0.9 en vert
- Taille de l'image : 1200x1200 pixels, 300 DPI
Audit de sécurité
SûrThe skill is a legitimate scientific bioinformatics tool. All 434 static findings are false positives. The 'Ruby/shell backtick' detections are markdown code block delimiters, not command execution. 'External commands' flagged are documentation examples for package installation. 'Weak cryptographic' findings are misidentified scientific function names. The Python scripts (tree_operations.py, quick_visualize.py) contain standard tree manipulation utilities with no security risks.
Facteurs de risque
📁 Accès au système de fichiers (1)
⚙️ Commandes externes (2)
Score de qualité
Ce que vous pouvez construire
Identifier les orthologues à partir d'arbres géniques
Analyser les arbres géniques pour trouver les gènes orthologues entre les espèces pour les études de génomique comparative.
Visualiser les relations phylogénétiques
Créer des figures prêtes pour la publication montrant les relations évolutives avec un style personnalisé et des annotations.
Traiter des ensembles de données d'arbres par programme
Traiter par lots des centaines d'arbres phylogénétiques pour des analyses évolutives à grande échelle.
Essayez ces prompts
Charger l'arbre phylogénétique depuis 'tree.nw' et afficher les statistiques de base incluant le nombre de feuilles, le nombre total de nœuds et la profondeur de l'arbre.
Analyser cet arbre génique pour identifier les orthologues de 'human_gene1' et créer un tableau montrant les gènes orthologues dans chaque espèce.
Créer une visualisation d'arbre circulaire avec les noms d'espèces colorées par groupe taxonomique et les valeurs de bootstrap >0.9 mises en évidence en vert.
Traiter tous les fichiers .nw dans le répertoire : enraciner chaque arbre à son point milieu, supprimer les branches avec un support <0.5, et enregistrer sous 'processed_[filename].nw'
Bonnes pratiques
- Utiliser la classe PhyloTree pour l'analyse d'arbres géniques avec la détection d'événements évolutifs
- Préserver les longueurs des branches lors de l'élaguage des arbres pour maintenir la précision phylogénétique
- Utiliser les formats vectoriels (PDF/SVG) pour les figures de publication afin de garantir l'évolutivité
Éviter
- Utiliser Tree au lieu de PhyloTree pour l'analyse des familles de gènes et l'évolution
- Rendre des images matricielles pour la publication au lieu de formats vectoriels
- Charger entièrement les grands arbres en mémoire lorsque des itérateurs peuvent réduire l'utilisation de la mémoire