Compétences cosmic-database
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cosmic-database

Sûr 🌐 Accès réseau📁 Accès au système de fichiers

Accéder à la base de données de mutations cancéreuses COSMIC

Également disponible depuis: davila7

Les chercheurs en cancérologie ont besoin de données complètes sur les mutations pour leurs études. Cette compétence permet d'accéder par programmation à la base de données COSMIC contenant des millions de mutations somatiques, des listes de gènes du cancer curatées et des signatures mutationnelles pour la recherche en oncologie de précision.

Prend en charge: Claude Codex Code(CC)
🥉 75 Bronze
1

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2

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3

Activez et commencez à utiliser

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Utilisation de "cosmic-database". Télécharger le Cancer Gene Census depuis COSMIC

Résultat attendu:

  • Chemin du fichier Cancer Gene Census: GRCh38/cosmic/latest/cancer_gene_census.csv
  • Utiliser download_cosmic.py avec --data-type gene_census
  • Contient plus de 700 gènes du cancer curatés avec leurs rôles (oncogène, TSG, fusion)
  • Le fichier téléchargé peut être lu avec pandas.read_csv()

Utilisation de "cosmic-database". Trouver les mutations TP53 dans le cancer du poumon

Résultat attendu:

  • Télécharger CosmicMutantExport.tsv.gz depuis GRCh38/cosmic/latest/
  • Filtrer les mutations où 'Gene name' est égal à 'TP53'
  • Filtrer davantage où 'Primary site' est égal à 'lung'
  • 847 mutations TP53 trouvées dans des échantillons de cancer du poumon
  • Variants principaux: R175H (12%), R248W (8%), R273H (7%)

Audit de sécurité

Sûr
v4 • 1/17/2026

All 121 static findings are false positives. The analyzer misidentified markdown code fences (```) as shell backticks, documentation URLs as network threats, and fabricated cryptographic patterns. This is a legitimate Sanger Institute bioinformatics tool. The Python script only makes authenticated HTTPS requests to download cancer genomics data from the official COSMIC database.

5
Fichiers analysés
1,242
Lignes analysées
5
résultats
4
Total des audits
Problèmes à risque faible (3)
scripts/download_cosmic.py:57
Hardcoded COSMIC API URL
Hardcoded COSMIC API URL for legitimate data access
scripts/download_cosmic.py:66-70
HTTP requests to COSMIC API
HTTP requests to COSMIC API for authenticated file downloads
scripts/download_cosmic.py:103-115
File writing for database files
File writing to save downloaded COSMIC database files

Facteurs de risque

🌐 Accès réseau (1)
scripts/download_cosmic.py:57-93
📁 Accès au système de fichiers (1)
scripts/download_cosmic.py:103-115
Audité par: claude Voir l’historique des audits →

Score de qualité

64
Architecture
100
Maintenabilité
87
Contenu
21
Communauté
99
Sécurité
83
Conformité aux spécifications

Ce que vous pouvez construire

Analyser les profils mutationnels

Télécharger les données de mutations somatiques pour identifier les mutations récurrentes dans des types de cancer spécifiques pour les études de recherche.

Construire des pipelines d'annotation

Intégrer les données COSMIC dans les workflows de bioinformatique pour annoter les variants des patients avec leur significance en cancer.

Rechercher la résistance aux médicaments

Interroger les données de mutations de résistance pour éclairer les décisions de médecine de précision dans le traitement du cancer.

Essayez ces prompts

Télécharger les mutations 
Montre-moi comment télécharger le Cancer Gene Census depuis COSMIC en utilisant le script download_cosmic.py. Quel chemin de fichier dois-je utiliser ?
Rechercher par gène 
Quel fichier contient les mutations TP53 dans COSMIC et comment puis-je filtrer les données téléchargées pour un gène spécifique ?
Signatures mutationnelles 
Comment télécharger et travailler avec les signatures mutationnelles COSMIC ? Quels chemins de fichier dois-je utiliser pour les signatures SBS ?
Intégrer avec VCF 
Montre-moi comment lire un fichier CosmicCodingMuts.vcf.gz téléchargé en utilisant pysam et extraire les enregistrements pour le chromosome 17.

Bonnes pratiques

  • Utiliser l'assemblage GRCh38 pour les nouveaux projets et spécifier genome_assembly='GRCh38' dans les appels de fonction
  • Utiliser 'latest' dans les chemins de fichiers pour obtenir la version la plus récente de COSMIC ou spécifier des versions précises pour la reproductibilité
  • Stocker les identifiants de manière sécurisée en utilisant des variables d'environnement et ne jamais coder en dur les mots de passe dans les scripts

Éviter

  • Utiliser GRCh37 pour les nouveaux projets alors que GRCh38 est le génome de référence standard actuel
  • Télécharger la base de données entière quand des sous-ensembles spécifiques répondent à vos besoins d'analyse
  • Sauter la vérification d'authentification avant de tenter des téléchargements

Foire aux questions

L'accès à COSMIC est-il gratuit ?
Les utilisateurs académiques ont un accès gratuit après inscription. Les utilisateurs commerciaux ont besoin d'une licence QIAGEN.
Quel assemblage génomique dois-je utiliser ?
Utilisez GRCh38 pour les nouveaux projets. GRCh38 est disponible pour la compatibilité avec les pipelines existants.
Quelle est la taille des fichiers COSMIC ?
Les fichiers de mutations peuvent atteindre plusieurs gigaoctets. Le script affiche la progression du téléchargement pour les gros fichiers.
Quels formats de fichiers sont disponibles ?
Formats TSV, CSV et VCF. TSV et CSV utilisent la compression gzip. VCF est le format standard pour les données de variants.
À quelle fréquence COSMIC est-il mis à jour ?
COSMIC est mis à jour trimestriellement. Utilisez 'latest' dans les chemins de fichiers pour la version la plus actuelle.
Puis-je l'utiliser avec d'autres outils ?
Oui, les données COSMIC s'intègrent avec VEP, pysam, pandas et les pipelines de bioinformatique standards.

Détails du développeur

Auteur

K-Dense-AI

Licence

MIT

Dépôt

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/cosmic-database

Réf

main

Structure de fichiers

📁 references/

📄 cosmic_data_reference.md

📁 scripts/

📄 download_cosmic.py

📄 evaluation_output.json

📄 SKILL.md